蔓花生AP2基因家族的生物信息学分析

发布时间：2021-08-08 09:49

　　AP2作为一类植物转录因子,在花的发育和营养器官的形成过程中都起着非常重要的作用。旨在对蔓花生（Arachis duranensis）AP2蛋白的理化性质及分子进化关系等进行详细的生物信息学分析。结果表明,蔓花生AP2基因家族成员编码蛋白亚细胞定位预测均在细胞核中,有11个成员的理论等电点小于7,推测该家族蛋白多为酸性蛋白,有8个成员存在2个保守结构域;该家族成员均无信号肽;除了Aradu.SE6Q0与Aradu.42K79成员中存在跨膜现象外,其他成员鲜少出现跨膜现象。亲疏水性预测结果表明,蔓花生AP2基因家族编码蛋白的亲疏水性系数均小于0,推测其为亲水蛋白;磷酸化位点主要集中在丝氨酸上;其二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主。研究还得出,蔓花生AP2基因家族编码蛋白的主要保守基序是Motif1、Motif2和Motif4;Motif3、Motif4都含有YRG结构域,Motif5含有RAYD结构域;构建的系统发育树也有力地说明了AP2基因家族的进化程度。 

【文章来源】：江苏农业科学. 2020,48(14)

【文章页数】：13 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 蔓花生AP2基因家族理化性质的分析及亚细胞定位
        1.2.2 氨基酸保守结构域的预测分析
        1.2.3 氨基酸信号肽及跨膜结构的预测分析
        1.2.4 氨基酸亲疏水性的预测分析
        1.2.5 磷酸化位点的预测分析
        1.2.6 蛋白质二级结构和三级结构的预测分析
        1.2.7 蔓花生AP2基因家族的蛋白基序分析
        1.2.8 系统进化树的构建
2 结果与分析
    2.1 蔓花生AP2基因家族编码蛋白理化性质的分析及亚细胞定位
    2.2 氨基酸保守结构域分析
    2.3 氨基酸信号肽及跨膜结构分析
    2.4 氨基酸亲疏水性预测分析
    2.5 磷酸化位点分析
    2.6 蛋白质二级结构和三级结构的预测分析
    2.7 蔓花生AP2基因家族编码蛋白基序分析
    2.8 系统进化关系分析
3 讨论与结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]辣椒CONSTANS-like转录因子家族的生物信息学分析[J]. 李宁,高升华,王飞,尹延旭,姚明华,焦春海.  北方园艺. 2019(15)
[2]基于转录组金银花AP2基因家族的生物信息学及表达分析[J]. 乔永刚,陈亮,崔芬芬,曹亚萍,王勇飞,宋芸.  核农学报. 2019(09)
[3]玉米转录因子NF-YB基因家族的生物信息学分析[J]. 徐志军,刘洋,徐磊,安东升.  分子植物育种. 2019(12)
[4]罗汉果几丁质酶基因家族的生物信息学分析[J]. 李惠敏,李璐璐,陈玉梅,李佳慧.  生物信息学. 2019(03)
[5]杜兰落花生球蛋白基因家族的生物信息学分析[J]. 陈湘瑜,徐日荣,陈昊,唐兆秀.  中国油料作物学报. 2019(03)
[6]西洋参bHLH转录因子家族生物信息学分析[J]. 闫艳,王希,周珂辉,李纪冬,韩鹏,邸鹏.  吉林农业大学学报. 2019(03)
[7]蓖麻AP2/ERF转录因子家族的生物信息学分析[J]. 闫星伊,风兰,韩雯毓,李国瑞,黄凤兰,陈永胜.  分子植物育种. 2020(04)
[8]蓖麻PLA2α基因启动子的克隆及生物信息学分析[J]. 狄建军,孙佳欣,杨智慧,王月,黄凤兰,陈永胜.  分子植物育种. 2019(15)
[9]蓖麻APs基因克隆及生物信息学分析[J]. 王双,李跃,李孟建,李国瑞,黄凤兰,陈永胜.  分子植物育种. 2019(22)
[10]巴西橡胶树（Hevea brasiliensis）HbMlo2基因克隆与表达分析[J]. 刘承圆,何其光,林春花,缪卫国.  分子植物育种. 2019(05)

硕士论文
[1]花生突变体库的构建及APETALA2基因的表达分析[D]. 宋佳静.河南农业大学 2013
[2]Pb2+、Hg2+胁迫下蔓花生逆境生理及田间不定根发生研究[D]. 张利.西南大学 2008
[3]地被植物蔓花生再生体系建立及多倍体诱导[D]. 郑荷.西南大学 2008
[4]蔓花生（Arachis duranensis Krap.et Greg）在低温胁迫下的生理反应研究[D]. 周立.西南大学 2008



本文编号：3329731