马尾松苗期转录组bHLH基因家族成员鉴定及表达分析
发布时间：2021-10-01 06:35
植物碱性螺旋-环-螺旋（basic helix-loop-helix, bHLH）转录因子是真核生物体内第二大类转录因子,在植物的生长发育、次生代谢和逆境响应中起着重要作用。本研究对马尾松（Pinus massoniana）苗期根样品进行转录组测序,筛选出bHLH家族基因序列,运用生物信息学方法对其进行亚细胞定位、保守基序（motif）、表达模式及系统进化等分析。结果显示,从马尾松转录组中共鉴定得到64个马尾松bHLH家族基因,经预测主要定位在细胞核;保守基序中motif1和motif2出现频率最多;在低磷胁迫条件下,PmbHLH01/09/27/29/32/39/41等基因呈显著差异表达,可能参与低磷胁迫响应。本研究结果为进一步揭示马尾松bHLH转录因子响应磷素改变的生物学功能提供参考依据。
【文章来源】：农业生物技术学报. 2020,28(11)北大核心CSCD
【文章页数】：13 页
【部分图文】：
马尾松转录组b HLH家族成员的保守结构域分析
根据马尾松b HLH基因家族的转录组分析结果，随机挑选16个基因，以q RT-PCR方法进行验证，结果如图5所示。比较发现，16个Pmb HLHs的q RT-PCR结果与转录组的表达趋势一致，表明转录组分析结果的可靠性较高。16个Pmb HLHs的q RT-PCR结果显示，Pmb HLH01/09/29/39/41在低磷胁迫36 d显著下调表达(P<0.05)，恢复供磷24 h表达上升(P<0.05);Pmb HLH27/32在低磷胁迫36 d上调表达(P<0.05)，恢复供磷24 h表达下降(P<0.05)。由此推测上述7个b HLHs可能参与响应马尾松应答低磷胁迫。3 讨论
马尾松苗进行低磷胁迫36 d及恢复供磷24 h的处理，提取根的总RNA进行转录组分析，对64个b HLH基因家族成员表达数据制作热图。结果显示(图4)，各b HLH基因家族成员在低磷胁迫36 d和恢复供磷24 h的表达存在差异。低磷胁迫36 d,34个基因下调表达，其中Pmb HLH01/09/29/39/41/44下调表达显著(P<0.05);26个基因上调表达，其中Pmb HLH27/47/57上调表达较明显(P<0.05);Pmb HLH14/38/55没有表达；Pmb HLH25在对照组中表达，在处理组中不表达。在恢复供磷24 h,26个基因下调表达，其中Pmb HLH30下调表达明显(P<0.05);35个基因上调表达，其中Pmb HLH35/49/57上调表达较明显(P<0.05),Pmb HLH14/38/55没有表达。根据马尾松b HLH基因家族的转录组分析结果，随机挑选16个基因，以q RT-PCR方法进行验证，结果如图5所示。比较发现，16个Pmb HLHs的q RT-PCR结果与转录组的表达趋势一致，表明转录组分析结果的可靠性较高。16个Pmb HLHs的q RT-PCR结果显示，Pmb HLH01/09/29/39/41在低磷胁迫36 d显著下调表达(P<0.05)，恢复供磷24 h表达上升(P<0.05);Pmb HLH27/32在低磷胁迫36 d上调表达(P<0.05)，恢复供磷24 h表达下降(P<0.05)。由此推测上述7个b HLHs可能参与响应马尾松应答低磷胁迫。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Transcriptome-wide identification and expression profiling of Pinus massoniana MYB transcription factors responding to phosphorus deficiency[J]. Fuhua Fan,Qingzhu Wang,Xiaopeng Wen,Guijie Ding. Journal of Forestry Research. 2020(03)
[2]毛竹bHLH转录因子的鉴定及其在干旱和盐胁迫条件下的表达分析[J]. 徐秀荣,杨克彬,王思宁,高志民. 植物科学学报. 2019(05)
[3]黑果枸杞bHLH转录因子家族的生物信息学分析[J]. 刘静,王翠平,朱强,严莉,陈建伟,董艳. 分子植物育种. 2020(14)
[4]马尾松PmWRKY164基因的克隆及耐低磷功能分析[J]. 王庆竹,尚先文,汤纬玮,李慧平,文晓鹏,范付华. 农业生物技术学报. 2019(06)
[5]西洋参bHLH转录因子家族生物信息学分析[J]. 闫艳,王希,周珂辉,李纪冬,韩鹏,邸鹏. 吉林农业大学学报. 2019(03)
[6]银杏bHLH家族转录因子生物信息学及表达分析[J]. 冯磊,石元豹,汪贵斌,曹福亮. 江苏农业学报. 2019(02)
[7]马尾松PmMYB169基因亚细胞定位及其超表达烟草低磷抗性分析[J]. 李慧平,王庆竹,汤纬玮,文晓鹏. 华中农业大学学报. 2018(04)
[8]西瓜bHLH转录因子家族基因的鉴定及其在非生物胁迫下的表达分析[J]. 何洁,顾秀容,魏春华,杨小振,李好,马建祥,张勇,杨建强,张显. 园艺学报. 2016(02)
[9]云南红皮梨bHLH转录因子的生物信息学分析[J]. 孟富宣,周军,辛培尧,唐军荣,董娇,付海辉,周林涛,徐世宏. 基因组学与应用生物学. 2013(05)
