磷酸化相关的氨基酸多态性鉴定及其编码基因的表达及功能研究

发布时间：2021-08-27 19:12

　　非同义单核苷酸多态性（Non-synonymous Single Nucleotide Polymorphisms,nsSNPs）可改变氨基酸的序列,形成单氨基酸多态性（Single Amino acid Polymorphisms,SAPs）并导致蛋白功能的改变。尽管国内外研究已经预测了许多潜在与磷酸化/激酶相关的单氨基酸多态性（phosphorylation related SAPs,pSAPs）位点,但目前这些预测的pSAPs蛋白序列还基本未验证过,且它们的特征和功能的研究并不充分。本研究从多角度系统挖掘了pSAPs及它们的编码基因表达特征及功能作用。根据先前通过质谱数据验证过的SAPs和已知的磷酸化信息,我们鉴定到了847个高可信度的pSAPs,其中涉及到814个不同的变异蛋白。这些pSAPs具有690个编码基因,而且这些基因在GTEx（Genotype-Tissue Expression）数据集中的27种不同正常组织中广泛表达,其中一部分在特定的组织中显著富集高表达。接着,我们探索了pSAPs影响蛋白磷酸化修饰的方式,并系统分析pSAPs变异对蛋白功能的影响,结果显示90%的... 

【文章来源】：华东师范大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：107 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

研究策略及流程

是找到文本的位置，在该位置给出现给定的模式，允许匹配中出现有限数量的。这些错误是生物学家知道的遗传序列中常见的操作。两个序列之间的距离被为将一个序列转换成另一个序列的最小操作序列。两个序列之间的比对只是每列的字符之间的配对匹配。成对序列比对分析通过搜索得分最高的比对来评判两个序列的相似性。基于规划方法的成对序列分析有两种对齐方式：1 ）全局对齐：尝试对齐每个序列中的每个剩余部分，当查询集中的序列相似大小大致相等时，这种对齐方式最有用。Needleman 和 Wunsch 是第一个提出规划算法的人[33]，该算法可以找到两个氨基酸序列之间的全局对齐。2 ）局部对齐：对于怀疑在其较大序列上下文中包含相似区域的不同序列更有。Smith 和 Waterman[34]引入了一种新的算法，该算法采用了不同的评分相似法，目的是以全局评分为代价来寻找最佳的局部比对。

python2.7 实现了蛋白质氨基酸序列比对的算法。人们早就知道结构信息比其基础序列对应物更具弹性[36]。序列匹配的原理相当简单，利用 SAP（周围±7 个氨基酸残基）序列与PhosphoSitePlus（2018.11.16）中的磷酸化位点/激酶结合区域序列，通过成对比对算法来构建搜索 pSAPs 的算法（图 2-2）。通过这种方式，可以无缝地组合序列比配算法，处理缺少或者对齐的情况，特别适合用于匹配变异肽段或者突变基因序列。组合磷酸化位点和激酶结合区域的几个替代结构对准器的解决方案也提供了一种方便的方法，来客观地解决基于替代结构的序列比对模型时产生的困难。在这种情况下，基于一致性的方法可以识别所有考虑的方法中最佳匹配的变异肽段。

【参考文献】：
硕士论文
[1]SAPs对蛋白质功能影响特征分析及性能评估[D]. 龚小龙.华中科技大学 2011



本文编号：3366932