基于叶绿体基因标记的栽培百合母系溯源及百合属（Lilium）DNA条形码的开发
发布时间：2021-09-11 14:51
百合不仅是重要的园林花卉、重要切花和盆栽植物,还广泛用于食用和药用。在园林花卉中,因其花姿优美、花意美好,是园林花卉中具有重大商业价值的植物,也是国内外研究者多次研讨的热点植物。从传统的经典分类学到现代分子系统发育学,百合属（Lilium）植物的起源已经逐渐清晰,系统发育同样也有了轮廓,目前杂交品种不断的培育而出,野生资源的分布十分的广泛,我国虽然是百合属植物的分布中心,但是百合育种起步较晚,且严重滞后,杂交带有较大的盲目性和随机性,部分种球都是依赖进口,这已严重制约我国百合产业的发展。如何利用我国的资源优势和在引进基础上进行百合新种质创制是必须要解决的现实问题,而栽培百合品种的亲本溯源是百合育种首先要展开的一项基础性工作。本研究立足我国资源优势,针对我国百合育种的严重滞后现状,基于开发的高分辨率叶绿体基因组高变区,在充分合理取样的基础上构建可靠的系统发育关系,开展栽培百合品种的母系亲本溯源及百合属（Lilium）DNA条形码的开发。主要研究结论如下:1.基于叶绿体基因组高变区,将116个栽培品种与44个野生种进行联合构建系统发育树,建树结果表明,参与116种栽培品种的野生种有22个,...
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
百合叶绿体基因组比对结果
20评价标准，以选择最大可能的树。构建BI树所用的软件是PAUPv4b10[61]，支持率则采用1000次随机添加序列，以及treebisection–reconnection(TBR)做分支交换的方式来进行评估，BI模型构建，ngen设置为1000000，burnin=ngen*0.25/samplefreq，Lsetnst=6rates=invgamma，Prsetstatefreqpr=dirichlet（1，1，1，1），使用Clumpak[62]对STRUCTURE结果的图形可视化。查看结果用软件FigTreev1.3.1(http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/)。2.2实验结果2.2.1DNA提取及PCR扩增通过1%的琼脂糖凝胶电泳检验DNA提取部分结果(图3A)，从图3的结果显示DNA纯度较高，结果完整，无明显降解，可以用于下一步的PCR扩增。以同样的方式检测PCR的结果，结果与预期的片段长度相一致。可以进行PCR，PCR产物回收后测序，得到序列。图3A：部分材料DNA提取结果;Trans2KDNAMarker：Figure3A:PartialmaterialDNAextractionresults;Trans2KDNAMarker:2000bp注：8PearlCarolina9PearlJessica10PearlStacy12RedAlert18Muscadet（伴娘）35Orania（回忆）7PassionMoon（激情）19BeijingMoon（北京）21卡佛里23卡瓦纳33CebCrimson（红孩儿）38Regalealbum（纪念册）44米莱西莫45BrightDiamond（亮钻）47L.martagonalbum48L.regale51PinkPerfection（完美）50泰伯54提伯39GoldenSplendour（金色光辉）4Elodie5Navona6Nello7OrangeElectric13RedLife15Toronto17Inuvik（白鹤）31LeslieWoodriff（荷兰女王）32Buzzer（门铃）42YellowPlanet（阑珊）43PearlLoraine（雷恩）55西诺红
36图4DNA条形码matK的组合建树。Figure4ThecombinationofDNAbarcodematK（2）：ycf1b的建树结果分为两个组如图5所示，轮叶组（Sect.Leucolirion）的L.distichum（东北百合），L.hansoni（竹叶百合），L.henrici（墨江百合）和L.martagonvar.pilosiusculum（新疆百合）聚在了卷瓣组上（Sect.Sinomartagon）。第二组分为两个小分支，卷瓣组（Sect.Sinomartagon）的分支上，轮叶组（Sect.Martagon）的L.martagon（玛塔）和L.tsingtauense（青岛百合）混杂其中。喇叭组（Sect.Leucolirion）的分支上，具叶柄组的L.rubellum（天香百合）和卷瓣组（sect.Sinomartagon）的L.nepalensevar.ochraceum（披针叶）聚在同一个分支上,不能区分。
