马铃薯StCDPKs基因家族成员鉴定与表达分析

发布时间：2021-08-15 12:13

　　【目的】通过对马铃薯StCDPKs基因家族成员的鉴定与表达模式分析,初步阐明该基因家族在马铃薯胁迫响应中的功能.【方法】用隐马尔科夫模型鉴定马铃薯StCDPKs基因家族成员,MEGA6.0构建StCDPKs蛋白序列的系统进化树,qRT-PCR分析StCDPKs基因在组织特异性和盐胁迫下的表达情况.【结果】本研究共鉴定出27个马铃薯StCDPKs基因家族成员,它们均包含CDPKs蛋白钙离子结合域最保守的结构域EF-hand;其中StCDPK2/421/22/25基因在马铃薯不同组织中表达差异显著,StCDPK8/10/11/18/22基因在盐胁迫下表达量明显升高.【结论】共鉴定获得27个马铃薯StCDPKs基因家族成员,其中StCDPK8/10/11/18/22基因与马铃薯响应盐胁迫相关,研究结果可为进一步阐明马铃薯StCDPKs基因的功能提供基础. 

【文章来源】：甘肃农业大学学报. 2020,55(05)北大核心CSCD

【文章页数】：11 页

【部分图文】：

25个StCDPKs基因的结构(A)和Motif分布模式(B)

36个拟南芥、29个番茄和27个马铃薯CDPKs

用马铃薯数据库PGSC中的RNA测序数据制作不同组织和不同胁迫下StCDPKs基因表达的可视化热图(图3～4).结果显示,StCDPK2基因在叶和叶柄中有较高的表达水平,果实和花中基本不表达.StCDPK4基因在根、叶片、萼片、心皮中表达较高,在块茎中表达较低,而在其他组织中有中等表达水平.StCDPK22基因在芽、叶柄、匍匐茎、心皮和未成熟果实中有较高的表达水平,而在花中有较低的表达水平.StCDPK25基因在块茎和匍匐茎中表达较高,其余组织为中下表达水平.StCDPK13和23基因在成熟花中有较高表达水平,这表明马铃薯StCDPKs基因家族可能参与调控马铃薯的生长发育.StCDPK22基因在生物和非生物胁迫中的表达量高于其他基因,StCDPK2/4/6/21/25基因表现出较高的表达水平,而7个基因(StCDPK1/7/9/17/18/23/24)的表达水平偏低,其余的12个StCDPKs基因在不同胁迫中基本不表达,这表明StCDPKs基因家族成员可能与马铃薯响应各种应激胁迫有关.图4 StCDPKs基因在不同处理下的表达模式

【参考文献】：
期刊论文
[1]马铃薯CDPKs家族基因的全基因组鉴定和分析[J]. 龚记熠,何小红,乙引,李菲.  分子植物育种. 2017(11)
[2]梨CDPK基因家族全基因组序列鉴定分析[J]. 许园园,李晓刚,李慧,蔺经,常有宏.  江苏农业学报. 2015(03)
[3]NaCl胁迫对拟南芥种子萌发与幼苗生长的影响[J]. 鲁红侠,杨艳,朱小茜.  安徽农业科学. 2013(08)
[4]普通烟草CDPK基因家族的克隆及表达分析[J]. 太帅帅,刘贯山,孙玉合,陈珈.  中国农业科学. 2009(10)



本文编号：3344536