超积累型东南景天Sa12F279基因的抗逆表达响应及功能关联分析

发布时间：2021-08-02 06:09

　　[目的]对超积累型东南景天ABC转运蛋白家族成员Sa12F279开展生物信息学分析及表达分析,为探究ABC类转运蛋白在镉、干旱、盐碱等非生物胁迫中的功能提供参考。[方法]通过对超积累型东南景天转录组数据库进行比对分析,获得1个ABC家族成员的基因。通过生物信息学方法分析Sa12F279基因的进化关系、蛋白结构域构成、核心结构域同源比对及在组学数据中相关的互作蛋白分类;借助实时定量PCR技术分析该基因在盐碱、干旱及ABA激素胁迫下根中的表达变化。[结果]通过比对分析获得ABC家族成员Sa12F279基因,该基因的开放阅读框长度为4 497 bp,编码蛋白长度为1 498个氨基酸,相对分子量为167.1 KD,等电点为6.92。进化分析显示:Sa12F279基因与C亚类成员聚为一簇,且在结构域构成上符合ABC家族的保守排布。共表达网络分析显示:Sa12F279与567个基因存在功能上的关联,对这些基因进行功能注释发现,其中39.8%的基因执行代谢相关功能,29.3%的基因与细胞内进程相关,10.2%的基因涉及生物调控,7.1%的基因参与转运活性。对镉胁迫前后转录组数据分析显示,Sa12F2... 

【文章来源】：林业科学研究. 2020,33(03)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【参考文献】：
期刊论文
[1]矿山型东南景天cDNA表达文库构建与耐镉基因筛选[J]. 刘明英,乔桂荣,蒋晶,邱文敏,卓仁英.  林业科学研究. 2012(03)
[2]Accumulation of Zinc, Cadmium, and Lead in Four Populations of Sedum alfredii Growing on Lead/Zinc Mine Spoils[J]. Dong-Mei Deng1,2, Jin-Chuan Deng1,3, Jin-Tian Li1, Jun Zhang1, Min Hu1, Zhou Lin1 and Bin Liao1 (1School of Life Sciences and State Key Laboratory of Biocontrol, Sun Yat-sen University, Guangzhou 510275, China; 2Department of Biological and Chemical Engineering, Guangxi University of Technology, Liuzhou 545006, China; 3Department of Environmental Science and Engineering, Zhongkai Agrotechnical College, Guangzhou 510225, China).  Journal of Integrative Plant Biology. 2008(06)



本文编号：3317045