【参考文献】：
期刊论文
[1]DNA条形码分析方法研究进展[J]. 杨倩倩,刘苏汶,俞晓平. 应用生态学报. 2018(03)
[2]安顺地区百合种质资源调查与鉴定[J]. 王友莎,卿攀,朱喜玲. 科技资讯. 2017(21)
[3]百合总皂苷的现代研究进展[J]. 张维西,朱峰,胡瑞,张春晖. 河北北方学院学报(自然科学版). 2017(06)
[4]DNA条形码技术在中药鉴定中的应用进展[J]. 张彩云,黄珊珊,颜海飞. 中草药. 2017(11)
[5]DNA条形码在山茶属近缘植物鉴别中的应用（英文）[J]. 温贝贝,邓丽,叶霞,贺巍,刘建军,苏会,李美凤,冯建灿. 广东农业科学. 2017(01)
[6]基于3种基因序列对百合属Leucolirion组的系统发育与种间关系研究[J]. 赖山潘,沈呈娟,周颂东,何兴金. 西北植物学报. 2016(08)
[7]基于DNA条形码的百合属分子鉴定[J]. 郑司浩,李亚康,任伟光,黄林芳. 药学学报. 2014(12)
[8]猕猴桃EPIC标记开发及其在猕猴桃属植物系统发育分析中的应用[J]. 刘磊,姚小洪,黄宏文. 园艺学报. 2013(06)
[9]百合属植物的研究进展[J]. 李金鹏,郑春雨,刘井莉. 北方园艺. 2013(07)
[10]百合属野生种及品种亲缘关系的ISSR分析[J]. 吴祝华,施季森,席梦利,姜福星,邓明文. 江苏农业科学. 2012(01)
博士论文
[1]我国百合属植物资源评价及抗病基因同源序列（RGA）的研究[D]. 杜运鹏.北京林业大学 2014
[2]菝葜（Smilax china L.）叶绿体基因组分析及基于单子叶植物cpDNA基因组的比较研究[D]. 刘娟.浙江大学 2012
硕士论文
[1]百合属的比较叶绿体基因组学研究[D]. 毕彧.吉林农业大学 2017
[2]川黔地区百合属植物资源表型多样性及孢粉学研究[D]. 罗仕凤.四川农业大学 2011
[3]DNA条形码技术在石耳属地衣分类中的应用[D]. 郑方圆.哈尔滨工业大学 2011
[4]百合远缘杂种的获得及鉴定[D]. 李蕊.河北农业大学 2011
[5]百合杂交育种及杂交种子特性的研究[D]. 周晓杰.东北农业大学 2009
[6]百合科（Liliaceae）植物花粉形态及花粉发育的研究[D]. 苏立娟.首都师范大学 2006
本文编号：3393199
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
百合叶绿体基因组比对结果
20评价标准，以选择最大可能的树。构建BI树所用的软件是PAUPv4b10[61]，支持率则采用1000次随机添加序列，以及treebisection–reconnection(TBR)做分支交换的方式来进行评估，BI模型构建，ngen设置为1000000，burnin=ngen*0.25/samplefreq，Lsetnst=6rates=invgamma，Prsetstatefreqpr=dirichlet（1，1，1，1），使用Clumpak[62]对STRUCTURE结果的图形可视化。查看结果用软件FigTreev1.3.1(http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/)。2.2实验结果2.2.1DNA提取及PCR扩增通过1%的琼脂糖凝胶电泳检验DNA提取部分结果(图3A)，从图3的结果显示DNA纯度较高，结果完整，无明显降解，可以用于下一步的PCR扩增。以同样的方式检测PCR的结果，结果与预期的片段长度相一致。可以进行PCR，PCR产物回收后测序，得到序列。