二穗短柄草LRR-RLK基因的全基因组鉴定及BdPXL1的克隆和功能分析
发布时间：2021-10-09 19:07
类受体蛋白激酶作为定位在细胞膜上,负责感知外界信号,传递信息的重要信号通路成员,在植物生长过程中起着不可或缺的作用。其中,LRR型类受体蛋白激酶是植物类受体蛋白激酶中最大的一类家族成员。LRR-RLKs在植物的生长发育建成,调控应对外界胁迫过程中都发挥着重要作用。随着土地盐渍化进程的日趋严重,培育抗盐品种植物变得更加重要起来。二穗短柄草作为禾本科模式植物,研究其基因的耐盐性功能,对于在其他禾本科作物中的耐盐应用具有重要意义。目前,LRR-RLK基因的功能研究在二穗短柄草中进行的还比较少。本文使用生物信息学手段,通过与拟南芥的LRR-RLKs生物信息相结合,从二穗短柄草的基因组数据中分离出了LRR-RLK基因家族成员。利用系统进化树构建,染色体定位分析等方法证明了LRR-RLK基因家族在二穗短柄草中的保守性。同源比对得出在耐盐性方面有相关表达的基因,结合反向遗传学等实验手段,构建二穗短柄草的PXL1基因表达载体,验证其在耐盐性方面的功能作用。主要内容如下:1.以拟南芥LRR-RLK保守结构域序列信息作为索引,可以快速比对到同源性较高的基因序列。通过Pfam等在线网站进行结构域筛查,共得到...
【文章来源】：上海师范大学上海市
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
二穗短柄草LRR-RLK基因结构图
第2章二穗短柄草LRR-RLKs的生物信息学分析上海师范大学硕士学位论文162.3.2进化树的构建构建进化树，可以为预测或分析目的基因的可能功能提供一些线索。比如目的基因在进化树上的位置可能会在与其进化关系相近，功能相近的基因附近，通过进化树的结果进行分析，可以找到与拟南芥已证实功能的同源短柄草基因，也便于为短柄草的基因家族进行分类，确定最终要研究的二穗短柄草LRR-RLK基因家族成员。为了研究二穗短柄草中LRR-RLK基因家族成员的进化关系，所有成员的蛋白序列都通过Clustal网站进行了比对分析，比对分析的结果输入MEGA软件中，构建进化树。为了更好地对二穗短柄草中LRR-RLK基因家族成员进行分类。参考根据蛋白激酶的HMM搜索比对方法，一篇文章中提到对拟南芥和蔷薇科的LRR-RLK基因家族成员进行分类，共把这些基因归类到23个亚家族中，结果的准确性也在另一篇文章中得到了证实。依照这种方法，将拟南芥的225个LRR-RLK基因家族成员和二穗短柄草中的268个成员进行多序列比对和构建同源进化树，聚类结果作为分类的依据[40,63]图2-2二穗短柄草LRR-RLK基因家族进化树
第 2 章 二穗短柄草 LRR-RLKs 的生物信息学分析 上海师范大学硕士学位论文仅包含 28 个（图 2-3）。这也与染色体长度有一定关系。通过计算染色体的LRR-RLK 基因分布密度，即染色体基因密度=染色体上基因数/染色体长度，结果见表 2-1，可以得到，LRR-RLK 基因家族在二穗短柄草的五条染色体上分布较为均匀的结论。
【参考文献】：
期刊论文
[1]海滨耐盐植物耐盐性及其形态和生理适应性研究进展[J]. 王宏信,骆娟,李向林. 生物学杂志. 2019(06)
[2]模式植物二穗短柄草在禾本科作物与病原互作研究中的应用[J]. 张文俊,李俊敏,陈锋. 中国植保导刊. 2018(05)
[3]水稻粒叶比与叶片SOD、POD、CAT活性及MDA含量的关系[J]. 黄升谋,张宏波,余海忠. 杂交水稻. 2017(04)
[4]梨树CDPK基因家族进化和表达分析[J]. 韩艳丽,李静,操庆国,徐银,颜志明. 西北农业学报. 2017(07)
[5]植物盐耐机理研究进展[J]. 岳健敏,任琼,张金池. 林业科技开发. 2015(05)
[6]盐胁迫对植物的影响及植物耐盐研究进展[J]. 彭程. 山东商业职业技术学院学报. 2014(02)
[7]禾本科植物抗寒机理的研究进展[J]. 吴惠俐,李雪平,高健,牟少华. 竹子研究汇刊. 2014(01)
[8]原生生物基因重复研究进展[J]. 黄丽娟,伊珍珍,林晓凤. 华南师范大学学报(自然科学版). 2013(05)
[9]二穗短柄草WRKY基因家族成员的鉴定和分析[J]. 蒋明,尹龙飞,张志仙,余沁欣,罗礼礼. 麦类作物学报. 2012(06)
[10]盐胁迫对植物生理生化特性的影响[J]. 赵秀娟,韩雅楠,蔡禄. 湖北农业科学. 2011(19)
博士论文
[1]AD基因组棉种的耐盐性鉴定与两个耐盐基因家族的全基因组分析[D]. 董亚婷.浙江大学 2019
[2]两组类受体激酶调控拟南芥根生长发育的分子机理[D]. 欧洋.兰州大学 2017
[3]富含亮氨酸的类受体蛋白激酶在南极丝瓜藓（Pohlia nutans）适应极端环境中的作用[D]. 王静.山东大学 2017
