基于基因芯片数据的精原细胞瘤生物信息学分析

发布时间：2021-08-16 15:48

　　目的利用生物信息学分析精原细胞瘤基因表达芯片,探索用于精原细胞瘤诊断、治疗和预后的潜在候选基因。方法从GEO database下载精原细胞瘤相关的基因芯片数据GSE8607,利用R软件及affy、limma、ggplot2等R程序包筛选差异表达基因,结合DAVID和STRING在线生物信息学工具对差异表达基因进行调控网络分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba进行Hub基因筛选。结果共筛选出精原细胞瘤相关的差异表达基因1142个,其中表达上调基因687个,表达下调基因455个,对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,获取关键通路,利用在线生物信息学工具STRING构建PPI网络,使用Cytoscape软件中的Cytohubba获取PPI网络中前10位Hub基因,分别是C3AR1、PENK、ADORA1、P2RY14、ADCY7、CCL5、CCR5、CCL4、CCL19、CCR7。对这些关键基因进行文献挖掘,发现这些基因可能与精原细胞瘤的发生发展有关。结论应用生物信息学能有效分析基因芯片数据,寻找到精原细胞瘤相... 

【文章来源】：中国男科学杂志. 2020,34(04)CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

图1 两组样本之间数据的差异表达

通过GO富集分析和KEGG通路富集分析筛选的差异表达基因的生物学功能，在GO富集分析中包括生物学过程（biological process,BP）、细胞组成（cell composition,CC）和分子功能（molecular function,MF），在BP中差异基因主要富集于炎症反应、免疫反应和细胞信号转导，在CC中差异基因主要富集于细胞核、细胞质和胞质溶胶，在MF中差异基因主要富集于蛋白结合和细胞粘附分子结合，在KEGG通路分析中主要富集于I型糖尿病信号通路、移植抗宿主病信号通路。主要富集结果见（表1）和（图2）。三、差异表达基因的PPI网络分析结果

通过STRING数据库对精原细胞瘤差异表达基因构建PPI网络，进一步利用Cytoscape软件中的MCODE获取主要PPI网络（见图3），再利用Cytoscape软件中Cytohubba筛选PPI网络中的连接程度前10位hub基因（见图4），分别是：C3AR1、PENK、ADORA1、P2RY14、ADCY7、CCL5、CCR5、CCL4、CCL19、CCR7。图4 PPI网络筛选的top 10 hub基因

【参考文献】：
期刊论文
[1]生物信息学研究现状[J]. 徐培杰.  科技信息. 2013(10)



本文编号：3345957