花鲈病毒感染后qPCR内参基因的筛选与应用

发布时间：2021-09-11 21:38

　　在开展花鲈（Lateolabrax maculatus）抗病毒饲料评价而采用qPCR进行病毒增殖以及免疫基因表达分析中需要首先确定病毒感染后稳定的内参基因。本研究选取12个组织/细胞（中肠、肌肉、胃、脑、心、肝、鳃、头肾、后肾、胸鳍、脾和花鲈肾细胞）,采用qPCR方法检测花鲈虹彩病毒（Lateolabrax maculatus iridovirus,LMIV）感染前后RNAPoLⅡ、HPRT、TUBA、ACTB、18S rRNA、B2M、RPL7及EF1A8个基因的Ct值,采用GeNorm、NormFinder、BestKeeper软件评估内参基因表达的稳定性。以筛选的内参基因为基础建立qPCR方法,在LMIV感染花鲈肾细胞系10、24、48、72、96、120 h后对病毒ORF92R、基因进行表达分析。GeNorm软件结果表明8个候选内参基因在感染LMIV后的花鲈不同组织/细胞中的表达稳定性为:RNAPoLⅡ=HPRT>RPL7>TUBA>ACTB>18SrRNA>B2M>EF1A。NormFinder软件结果显示18S rRNA在对照组花鲈不同组... 

【文章来源】：饲料工业. 2020,41(24)北大核心

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

攻毒组和对照组花鲈脾LMIV检测电泳图

Ge Norm分析显示8个候选基因在正常花鲈不同组织/细胞中表达稳定性为：RNAPo LⅡ=RPL7>18S r RNA>HPRT>ACTB>B2M>TUBA>EF1A，其中RNAPo LⅡ和RPL7是表达最稳定的内参基因；攻毒后8个内参基因表达稳定性为：RNAPo LⅡ=HPRT>RPL7>TUBA>ACTB>18S r RNA>B2M>EF1A，其中RNAPo LⅡ和HPRT的M值最小，是最稳定的内参基因，EF1A表达稳定性最差(图3A)；根据配对变异Vn/n+1值可以筛选多个内参基因，最小配对变异值V2/3>0.15，且V3/4<0.15，因此选取3个内参基因(图4)；因此在LMIV感染后选取3个内参基因(图4A)，即RNAPo LⅡ、RPL7及HPRT。2.3.2 NormFinder软件分析

Best Keeper软件分析结果表明攻毒组中，TUBA、ACTB、18S r RNA、B2M、EF1A基因的SD>1，均不适合作为内参基因使用，对照组中HPRT、TUBA、ACTB、B2M、EF1A基因的SD>1，也不适合作为内参基因。8个内参基因在攻毒后花鲈不同组织/细胞中RPL7的SD值最小（0.68);18S r RNA在对照组中SD值最小（0.66）（表4）。图4 Vn/n+1比值分析

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
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本文编号：3393764