TBX1基因下游心脏发育相关差异表达基因筛选及功能研究
发布时间：2021-08-08 15:38
研究背景和目的:先天性心脏病（congenital heart disease,CHD）是新生儿常见的重大出生缺陷,是导致围产儿死亡和儿童死亡的主要原因。研究证实,CHD主要由于胚胎时期遗传与环境因素共同作用引起,其中遗传因素具有重要作用。心脏发育相关基因及信号通路与CHD关系的机制仍不明确。心脏发育过程为多基因共同调控的极复杂的生物学过程。研究表明转录因子可通过直接或间接调控靶基因的表达,而影响心肌细胞的迁移、增殖及分化,从而参与心脏发育及CHD的发生。TBX1基因是T-box基因家族成员之一,在胚胎发育早期表达,与心脏发育密切相关,是CHD的致病基因之一。目前,对TBX1基因的研究多集中于TBX1基因编码区的核苷酸变异或基因缺失和重复,而关于TBX1基因表达异常调控的研究较少。本课题组前期研究发现TBX1基因T350M多态性与法洛氏四联症（TOF）具有明显的相关性,可能是TOF的遗传易感基因。课题组首次发现CHD患者心肌组织中ACTC1基因表达水平降低,该异常可诱导胚胎发育时期心肌细胞过度凋亡,从而导致人类CHD的发生。课题组进一步研究发现ACTC1上游调控序列中存在HOXA3转录...
【文章来源】：中国医科大学辽宁省
【文章页数】：117 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
琼脂糖凝胶电泳结果可见清晰的28s、18srRNA条带
中国医科大学博士学位论文18图1.2TBX1siRNA转染效率评价将H9C2细胞分为TBX1siRNA组、NC组、normal组，TBX1siRNA组转TBX1siRNA，NC组转染TBX1NC，normal为空。A：用FAM标记的siRNA转染H9C2细胞，48h后检测荧光强度。B:H9C2细胞分别转染TBX1siRNA、TBX1NC48h后，检测转染后各组TBX1基因mRNA表达水平。实验独立重复三次。*：P＜0.053.3芯片杂交及芯片质量评价3.3.1芯片杂交扫描参照芯片制作标准流程，将Cy3标记的cRNA与芯片杂交，洗脱后应用Agilent扫描仪扫描，获取原始图像。芯片杂交后扫描得到的样品荧光强度图，能够反映芯片杂交效果，图片亮度及清晰度与杂交质量正相关。本研究芯片杂交扫描结果如图1.3所示：芯片扫描图像背景均一，各点间距均匀相等，所获图像具有较低的整体背景和较高的信噪比。提示芯片杂交状况良好。
中国医科大学博士学位论文19图1.3芯片杂交扫描图像3.3.2芯片原始数据提取应用FeatureExtraction软件提取原始图像，获得原始数据。采用变异系数（CV值）评估两组数据是否稳定。CV=SD/meanｘ100%。Agilent表达谱芯片参考的质控标准是CV值小于15%。本研究检测各组芯片CV值均明显低于15%（表1-2），提示芯片数据合格，实验精度较高。
【参考文献】：
期刊论文
[1]PDGF signaling from pharyngeal pouches promotes arch artery morphogenesis[J]. Aihua Mao,Mingming Zhang,Jie Liu,Yu Cao,Qiang Wang. Journal of Genetics and Genomics. 2019(12)
[2]TBX3及TBX18在人源诱导多能干细胞向窦房结样细胞富集分化中的作用[J]. 刘锋,方易冰,熊琪,罗良琴,周锐,廖斌. 中国修复重建外科杂志. 2019(04)
本文编号：3330222
【文章来源】：中国医科大学辽宁省
【文章页数】：117 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
琼脂糖凝胶电泳结果可见清晰的28s、18srRNA条带
中国医科大学博士学位论文18图1.2TBX1siRNA转染效率评价将H9C2细胞分为TBX1siRNA组、NC组、normal组，TBX1siRNA组转TBX1siRNA，NC组转染TBX1NC，normal为空。A：用FAM标记的siRNA转染H9C2细胞，48h后检测荧光强度。B:H9C2细胞分别转染TBX1siRNA、TBX1NC48h后，检测转染后各组TBX1基因mRNA表达水平。实验独立重复三次。*：P＜0.053.3芯片杂交及芯片质量评价3.3.1芯片杂交扫描参照芯片制作标准流程，将Cy3标记的cRNA与芯片杂交，洗脱后应用Agilent扫描仪扫描，获取原始图像。芯片杂交后扫描得到的样品荧光强度图，能够反映芯片杂交效果，图片亮度及清晰度与杂交质量正相关。本研究芯片杂交扫描结果如图1.3所示：芯片扫描图像背景均一，各点间距均匀相等，所获图像具有较低的整体背景和较高的信噪比。提示芯片杂交状况良好。
中国医科大学博士学位论文19图1.3芯片杂交扫描图像3.3.2芯片原始数据提取应用FeatureExtraction软件提取原始图像，获得原始数据。采用变异系数（CV值）评估两组数据是否稳定。CV=SD/meanｘ100%。Agilent表达谱芯片参考的质控标准是CV值小于15%。本研究检测各组芯片CV值均明显低于15%（表1-2），提示芯片数据合格，实验精度较高。
【参考文献】：
期刊论文
[1]PDGF signaling from pharyngeal pouches promotes arch artery morphogenesis[J]. Aihua Mao,Mingming Zhang,Jie Liu,Yu Cao,Qiang Wang. Journal of Genetics and Genomics. 2019(12)
[2]TBX3及TBX18在人源诱导多能干细胞向窦房结样细胞富集分化中的作用[J]. 刘锋,方易冰,熊琪,罗良琴,周锐,廖斌. 中国修复重建外科杂志. 2019(04)
本文编号：3330222
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