图3A：部分材料DNA提取结果;Trans2KDNAMarker：Figure3A:PartialmaterialDNAextractionresults;Trans2KDNAMarker:2000bp注：8PearlCarolina9PearlJessica10PearlStacy12RedAlert18Muscadet（伴娘）35Orania（回忆）7PassionMoon（激情）19BeijingMoon（北京）21卡佛里23卡瓦纳33CebCrimson（红孩儿）38Regalealbum（纪念册）44米莱西莫45BrightDiamond（亮钻）47L.martagonalbum48L.regale51PinkPerfection（完美）50泰伯54提伯39GoldenSplendour（金色光辉）4Elodie5Navona6Nello7OrangeElectric13RedLife15Toronto17Inuvik（白鹤）31LeslieWoodriff（荷兰女王）32Buzzer（门铃）42YellowPlanet（阑珊）43PearlLoraine（雷恩）55西诺红
36图4DNA条形码matK的组合建树。Figure4ThecombinationofDNAbarcodematK（2）：ycf1b的建树结果分为两个组如图5所示，轮叶组（Sect.Leucolirion）的L.distichum（东北百合），L.hansoni（竹叶百合），L.henrici（墨江百合）和L.martagonvar.pilosiusculum（新疆百合）聚在了卷瓣组上（Sect.Sinomartagon）。第二组分为两个小分支，卷瓣组（Sect.Sinomartagon）的分支上，轮叶组（Sect.Martagon）的L.martagon（玛塔）和L.tsingtauense（青岛百合）混杂其中。喇叭组（Sect.Leucolirion）的分支上，具叶柄组的L.rubellum（天香百合）和卷瓣组（sect.Sinomartagon）的L.nepalensevar.ochraceum（披针叶）聚在同一个分支上,不能区分。
【参考文献】：
期刊论文
[1]DNA条形码分析方法研究进展[J]. 杨倩倩,刘苏汶,俞晓平. 应用生态学报. 2018(03)
[2]安顺地区百合种质资源调查与鉴定[J]. 王友莎,卿攀,朱喜玲. 科技资讯. 2017(21)
[3]百合总皂苷的现代研究进展[J]. 张维西,朱峰,胡瑞,张春晖. 河北北方学院学报(自然科学版). 2017(06)
[4]DNA条形码技术在中药鉴定中的应用进展[J]. 张彩云,黄珊珊,颜海飞. 中草药. 2017(11)
[5]DNA条形码在山茶属近缘植物鉴别中的应用（英文）[J]. 温贝贝,邓丽,叶霞,贺巍,刘建军,苏会,李美凤,冯建灿. 广东农业科学. 2017(01)
[6]基于3种基因序列对百合属Leucolirion组的系统发育与种间关系研究[J]. 赖山潘,沈呈娟,周颂东,何兴金. 西北植物学报. 2016(08)
[7]基于DNA条形码的百合属分子鉴定[J]. 郑司浩,李亚康,任伟光,黄林芳. 药学学报. 2014(12)
[8]猕猴桃EPIC标记开发及其在猕猴桃属植物系统发育分析中的应用[J]. 刘磊,姚小洪,黄宏文. 园艺学报. 2013(06)
[9]百合属植物的研究进展[J]. 李金鹏,郑春雨,刘井莉. 北方园艺. 2013(07)
[10]百合属野生种及品种亲缘关系的ISSR分析[J]. 吴祝华,施季森,席梦利,姜福星,邓明文. 江苏农业科学. 2012(01)
博士论文
[1]我国百合属植物资源评价及抗病基因同源序列（RGA）的研究[D]. 杜运鹏.北京林业大学 2014
[2]菝葜（Smilax china L.）叶绿体基因组分析及基于单子叶植物cpDNA基因组的比较研究[D]. 刘娟.浙江大学 2012
硕士论文
[1]百合属的比较叶绿体基因组学研究[D]. 毕彧.吉林农业大学 2017
[2]川黔地区百合属植物资源表型多样性及孢粉学研究[D]. 罗仕凤.四川农业大学 2011
[3]DNA条形码技术在石耳属地衣分类中的应用[D]. 郑方圆.哈尔滨工业大学 2011
[4]百合远缘杂种的获得及鉴定[D]. 李蕊.河北农业大学 2011
[5]百合杂交育种及杂交种子特性的研究[D]. 周晓杰.东北农业大学 2009
[6]百合科（Liliaceae）植物花粉形态及花粉发育的研究[D]. 苏立娟.首都师范大学 2006
本文编号：3393199
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3393199.html
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