[4]植物模式识别受体激酶FLS2配体识别及其激活机制研究[D]. 孙亚东.清华大学 2015
硕士论文
[1]MORC基因家族的鉴定及其在绿色植物中的进化研究[D]. 董炜.福建农林大学 2019
[2]苹果酸转运蛋白MdALMT14调控苹果耐盐的功能研究[D]. 路静.山东农业大学 2019
[3]杨树LRR-RLK基因家族的生物信息学分析及木材发育相关基因的克隆[D]. 袁炜.天津大学 2012
[4]十字花科植物基因组共线性关系的研究及应用[D]. 方璐.中国农业科学院 2012
本文编号：3426846
【文章来源】：上海师范大学上海市
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
二穗短柄草LRR-RLK基因结构图
第2章二穗短柄草LRR-RLKs的生物信息学分析上海师范大学硕士学位论文162.3.2进化树的构建构建进化树，可以为预测或分析目的基因的可能功能提供一些线索。比如目的基因在进化树上的位置可能会在与其进化关系相近，功能相近的基因附近，通过进化树的结果进行分析，可以找到与拟南芥已证实功能的同源短柄草基因，也便于为短柄草的基因家族进行分类，确定最终要研究的二穗短柄草LRR-RLK基因家族成员。为了研究二穗短柄草中LRR-RLK基因家族成员的进化关系，所有成员的蛋白序列都通过Clustal网站进行了比对分析，比对分析的结果输入MEGA软件中，构建进化树。为了更好地对二穗短柄草中LRR-RLK基因家族成员进行分类。参考根据蛋白激酶的HMM搜索比对方法，一篇文章中提到对拟南芥和蔷薇科的LRR-RLK基因家族成员进行分类，共把这些基因归类到23个亚家族中，结果的准确性也在另一篇文章中得到了证实。依照这种方法，将拟南芥的225个LRR-RLK基因家族成员和二穗短柄草中的268个成员进行多序列比对和构建同源进化树，聚类结果作为分类的依据[40,63]图2-2二穗短柄草LRR-RLK基因家族进化树
第 2 章 二穗短柄草 LRR-RLKs 的生物信息学分析 上海师范大学硕士学位论文仅包含 28 个（图 2-3）。这也与染色体长度有一定关系。通过计算染色体的LRR-RLK 基因分布密度，即染色体基因密度=染色体上基因数/染色体长度，结果见表 2-1，可以得到，LRR-RLK 基因家族在二穗短柄草的五条染色体上分布较为均匀的结论。
【参考文献】：
期刊论文
[1]海滨耐盐植物耐盐性及其形态和生理适应性研究进展[J]. 王宏信,骆娟,李向林. 生物学杂志. 2019(06)
[2]模式植物二穗短柄草在禾本科作物与病原互作研究中的应用[J]. 张文俊,李俊敏,陈锋. 中国植保导刊. 2018(05)
[3]水稻粒叶比与叶片SOD、POD、CAT活性及MDA含量的关系[J]. 黄升谋,张宏波,余海忠. 杂交水稻. 2017(04)
[4]梨树CDPK基因家族进化和表达分析[J]. 韩艳丽,李静,操庆国,徐银,颜志明. 西北农业学报. 2017(07)
[5]植物盐耐机理研究进展[J]. 岳健敏,任琼,张金池. 林业科技开发. 2015(05)
[6]盐胁迫对植物的影响及植物耐盐研究进展[J]. 彭程. 山东商业职业技术学院学报. 2014(02)
[7]禾本科植物抗寒机理的研究进展[J]. 吴惠俐,李雪平,高健,牟少华. 竹子研究汇刊. 2014(01)
[8]原生生物基因重复研究进展[J]. 黄丽娟,伊珍珍,林晓凤. 华南师范大学学报(自然科学版). 2013(05)
[9]二穗短柄草WRKY基因家族成员的鉴定和分析[J]. 蒋明,尹龙飞,张志仙,余沁欣,罗礼礼. 麦类作物学报. 2012(06)
[10]盐胁迫对植物生理生化特性的影响[J]. 赵秀娟,韩雅楠,蔡禄. 湖北农业科学. 2011(19)
博士论文
[1]AD基因组棉种的耐盐性鉴定与两个耐盐基因家族的全基因组分析[D]. 董亚婷.浙江大学 2019
[2]两组类受体激酶调控拟南芥根生长发育的分子机理[D]. 欧洋.兰州大学 2017
[3]富含亮氨酸的类受体蛋白激酶在南极丝瓜藓（Pohlia nutans）适应极端环境中的作用[D]. 王静.山东大学 2017
[4]植物模式识别受体激酶FLS2配体识别及其激活机制研究[D]. 孙亚东.清华大学 2015
硕士论文
[1]MORC基因家族的鉴定及其在绿色植物中的进化研究[D]. 董炜.福建农林大学 2019
[2]苹果酸转运蛋白MdALMT14调控苹果耐盐的功能研究[D]. 路静.山东农业大学 2019
[3]杨树LRR-RLK基因家族的生物信息学分析及木材发育相关基因的克隆[D]. 袁炜.天津大学 2012
[4]十字花科植物基因组共线性关系的研究及应用[D]. 方璐.中国农业科学院 2012
本文编号：3426846
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3426846.html
最近更新
教材专著
