葡萄MPT基因家族鉴定与表达分析
发布时间：2021-08-14 15:54
线粒体磷酸转运体（mitochondrial phosphate transporter, MPT）基因家族是位于线粒体内膜上的一种重要的功能蛋白,负责将重要代谢底物无机磷酸通过线粒体内膜从细胞质转移到线粒体基质中,在细胞维持正常功能中起到了关键的生理作用。本研究利用生物信息学工具,系统地分析了葡萄MPT基因家族成员的进化关系、基因结构、蛋白质理化性质和保守基序,以及组织特异性表达和同源基因的相关性。结果表明,葡萄全基因组中鉴定出64个MPT家族基因。根据系统发育树可以分为7组,分布于19条染色体上,其中两对基因存在串联复制现象。保守基序分析表明,所有MPT家族成员都含有保守的Mitocarr结构域。组织特异性表达表明,VvMPT基因在果皮、花、叶中高表达。同源基因分析表明,葡萄VvMPT基因家族可能在花器官发育、维持离子浓度中起到了重要作用。
【文章来源】：浙江农业学报. 2020,32(12)北大核心CSCD
【文章页数】：13 页
【部分图文】：
MPT基因家族的进化分析
葡萄和拟南芥的MPT基因家族同源性分析
基因名称 标签/基因ID 氨基酸数量 蛋白质分子质量 理论等电位 亲疏水性均值 亚细胞定位 Gene nameLocus Tag/Gene ID Number ofamino acids Molecularweight/u pI Gravy value Subcellularlocalization VvMPT54 VIT_216s0050g02360.1 413 44 954.75 9.60 -0.032 C,M VvMPT55 VIT_217s0000g00030.1 548 60 729.36 5.96 -0.208 C,N VvMPT56 VIT_217s0000g00400.1 366 39 178.85 9.32 0.247 E.R,G VvMPT57 VIT_217s0000g04970.1 310 34 472.99 9.87 0.039 M,C VvMPT58 VIT_217s0000g07290.1 327 35 814.88 8.91 -0.122 C,M VvMPT59 VIT_218s0001g05620.1 443 48 408.71 8.77 0.067 C,M VvMPT60 VIT_218s0001g07320.1 323 34 154.83 9.85 0.166 C VvMPT61 VIT_218s0122g00010.1 355 38 718.47 9.98 0.117 C,M VvMPT62 VIT_218s0157g00180.1 311 33 341.80 9.48 0.145 C,M VvMPT63 VIT_218s0166g00130.1 401 42 669.29 9.40 0.155 C,M VvMPT64 VIT_219s0177g00370.1 64 7 041.23 7.89 -0.013 M,C P，质膜;C，细胞质;N，细胞核;E.R，内质网;M，线粒体;CW，细胞壁;G，高尔基体。P,Plasma membrane;C,Cytosol;N,Nuclear;E.R,Endoplasmic reticulum;M,Mitochondrion;CW,Cell wall;G,Golgi apparatus.依据拟南芥AtMPT的分类标准,稍作改动后将MPT分为7组并用GroupⅠ-GroupⅦ 表示(图2)[6]。由图可将MPT基因分为7类,分别为Group Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ和Ⅶ。其中Group Ⅰ 有5个VvMPT基因,Group Ⅱ有10个VvMPT基因,GroupⅢ有7个VvMPT基因,Group Ⅳ有22个VvMPT基因,Group Ⅴ有3个VvMPT基因,Group Ⅵ有5个VvMPT基因,Group Ⅶ有11个VvMPT基因。在Group Ⅵ中只有拟南芥和葡萄家族基因,且包含两对同源基因。
【参考文献】：
期刊论文
[1]葡萄APX基因家族的鉴定与表达分析[J]. 王晗,刘涛,何红红,梁国平,马宗桓,毛娟,陈佰鸿. 果树学报. 2020(04)
[2]葡萄CHX基因家族全基因组鉴定及生物信息学分析[J]. 杜宜洋,连红娟,李晓梅,谭敏,杨镕兆,刘政海,杨兆亮,唐晓萍,董志刚,李捷. 分子植物育种. 2020(24)
[3]谷子NBS-LRR类基因家族全基因组鉴定及表达分析[J]. 李任建,申哲源,李旭凯,韩渊怀,张宝俊. 河南农业科学. 2020(02)
[4]葡萄STS基因家族的鉴定与表达分析[J]. 陈洪强,夏惠,王进,邓群仙,梁东,吕秀兰,唐礼平. 浙江农业学报. 2019(03)
[5]葡萄NHX基因家族的鉴定和表达分析[J]. 卢世雄,许春苗,何红红,梁国平,王萍,陈佰鸿,毛娟. 果树学报. 2019(03)
[6]石榴ARF基因家族鉴定及表达分析[J]. 黄贤斌,张太奎,刘翠玉,赵玉洁,魏洪珉,周涧青,苑兆和. 果树学报. 2019(01)
[7]葡萄PYL基因家族的鉴定与表达分析[J]. 马宗桓,陈佰鸿,李文芳,毛娟. 果树学报. 2018(03)
[8]拟南芥盐胁迫响应启动子的生物信息学分析[J]. 吴炳江,阎鹏磊,刘东篱,郑成超,杨国栋. 山东农业大学学报(自然科学版). 2010(02)
[9]山葡萄几丁质酶基因VCH3启动子的分离及鉴定（英文）[J]. 李海燕,齐洁,束怀瑞,郑成超,李玉. 植物生理与分子生物学学报. 2005(05)
[10]葡萄基因转导研究进展[J]. 陶建敏,庄智敏,章镇,蔡斌华. 果树学报. 2003(05)
