基于GEO数据库分析低温胁迫下拟南芥关键差异基因
发布时间:2021-08-27 10:31
为了筛选低温胁迫下拟南芥关键差异基因,通过检索GEO数据库中关于拟南芥耐低温性的相关芯片,利用GEO2R进行差异基因的筛选,在DAVID数据库中对差异表达基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,利用STRING数据库构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)网络。结果表明:确定芯片GSE3326中的GSM74894、GSM74895、GSM74900和GSM74901等4个样本为研究对象,共筛选出970个差异基因,其中486个上调基因,484个下调基因;通过DAVID在线功能富集分析,共得到生物过程31个条目、细胞组成11个条目、分子功能31个条目和KEGG富集通路共7个条目;发现COR15B、COR47、RHL41、CBF2、LTI30、DREB2A、AT4G36010、AT1G16850、AT1G51090、Gol S3等10各关键差异基因。
【文章来源】:高原农业. 2020,4(06)
【文章页数】:8 页
【部分图文】:
差异基因的火山图
细胞组分
对筛选出的10个关键差异基因进行层次聚类分析。结果显示:低温胁迫处理组与对照组呈现出比较明显的相关基因聚类表达,10个关键差异基因表达水平在低温胁迫处理的样本中均上调,具体见图8。图3 细胞组分
【参考文献】:
期刊论文
[1]北方旱地红小豆DREB2A基因克隆及表达分析[J]. 陈红,化烨,王正旭,王百姓,马生发,盖琼辉. 分子植物育种. 2020(12)
[2]基于GEO数据库芯片的致心律失常性右室心肌病关键基因筛选与生物信息学分析[J]. 梁士楚,王翠,常龄予,张士涵,赵韧,沈兵. 临床心血管病杂志. 2020(06)
[3]亚低温与干旱胁迫对番茄植株水分传输和形态解剖结构的影响[J]. 肖怀娟,李娟起,王吉庆,杜清洁. 应用生态学报. 2020(08)
[4]植物响应低温胁迫组学研究进展[J]. 杨慧菊,兰玉倩,王石华. 山东农业科学. 2020(05)
[5]利用WGCNA对受白粉菌侵染后的拟南芥转录组差异基因分析[J]. 尚鸿运,高志勇. 分子植物育种. 2020(20)
[6]控水处理对紫花苜蓿抗寒性影响的代谢组学分析[J]. 徐洪雨,李向林. 草业学报. 2020(01)
[7]拟南芥转录因子MYB73与TPRs蛋白的互作研究[J]. 范宇航,赵盼盼,白华,庞茜,张康,曹宏哲,邢继红,董金皋. 河北农业大学学报. 2019(06)
[8]沙冬青AmNAC3转录因子基因在抗旱性和抗寒性中的功能鉴定[J]. 任美艳,唐宽刚,薛敏,郭慧琴,王茅雁. 中国生物工程杂志. 2019(08)
[9]水曲柳(Fraxinus mandshurica)COR413基因的克隆及表达模式分析[J]. 王鹏洋,韩子昂,翟玉欢,赵晓航,曹羊,詹亚光. 分子植物育种. 2019(24)
[10]拟南芥肌醇半乳糖苷合成酶与棉子糖合成酶的体外催化活性比较[J]. 郑小芬,李晓霞,黄金兰,余方回,刘妙玲,范芳,黄迎娣,张玲,周英彪. 生物技术. 2019(01)
博士论文
[1]甘蓝型油菜抗寒资源筛选及抗寒性机理研究[D]. 闫蕾.华中农业大学 2019
[2]拟南芥响应低温的分子遗传学机制分析[D]. 王帅.吉林大学 2016
硕士论文
[1]基于芯片数据的水稻非生物逆境相关基因筛选及其启动子分析[D]. 李嘉平.湖南农业大学 2012
本文编号:3366183
【文章来源】:高原农业. 2020,4(06)
【文章页数】:8 页
【部分图文】:
差异基因的火山图
细胞组分
对筛选出的10个关键差异基因进行层次聚类分析。结果显示:低温胁迫处理组与对照组呈现出比较明显的相关基因聚类表达,10个关键差异基因表达水平在低温胁迫处理的样本中均上调,具体见图8。图3 细胞组分
【参考文献】:
期刊论文
[1]北方旱地红小豆DREB2A基因克隆及表达分析[J]. 陈红,化烨,王正旭,王百姓,马生发,盖琼辉. 分子植物育种. 2020(12)
[2]基于GEO数据库芯片的致心律失常性右室心肌病关键基因筛选与生物信息学分析[J]. 梁士楚,王翠,常龄予,张士涵,赵韧,沈兵. 临床心血管病杂志. 2020(06)
[3]亚低温与干旱胁迫对番茄植株水分传输和形态解剖结构的影响[J]. 肖怀娟,李娟起,王吉庆,杜清洁. 应用生态学报. 2020(08)
[4]植物响应低温胁迫组学研究进展[J]. 杨慧菊,兰玉倩,王石华. 山东农业科学. 2020(05)
[5]利用WGCNA对受白粉菌侵染后的拟南芥转录组差异基因分析[J]. 尚鸿运,高志勇. 分子植物育种. 2020(20)
[6]控水处理对紫花苜蓿抗寒性影响的代谢组学分析[J]. 徐洪雨,李向林. 草业学报. 2020(01)
[7]拟南芥转录因子MYB73与TPRs蛋白的互作研究[J]. 范宇航,赵盼盼,白华,庞茜,张康,曹宏哲,邢继红,董金皋. 河北农业大学学报. 2019(06)
[8]沙冬青AmNAC3转录因子基因在抗旱性和抗寒性中的功能鉴定[J]. 任美艳,唐宽刚,薛敏,郭慧琴,王茅雁. 中国生物工程杂志. 2019(08)
[9]水曲柳(Fraxinus mandshurica)COR413基因的克隆及表达模式分析[J]. 王鹏洋,韩子昂,翟玉欢,赵晓航,曹羊,詹亚光. 分子植物育种. 2019(24)
[10]拟南芥肌醇半乳糖苷合成酶与棉子糖合成酶的体外催化活性比较[J]. 郑小芬,李晓霞,黄金兰,余方回,刘妙玲,范芳,黄迎娣,张玲,周英彪. 生物技术. 2019(01)
博士论文
[1]甘蓝型油菜抗寒资源筛选及抗寒性机理研究[D]. 闫蕾.华中农业大学 2019
[2]拟南芥响应低温的分子遗传学机制分析[D]. 王帅.吉林大学 2016
硕士论文
[1]基于芯片数据的水稻非生物逆境相关基因筛选及其启动子分析[D]. 李嘉平.湖南农业大学 2012
本文编号:3366183
本文链接:https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3366183.html
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