桃Aux/IAA家族基因鉴定及在果实成熟过程中的表达分析
发布时间：2021-09-04 19:01
通过生物信息学鉴定桃基因组中生长素/吲哚乙酸（Aux/IAA）基因家族,并对其在溶质型和硬质型桃果实成熟阶段的表达水平进行q RT-PCR检测。结果表明:桃Aux/IAA基因家族包含22个成员,这些基因集中分布在5条染色体上,以第1条染色体上含有最多,为8个。大部分Aux/IAA基因包含高度保守的Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ功能域,聚类分析表明其分为10类。基因结构分析显示这些基因包含25个外显子。荧光定量PCR分析表明10个Aux/IAA基因在溶质型桃果实的表达量高于对应时期硬质型桃果实,其中5个基因随着溶质型桃果实的成熟上调表达,特别是ppa010303m、ppa010871m和ppa020369m。试验结果表明桃Aux/IAA家族成员在结构上高度保守,其中多个成员（尤其是ppa010303m、ppa010871m和ppa020369m等）可能参与调控桃果实的成熟。
【文章来源】：园艺学报. 2017,44(02)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
桃Aux/IAA蛋白家族序列比对Fig.1MultiplealignmentsofpeachAux/IAAproteins
ZengWenfang，WangXiaobei，PanLei，NiuLiang，LuZhenhua，CuiGuochao，WangZhiqiang.IdentificationandexpressionprofilingofAux/IAAfamilygeneduringpeachfruitripening.238ActaHorticulturaeSinica，2017，44(2)：233–244.图1桃Aux/IAA蛋白家族序列比对Fig.1MultiplealignmentsofpeachAux/IAAproteins图2桃Aux/IAA基因在染色体上的分布Fig.2GenomicdistributionofAux/IAAgenesonpeachchromosomes
曾文芳，王小贝，潘磊，牛良，鲁振华，崔国朝，王志强.桃Aux/IAA家族基因鉴定及在果实成熟过程中的表达分析.园艺学报，2017，44(2)：233–244.239图4AUX/IAA，ACS和YUCCA11在‘黄金蜜3号’和‘Yumyeong’桃果实各成熟阶段（S3-1、S3-2、S4-1和S4-2）的表达Fig.4ExpressionofAUX/IAA，ACSandYUCCA11genesin‘Goldhoney3’and‘Yumyeong’peachfruitsweresampledattheS3-1，S3-2，S4-1，andS4-2stages图3桃Aux/IAA的进化关系和结构进化树由MEGA4.0的邻接法绘制，参数设置在1000次重复。黄色代表外显子，细线代表内含子，蓝色代表编码区上下游的非翻译区。Fig.3StructureandphylogeneticrelationshipofpeachAux/IAAproteinsTheunrootedtreewasgeneratedusingMEGA4.0programbyNeighbor-Joiningmethod.Bootstrapvaluesfrom1000replicatesareindicatedateachbranch.Theexonsarerepresentedbyyellowboxes，theintronsarerepresentedbylines，andupstream/downstreamregionsarerepresentedbyblueboxes.2.3桃Aux/IAA基因在溶质型和硬质型桃果实成熟过程中的表达前期数据表明，溶质型桃（‘黄金蜜3号’和‘中油桃13号’）随着果实的成熟，生长素含量和乙烯释放量迅速增加，果实硬度迅速下降；而硬质型桃（‘Yumyeong’和‘中油桃16号’）生长素含量和乙烯释放量均处于极低的水平，果实硬度也没有明显改变（Panetal.，2015；Zengetal.，2015）。采用数字表达谱对溶质型桃‘黄金蜜3号’和硬质型桃‘Yumyeong’成熟期进行测序，将其Aux/IAA家族基因的reads数RPKM均一化，绘制热图见图4。同时将这些基因的RPKM值与乙烯合成限速酶（ACS1，ppa004774m）和生长素合成限速酶（YUCCA11，ppa008176m）基因的RPKM值进行聚类，结果显示ppa011821m、ppa
