马铃薯StERF10基因克隆及重金属胁迫下表达分析

发布时间：2021-08-30 17:34

　　研究采用RT-PCR方法从"云薯505"中克隆并分析一个转录因子基因StERF10。序列分析结果表明,该基因全长494 bp,编码145个氨基酸。预测蛋白相对分子质量为16.66374 ku,理论等电点为9.04,此外,二级结构和三级结构预测表明,该蛋白含有典型AP2/ERF家族转录因子AP2结合域,属于不稳定亲水蛋白,主要位于细胞质中。通过氨基酸同源性比对和进化树分析表明StERF10和番茄亲缘关系最近,同源相似度为99.31%。同时,实时荧光PCR结果表明,重金属Pb²⁺、Ni²⁺、Zn²⁺、Cu²⁺、Cd²⁺均可诱导该基因表达,其表达水平随时间和组织不同而不同,在重金属胁迫中,Pb²⁺和Ni²⁺胁迫6 h根系StERF10表达水平分别比0 h高19.43倍和21.16倍。此外,在Zn²⁺和Cu²⁺胁迫下,6h茎中StERF10表达水平分别比0 h提高2.16倍和4.46倍,Cd

【文章来源】：东北农业大学学报. 2020,51(09)北大核心CSCD

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【部分图文】：

St ERF10基因PCR扩增电泳

图2 StERF10核苷酸序列和推测的氨基酸序列由图3可知，标度值<0区域比>0密集，因此结合GRAVY值为负，更进一步预测该蛋白为亲水蛋白。同时，利用在线软件Signal P-5.0预测蛋白信号肽表明，C-max、Y-max、S-max位点均为1,C、Y、S值均为0,SP="NO"，已知当C、Y、S值计算结果均为‘YES’且平均值在0.5以上时，才可能存在信号肽。说明St ERF10蛋白无信号肽，属于非分泌型蛋白。

使用SOPMA工具预测蛋白二级结构，结果显示该蛋白中77个氨基酸形成无规则螺旋（Random coil），占53.10%,48个α螺旋（Alpha helix），占33.10%;16条延伸链（Extended strand），占11.03%;4个氨基酸形成β转角（Beta turn），占2.76%。利用SWISS-MODEL作三级结构同源建模，如图4所示。2.5 St ERF10蛋白同源性及进化树分析

【参考文献】：
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本文编号：3373215