博士论文
[1]葡萄果实中脱落酸激活的钙依赖蛋白激酶：纯化、测序及定位[D]. 李梅君.中国农业大学 2005
硕士论文
[1]葡萄bZIP基因家族的生物信息学及其表达分析[D]. 张宏静.西北农林科技大学 2014
[2]拟南芥MPT家族调节非生物胁迫耐性的分子机理[D]. 苗青.山东农业大学 2011
本文编号：3342752
【文章来源】：浙江农业学报. 2020,32(12)北大核心CSCD
【文章页数】：13 页
【部分图文】：
MPT基因家族的进化分析
葡萄和拟南芥的MPT基因家族同源性分析
基因名称 标签/基因ID 氨基酸数量 蛋白质分子质量 理论等电位 亲疏水性均值 亚细胞定位 Gene nameLocus Tag/Gene ID Number ofamino acids Molecularweight/u pI Gravy value Subcellularlocalization VvMPT54 VIT_216s0050g02360.1 413 44 954.75 9.60 -0.032 C,M VvMPT55 VIT_217s0000g00030.1 548 60 729.36 5.96 -0.208 C,N VvMPT56 VIT_217s0000g00400.1 366 39 178.85 9.32 0.247 E.R,G VvMPT57 VIT_217s0000g04970.1 310 34 472.99 9.87 0.039 M,C VvMPT58 VIT_217s0000g07290.1 327 35 814.88 8.91 -0.122 C,M VvMPT59 VIT_218s0001g05620.1 443 48 408.71 8.77 0.067 C,M VvMPT60 VIT_218s0001g07320.1 323 34 154.83 9.85 0.166 C VvMPT61 VIT_218s0122g00010.1 355 38 718.47 9.98 0.117 C,M VvMPT62 VIT_218s0157g00180.1 311 33 341.80 9.48 0.145 C,M VvMPT63 VIT_218s0166g00130.1 401 42 669.29 9.40 0.155 C,M VvMPT64 VIT_219s0177g00370.1 64 7 041.23 7.89 -0.013 M,C P，质膜;C，细胞质;N，细胞核;E.R，内质网;M，线粒体;CW，细胞壁;G，高尔基体。P,Plasma membrane;C,Cytosol;N,Nuclear;E.R,Endoplasmic reticulum;M,Mitochondrion;CW,Cell wall;G,Golgi apparatus.依据拟南芥AtMPT的分类标准,稍作改动后将MPT分为7组并用GroupⅠ-GroupⅦ 表示(图2)[6]。由图可将MPT基因分为7类,分别为Group Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ和Ⅶ。其中Group Ⅰ 有5个VvMPT基因,Group Ⅱ有10个VvMPT基因,GroupⅢ有7个VvMPT基因,Group Ⅳ有22个VvMPT基因,Group Ⅴ有3个VvMPT基因,Group Ⅵ有5个VvMPT基因,Group Ⅶ有11个VvMPT基因。在Group Ⅵ中只有拟南芥和葡萄家族基因,且包含两对同源基因。
【参考文献】：
期刊论文
[1]葡萄APX基因家族的鉴定与表达分析[J]. 王晗,刘涛,何红红,梁国平,马宗桓,毛娟,陈佰鸿. 果树学报. 2020(04)
[2]葡萄CHX基因家族全基因组鉴定及生物信息学分析[J]. 杜宜洋,连红娟,李晓梅,谭敏,杨镕兆,刘政海,杨兆亮,唐晓萍,董志刚,李捷. 分子植物育种. 2020(24)
[3]谷子NBS-LRR类基因家族全基因组鉴定及表达分析[J]. 李任建,申哲源,李旭凯,韩渊怀,张宝俊. 河南农业科学. 2020(02)
[4]葡萄STS基因家族的鉴定与表达分析[J]. 陈洪强,夏惠,王进,邓群仙,梁东,吕秀兰,唐礼平. 浙江农业学报. 2019(03)
[5]葡萄NHX基因家族的鉴定和表达分析[J]. 卢世雄,许春苗,何红红,梁国平,王萍,陈佰鸿,毛娟. 果树学报. 2019(03)
[6]石榴ARF基因家族鉴定及表达分析[J]. 黄贤斌,张太奎,刘翠玉,赵玉洁,魏洪珉,周涧青,苑兆和. 果树学报. 2019(01)
[7]葡萄PYL基因家族的鉴定与表达分析[J]. 马宗桓,陈佰鸿,李文芳,毛娟. 果树学报. 2018(03)
[8]拟南芥盐胁迫响应启动子的生物信息学分析[J]. 吴炳江,阎鹏磊,刘东篱,郑成超,杨国栋. 山东农业大学学报(自然科学版). 2010(02)
[9]山葡萄几丁质酶基因VCH3启动子的分离及鉴定（英文）[J]. 李海燕,齐洁,束怀瑞,郑成超,李玉. 植物生理与分子生物学学报. 2005(05)
[10]葡萄基因转导研究进展[J]. 陶建敏,庄智敏,章镇,蔡斌华. 果树学报. 2003(05)
博士论文
[1]葡萄果实中脱落酸激活的钙依赖蛋白激酶：纯化、测序及定位[D]. 李梅君.中国农业大学 2005
硕士论文
[1]葡萄bZIP基因家族的生物信息学及其表达分析[D]. 张宏静.西北农林科技大学 2014
[2]拟南芥MPT家族调节非生物胁迫耐性的分子机理[D]. 苗青.山东农业大学 2011
本文编号：3342752
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