盘基网柄菌DJ-1基因的克隆及生物信息学分析

发布时间：2021-08-06 21:27

　　目的:盘基网柄菌是研究药物作用机理、细胞信号转导和神经退行性病变的模式生物。对盘基网柄菌DJ-1基因进行克隆和序列分析,可以为研究DJ-1基因在肿瘤抑制和神经退行性病变中的作用机理奠定基础。方法:以盘基网柄菌总基因组为模板,利用Primer5.0设计特异性引物扩增盘基网柄菌DJ-1基因,并将扩增的DJ-1基因插入大肠杆菌原核表达质粒pUC18,进行酶切、连接、E.coliDH5α菌株转化和筛选、DJ-1序列测定以及DJ-1的核苷酸和蛋白质序列分析。结果:盘基网柄菌DJ-1基因全长618 bp,无内含子,共编码205个氨基酸。在系统发育上与梭菌属形成两个分支,本属内D. discoideum和D. purpureum亲缘关系相近。盘基网柄菌DJ-1蛋白质的分子量约为22.87 kD,其等电点为5.31,含86个非极性氨基酸和119个极性氨基酸,无信号肽识别序列和跨膜结构。DJ-1蛋白质二级结构以α-螺旋、无规卷曲和延伸链为主。Pretotar软件预测DJ-1位于盘基网柄菌细胞内质网上。结论:盘基网柄菌DJ-1基因与人类DJ-1基因具有高度相似性,对其进行克隆和生物信息学分析可以为今后利用... 

【文章来源】：陕西农业科学. 2020,66(08)

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

DJ-1的PCR产物和pUC18-DJ-1 的限制性酶切产物

测序结果表明:盘基网柄菌DJ-1基因全长618 bp,不含内含子,共编码205 个氨基酸。将测序所得盘基网柄菌DJ-1基因序列与GenBank公布的13株不同来源DJ-1核苷酸序列进行对比。结果显示本研究所用盘基网柄菌AX2菌株的DJ-1核苷酸序列与盘基网柄菌AX4菌株完全相同,与其同属不同种D.purpureum相似度为69 %,而与梭菌属10个不同菌株的相似程度介于67%～73 %之间(图2)。2.2.2 DJ-1 蛋白系统进化分析

对本研究盘基网柄菌AX2的DJ-1序列和2.2.2检索的13个同源序列采用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)进行系统发育进化分析。结果表明:盘基网柄菌属(Dictyostelium)与梭菌属(Clostridium)形成两个分支,盘基网柄菌本属内D. discoideum与D. purpureum两个种亲缘关系较近,而D. discoideum种内两个菌株AX2和AX4属于同源(图3)。2.2.3 DJ-1蛋白的理化性质分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]盘基网柄菌DJ-1蛋白的亚细胞定位研究[J]. 陈苏维.  中国细胞生物学学报. 2019(07)
[2]DJ-1的结构和功能及其在帕金森病发病机制中的作用[J]. 黄楚欣,秦利霞,张海南.  中南大学学报(医学版). 2019(01)
[3]盘基网柄菌——研究胞外诱捕起源和机制的模型[J]. 薛德明,侯连生.  生物学教学. 2017(06)
[4]DJ-1基因siRNA对三阴性乳腺癌细胞侵袭和迁移影响的研究[J]. 方茅,龙捷,王红艳,谢晓斌,Thoidingjam Bidyarani Chanu,陈启宪.  现代生物医学进展. 2014(07)
[5]盘基网柄菌发育期间蛞蝓体的形态学研究[J]. 李丽,王大磊,侯连生.  华东师范大学学报(自然科学版). 2010(06)



本文编号：3326522