低氧抑制胰腺癌转移相关基因的筛选

发布时间：2021-09-18 11:55

　　[目的]通过生物信息学筛选低氧处理前后胰腺癌细胞中具有表达差异并与预后相关的基因COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1,实验验证这些基因在低氧处理和对照组人胰腺癌细胞中的表达,并研究低氧处理对胰腺癌细胞迁移和侵袭的影响,初步探讨这些基因作为胰腺癌早期发展和转移的重要诊断生物标志物和潜在治疗靶点的作用。[方法]1.生物信息学分析低氧处理前后胰腺癌细胞中具有高度转移潜能的差异基因,筛选出与预后相关的基因。2.采用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验证基因COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1在人非恶性永生化胰腺细胞（HPDE细胞株）和人胰腺导管癌细胞（SW1990细胞株）以及低氧处理前后这些基因在具有高度转移潜能人胰腺癌细胞（l3.6pl细胞株）中的表达水平。3.采用划痕实验、Transwell迁移实验和Transwell侵袭实验观察低氧处理对l3.6pl细胞迁移和侵袭能力的影响。[结果]1.HPDE细胞和20种胰腺导管癌细胞之间的差异表达基因与具有高度转移潜能的胰腺癌细胞l3.6pl的正常氧和低氧环境之间的差异表达基因共298个（P<0.05,F>2... 

【文章来源】：南华大学湖南省

【文章页数】：81 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

GSE9350数据集和GSE40098数据集共有的基因数目

第3章实验结果173.2差异基因的GO功能注释和KEGG路径富集分析GO功能注释分析包括：生物过程（BP），细胞成分（CC），分子功能（MF）。差异基因的DAVID功能富集结果如下：(1)BP最重要的是凋亡的负调控（包含15个基因：MCL1,SNCA,SMAD3,BIRC3,WT1,FLNA,PPIF,SERPINB9,CDKN1A,SQSTM1,PRKAA2,ITCH,CAMK1D,ANGPTL4,DHCR24），如图3.2和表3.2所示。图3.2差异基因的BP富集分析P=0.05reference：-Log10(0.05)；-Log10(Pvalue)：P值的负对数转换值；Count：参与富集分析的基因数表3.2差异基因的BP富集分析TermCount%PvalueGO:0008544~epidermisdevelopment72.3489932890.00261422GO:0006470~proteindephosphorylation82.6845637580.004544875GO:0006396~RNAprocessing72.3489932890.005028729GO:0007062~sisterchromatidcohesion72.3489932890.006715425GO:0007286~spermatiddevelopment62.0134228190.008354539GO:0006027~glycosaminoglycancatabolicprocess41.3422818790.008380757GO:0006919~activationofcysteine-typeendopeptidaseactivityinvolvedinapoptoticprocess62.0134228190.011355003GO:0043066~negativeregulationofapoptoticprocess凋亡的负调节155.0335570470.017147729GO:0071850~mitoticcellcyclearrest31.0067114090.018251893GO:0031929~TORsignaling31.0067114090.0210681Count：参与富集分析的基因数；%：参与富集分析的基因数占总差异基因之比

南华大学硕士学位论文18(2)CC中差异基因在细胞各个部位均存在，包括细胞核（101个基因）、细胞质（100个基因）、胞浆（83个基因）、核质（60个基因），如图3.3和表3.3所示。图3.3差异基因的CC富集分析P=0.05reference：-Log10(0.05)；-Log10(Pvalue)：P值的负对数转换值；Count：参与富集分析的基因数表3.3差异基因的CC富集分析TermCount%PvalueGO:0005829~cytosol细胞核8327.852348992.15E-06GO:0005654~nucleoplasm细胞质6020.134228190.004382975GO:0005737~cytoplasm细胞浆10033.557046980.005923621GO:0031512~motileprimarycilium31.0067114090.009557791GO:0005634~nucleus核质10133.892617450.012353899GO:0016234~inclusionbody31.0067114090.030006059GO:0005813~centrosome134.3624161070.030506499GO:0043231~intracellularmembrane-boundedorganelle155.0335570470.046512287GO:0000775~chromosome,centromericregion41.3422818790.055779507GO:0005764~lysosome82.6845637580.057791025Count：参与富集分析的基因数；%：参与富集分析的基因数占总差异基因之比(3)MF主要为蛋白质结合（154个基因）、poly（A）RNA结合（27个基因）、同类蛋白质结合（21个基因），差异基因可能通过这些途径参与肿瘤的转移，如图3.4和表3.4所示。

【参考文献】：
期刊论文
[1]Challenges in diagnosis of pancreatic cancer[J]. Lulu Zhang,Santosh Sanagapalli,Alina Stoita.  World Journal of Gastroenterology. 2018(19)
[2]Epigenetics and pancreatic cancer:Pathophysiology and novel treatment aspects[J]. Daniel Neureiter,Tarkan Jger,Matthias Ocker,Tobias Kiesslich.  World Journal of Gastroenterology. 2014(24)
[3]Hedgehog signaling pathway as a new therapeutic target in pancreatic cancer[J]. Hideya Onishi,Mitsuo Katano.  World Journal of Gastroenterology. 2014(09)



本文编号：3400093