【参考文献】：
期刊论文
[1]生长素对油桃‘24-30’果实软化和乙烯生物合成的影响[J]. 曾文芳,王志强,潘磊,刘慧,牛良,鲁振华,崔国朝. 果树学报. 2015(02)
[2]桃果实采后软化过程中内源IAA、ABA和乙烯的变化[J]. 吴敏,陈昆松,贾惠娟,徐昌杰,张上隆. 果树学报. 2003(03)
本文编号：3383830
【文章来源】：园艺学报. 2017,44(02)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
桃Aux/IAA蛋白家族序列比对Fig.1MultiplealignmentsofpeachAux/IAAproteins
ZengWenfang，WangXiaobei，PanLei，NiuLiang，LuZhenhua，CuiGuochao，WangZhiqiang.IdentificationandexpressionprofilingofAux/IAAfamilygeneduringpeachfruitripening.238ActaHorticulturaeSinica，2017，44(2)：233–244.图1桃Aux/IAA蛋白家族序列比对Fig.1MultiplealignmentsofpeachAux/IAAproteins图2桃Aux/IAA基因在染色体上的分布Fig.2GenomicdistributionofAux/IAAgenesonpeachchromosomes
曾文芳，王小贝，潘磊，牛良，鲁振华，崔国朝，王志强.桃Aux/IAA家族基因鉴定及在果实成熟过程中的表达分析.园艺学报，2017，44(2)：233–244.239图4AUX/IAA，ACS和YUCCA11在‘黄金蜜3号’和‘Yumyeong’桃果实各成熟阶段（S3-1、S3-2、S4-1和S4-2）的表达Fig.4ExpressionofAUX/IAA，ACSandYUCCA11genesin‘Goldhoney3’and‘Yumyeong’peachfruitsweresampledattheS3-1，S3-2，S4-1，andS4-2stages图3桃Aux/IAA的进化关系和结构进化树由MEGA4.0的邻接法绘制，参数设置在1000次重复。黄色代表外显子，细线代表内含子，蓝色代表编码区上下游的非翻译区。Fig.3StructureandphylogeneticrelationshipofpeachAux/IAAproteinsTheunrootedtreewasgeneratedusingMEGA4.0programbyNeighbor-Joiningmethod.Bootstrapvaluesfrom1000replicatesareindicatedateachbranch.Theexonsarerepresentedbyyellowboxes，theintronsarerepresentedbylines，andupstream/downstreamregionsarerepresentedbyblueboxes.2.3桃Aux/IAA基因在溶质型和硬质型桃果实成熟过程中的表达前期数据表明，溶质型桃（‘黄金蜜3号’和‘中油桃13号’）随着果实的成熟，生长素含量和乙烯释放量迅速增加，果实硬度迅速下降；而硬质型桃（‘Yumyeong’和‘中油桃16号’）生长素含量和乙烯释放量均处于极低的水平，果实硬度也没有明显改变（Panetal.，2015；Zengetal.，2015）。采用数字表达谱对溶质型桃‘黄金蜜3号’和硬质型桃‘Yumyeong’成熟期进行测序，将其Aux/IAA家族基因的reads数RPKM均一化，绘制热图见图4。同时将这些基因的RPKM值与乙烯合成限速酶（ACS1，ppa004774m）和生长素合成限速酶（YUCCA11，ppa008176m）基因的RPKM值进行聚类，结果显示ppa011821m、ppa
【参考文献】：
期刊论文
[1]生长素对油桃‘24-30’果实软化和乙烯生物合成的影响[J]. 曾文芳,王志强,潘磊,刘慧,牛良,鲁振华,崔国朝. 果树学报. 2015(02)
[2]桃果实采后软化过程中内源IAA、ABA和乙烯的变化[J]. 吴敏,陈昆松,贾惠娟,徐昌杰,张上隆. 果树学报. 2003(03)
本文编号：3383830
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3383830.html
最近更新
教材专著