[10]马尾松适应低磷胁迫的生理生化响应[J]. 徐向华,丁贵杰. 林业科学. 2006(09)
硕士论文
[1]甜菜耐盐相关ARF/NAC/bHLH转录因子筛选鉴定及表达研究[D]. 李昕晏.哈尔滨工业大学 2019
[2]马尾松磷转运相关转录因子PmWRKY164的克隆及功能分析[D]. 王庆竹.贵州大学 2018
本文编号：3417340
【文章来源】：农业生物技术学报. 2020,28(11)北大核心CSCD
【文章页数】：13 页
【部分图文】：
马尾松转录组b HLH家族成员的保守结构域分析
根据马尾松b HLH基因家族的转录组分析结果，随机挑选16个基因，以q RT-PCR方法进行验证，结果如图5所示。比较发现，16个Pmb HLHs的q RT-PCR结果与转录组的表达趋势一致，表明转录组分析结果的可靠性较高。16个Pmb HLHs的q RT-PCR结果显示，Pmb HLH01/09/29/39/41在低磷胁迫36 d显著下调表达(P<0.05)，恢复供磷24 h表达上升(P<0.05);Pmb HLH27/32在低磷胁迫36 d上调表达(P<0.05)，恢复供磷24 h表达下降(P<0.05)。由此推测上述7个b HLHs可能参与响应马尾松应答低磷胁迫。3 讨论
马尾松苗进行低磷胁迫36 d及恢复供磷24 h的处理，提取根的总RNA进行转录组分析，对64个b HLH基因家族成员表达数据制作热图。结果显示(图4)，各b HLH基因家族成员在低磷胁迫36 d和恢复供磷24 h的表达存在差异。低磷胁迫36 d,34个基因下调表达，其中Pmb HLH01/09/29/39/41/44下调表达显著(P<0.05);26个基因上调表达，其中Pmb HLH27/47/57上调表达较明显(P<0.05);Pmb HLH14/38/55没有表达；Pmb HLH25在对照组中表达，在处理组中不表达。在恢复供磷24 h,26个基因下调表达，其中Pmb HLH30下调表达明显(P<0.05);35个基因上调表达，其中Pmb HLH35/49/57上调表达较明显(P<0.05),Pmb HLH14/38/55没有表达。根据马尾松b HLH基因家族的转录组分析结果，随机挑选16个基因，以q RT-PCR方法进行验证，结果如图5所示。比较发现，16个Pmb HLHs的q RT-PCR结果与转录组的表达趋势一致，表明转录组分析结果的可靠性较高。16个Pmb HLHs的q RT-PCR结果显示，Pmb HLH01/09/29/39/41在低磷胁迫36 d显著下调表达(P<0.05)，恢复供磷24 h表达上升(P<0.05);Pmb HLH27/32在低磷胁迫36 d上调表达(P<0.05)，恢复供磷24 h表达下降(P<0.05)。由此推测上述7个b HLHs可能参与响应马尾松应答低磷胁迫。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Transcriptome-wide identification and expression profiling of Pinus massoniana MYB transcription factors responding to phosphorus deficiency[J]. Fuhua Fan,Qingzhu Wang,Xiaopeng Wen,Guijie Ding. Journal of Forestry Research. 2020(03)
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[3]黑果枸杞bHLH转录因子家族的生物信息学分析[J]. 刘静,王翠平,朱强,严莉,陈建伟,董艳. 分子植物育种. 2020(14)
[4]马尾松PmWRKY164基因的克隆及耐低磷功能分析[J]. 王庆竹,尚先文,汤纬玮,李慧平,文晓鹏,范付华. 农业生物技术学报. 2019(06)
[5]西洋参bHLH转录因子家族生物信息学分析[J]. 闫艳,王希,周珂辉,李纪冬,韩鹏,邸鹏. 吉林农业大学学报. 2019(03)
[6]银杏bHLH家族转录因子生物信息学及表达分析[J]. 冯磊,石元豹,汪贵斌,曹福亮. 江苏农业学报. 2019(02)
[7]马尾松PmMYB169基因亚细胞定位及其超表达烟草低磷抗性分析[J]. 李慧平,王庆竹,汤纬玮,文晓鹏. 华中农业大学学报. 2018(04)
[8]西瓜bHLH转录因子家族基因的鉴定及其在非生物胁迫下的表达分析[J]. 何洁,顾秀容,魏春华,杨小振,李好,马建祥,张勇,杨建强,张显. 园艺学报. 2016(02)
[9]云南红皮梨bHLH转录因子的生物信息学分析[J]. 孟富宣,周军,辛培尧,唐军荣,董娇,付海辉,周林涛,徐世宏. 基因组学与应用生物学. 2013(05)
[10]马尾松适应低磷胁迫的生理生化响应[J]. 徐向华,丁贵杰. 林业科学. 2006(09)
硕士论文
[1]甜菜耐盐相关ARF/NAC/bHLH转录因子筛选鉴定及表达研究[D]. 李昕晏.哈尔滨工业大学 2019
[2]马尾松磷转运相关转录因子PmWRKY164的克隆及功能分析[D]. 王庆竹.贵州大学 2018
本文编号：3417340
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