高通量靶向测序揭示散发特发性肺纤维化人群的基因风险
发布时间：2021-10-02 03:43
第一部分基于扩增子高通量半导体测序技术的肺纤维化基因诊断方法的建立研究目的:特发性肺纤维化是一类病因不明确的进展性肺间质性疾病,缺乏有效的早期诊断手段,确诊后往往预后不良。因此,探明其复杂的分子遗传学的发病机制,建立基于扩增子高通量半导体测序的肺纤维化相关致病基因诊断方法能帮助临床医师指导个体化治疗,实现精准医疗。研究方法:设计了一个肺纤维化基因包,其包括有SFTPC,SFTPA1,SFTPA2,MUC5B,TERC,TERT,RTEL1,PARN,ELMOD2等92个基因,对临床诊断为特发性肺纤维化的25个患者进行基于Ion Torrent平台的高通量扩增子半导体测序。实验结果:使用设计的肺纤维化基因包对25个散发特发性肺纤维化患者进行高通量测序,平均每个样本在覆盖的92个目标基因的测序中,得到了15G,98.4%的平均覆盖度,共95762858比对成功的读取序列,71.6%的可用序列,157bp的平均读长,平均1320乘的测序深度以及81.44%的均一性。实验结论:我们首次使用Ion Torrent高通量测序平台的扩增子技术,为肺纤维化患者提供了一个快捷准确可靠,高性价比的基因诊断...
【文章来源】：华中科技大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：99 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
IPF基于HRCT和病理的诊断模式
基因包的设计:1.按照关键词肺纤维化(pulmonary fibrosis),肺间质性病变(Interstitial lung Disease)搜索专业基因检测网站,找到已被报道认可的肺纤维化的致病基因,人类孟德尔遗传网(OMIM,Online Mendelian Inheritance in Man,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/),人类基因突变网(HGMD,Human Gene Mutation Database,http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php),基因检测注册网(GTR,Genetic Testing Registry,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gtr/)。2.文献搜索,在pubmed(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)上分别用肺纤维化(pulmonary fibrosis)和肺间质性病变(Interstitial lung Disease)分别用“和(and)”加上下列关键词进行搜索致病(causal)、家族聚集性(familial)、基因(gene or genetic)、全基因组关联性研究(GWAS,Genome-Wide Association Studies)统计了2000年1月到2015年3月的所有文献,对文献涉及到的基因进行归纳总结。3.搜索老鼠基因网(MGD,Mouse Genome Database http://www.informatics.jax.org/)搜索表现为肺纤维化的相关基因工程老鼠的对应基因。使用Phenolyzer(http://phenolyzer.wglab.org/)对这些基因进行进一步分析,这些基因的关系见下图1.2。肺纤维化的基因包(panel)包含了92个相关基因的全部编码区和临近的调控区域使用Ion Ampli Seq?公司的客户自定义基因平台进行自定义设计,基因的覆盖度见表1.1。这些引物合成后一共1451个扩增子(amplicon)被分到两个混合反应中,对基因包对于覆盖不全的基因,已整理出来表1.2进行引物设计,使用Sanger法进行一代测序,完善基因的覆盖度,同时也对MUC5B的rs35705950位点专门设计一代引物进行测序。
1 芯片测序质量和覆盖度1.1 芯片测序总质量使用测序采用PI芯片,对25个临床诊断的IPF患者进行测序,总共得到15G的数据,信号Key Signal为66,ISP loading为92%,代表本次上机测序正常,在整个芯片中,共有92%的微孔中,有ISP阳性的珠子,其中有活性的珠子为100%。测序得的总读数为95,762,858条,可用的读数为71%,中位测序读长为151bp,平均测序读长为157bp,多克隆珠子为24%。
本文编号：3417941
【文章来源】：华中科技大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：99 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
IPF基于HRCT和病理的诊断模式
基因包的设计:1.按照关键词肺纤维化(pulmonary fibrosis),肺间质性病变(Interstitial lung Disease)搜索专业基因检测网站,找到已被报道认可的肺纤维化的致病基因,人类孟德尔遗传网(OMIM,Online Mendelian Inheritance in Man,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/),人类基因突变网(HGMD,Human Gene Mutation Database,http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php),基因检测注册网(GTR,Genetic Testing Registry,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gtr/)。2.文献搜索,在pubmed(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)上分别用肺纤维化(pulmonary fibrosis)和肺间质性病变(Interstitial lung Disease)分别用“和(and)”加上下列关键词进行搜索致病(causal)、家族聚集性(familial)、基因(gene or genetic)、全基因组关联性研究(GWAS,Genome-Wide Association Studies)统计了2000年1月到2015年3月的所有文献,对文献涉及到的基因进行归纳总结。3.搜索老鼠基因网(MGD,Mouse Genome Database http://www.informatics.jax.org/)搜索表现为肺纤维化的相关基因工程老鼠的对应基因。使用Phenolyzer(http://phenolyzer.wglab.org/)对这些基因进行进一步分析,这些基因的关系见下图1.2。肺纤维化的基因包(panel)包含了92个相关基因的全部编码区和临近的调控区域使用Ion Ampli Seq?公司的客户自定义基因平台进行自定义设计,基因的覆盖度见表1.1。这些引物合成后一共1451个扩增子(amplicon)被分到两个混合反应中,对基因包对于覆盖不全的基因,已整理出来表1.2进行引物设计,使用Sanger法进行一代测序,完善基因的覆盖度,同时也对MUC5B的rs35705950位点专门设计一代引物进行测序。
1 芯片测序质量和覆盖度1.1 芯片测序总质量使用测序采用PI芯片,对25个临床诊断的IPF患者进行测序,总共得到15G的数据,信号Key Signal为66,ISP loading为92%,代表本次上机测序正常,在整个芯片中,共有92%的微孔中,有ISP阳性的珠子,其中有活性的珠子为100%。测序得的总读数为95,762,858条,可用的读数为71%,中位测序读长为151bp,平均测序读长为157bp,多克隆珠子为24%。
本文编号：3417941
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