鳗草HSF基因家族的筛选与生物信息学分析

发布时间：2021-08-18 00:10

　　鳗草（Zostera marina）作为适应在海洋环境中生长和繁殖的多年生被子植物,是研究海洋高等植物分子进化的理想物种。热激转录因子（HSF）在植物细胞的修复、蛋白的转录修饰以及信号转导中具有重要的作用。为全面了解鳗草基因组中HSF基因家族信息,本文采用生物信息学手段,在鳗草基因组中鉴定了11个ZmHSFs基因,基因长度差异较大,但均不含有内含子。系统发育结果显示11个基因分为HSFA和HSFB两大分支。顺式作用元件分析表明ZmHSFs基因很可能同时受到温度和光照等多种非生物因素的调节。此外,鳗草HSF基因家族数目明显小于其他高等植物,二次入海过程可能导致部分ZmHSFs基因丢失。转录组数据表明HSF基因在3种不同器官中均有表达,且存在一定的器官表达差异。 

【文章来源】：中国海洋大学学报(自然科学版). 2020,50(09)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

鳗草HSF基因结构示意图

鳗草HSF蛋白保守基序分析

系统发育树分析结果显示,HSF基因可以划分为两大分支,其中HSFB基因组成一支,HSFA和HSFC组成一支(见图3)。其中,AtHSFC1与HSFA基因家族聚到一起,并未单独聚为一支;鳗草各HSF基因与拟南芥和Z.muelleri各亚家族基因聚到一起;在各亚家族内部,大部分鳗草HSF基因与ZmuHSF聚到一起,部分ZmuHSF与AtHSF聚到一起。2.4 鳗草HSF基因家族启动子顺式作用元件分析


本文编号：3348789