黄河鲤SoxD亚家族基因结构、表达模式及功能分析

发布时间：2021-09-22 14:35

　　Sox基因家族是一类与哺乳动物睾丸决定基因相关的转录因子,广泛存在于整个生物界中,参与生物的多个发育过程。本文中所研究的SoxD亚族属于Sox基因家族,已经被证实参与小鼠和人等生物的神经发育调控,在生物神经发育的多个过程及组织中都有表达,但它在淡水鱼中的研究还比较少。本研究首先从本实验室构建的鲤鱼转录组库中挑选出黄河鲤SoxD亚家族中的3个基因CcSox5、CcSox6和CcSox13,通过Blast搜索、DNAman比对、PCR测序验证等方法确定3个基因的全长序列,然后利用生物信息学的方法对基因序列结构进行了分析。结果发现:黄河鲤SoxD亚族3个基因的全长分别为2800 bp、3000 bp、2366 bp,分别编码780、784、602个氨基酸,每个基因都包含72个氨基酸的Sox基因家族特有的HMG-box基序。CcSox5和CcSox6分别含有2个外显子,1个内含子;CcSox13含有4个外显子,3个内含子。染色体同线性分析结果显示CcSox5和CcSox13在不同的物种中都与基因etnk相邻,这一点在进化上比较保守,但是Sox6未找到与其邻近的保守基因。分析3个基因5’侧翼上游... 

【文章来源】：河南师范大学河南省

【文章页数】：78 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

CcSox5,CcSox6andCcSox13的基因组结构分析

图 3-5 CcSoxD 基因的同线性分析注：方框代表基因所在染色体；箭头代表基因的方向；Chr 代表染色体；Scaffold 代表骨架；Fig 3-5 Chromosome syntenic relationship of the CcSoxD genesNote：Rectangles: Genes in Chromosome; Arrow: Gene –coding direction; Chr: Chromosome检索三个基因起始密码子上游 2000 bp 的序列并用在线软件 MatInspector 对这 2 序列上转录因子结合位点进行搜索与分析，结果发现了一些功能性的转录因子，如6 所示。有一些蛋白如 BSX、BRN4 和 NGN-NEUROD 与神经发育密切相关；一些因子如 Oct4、Nanog 和 FOXP1 与干细胞以及细胞的多能性有关；还有一些转录因合位点如 AP1、CEBPB、NF-Y 和 SF1 等能调控基因的表达。

图 3-6 CcSoxD 基因 5’上游的转录因子结合位点分析Fig 3-6 Transcription factor binding sites in the promoter of CcSoxD河鲤 SoxD 亚族基因表达模式分析黄河鲤各组织总 RNA 的提取照 2.2.5 中所描述的总 RNA 的提取方法提取黄河鲤幼鱼、2 年生成鱼的各

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3403921