向日葵NBS-LRR抗病基因家族全基因组分析

发布时间：2021-10-14 11:26

　　利用生物信息学方法对向日葵基因组的蛋白质数据库进行搜索,共获得255个富含亮氨酸的重复序列和核苷酸结合位点（nucleotide binding site and leucine rich repeat,NBS-LRR）类抗病基因的蛋白质序列,并根据结构域类型,将其分为TIR和Non-TIR两类。进一步对其中42个同时含有LRR和NBS结构域的LRR-NBS型基因编码蛋白质的理化性质、氨基酸序列及基因在染色体上的物理分布进行分析,结果表明,基因多分布于4号、8号和13号染色体,而且52.4%以基因簇存在;结构域预测结果显示,该类蛋白都具有特征结构域NBS结构域,氨基酸序列同源性为29.26%。对6个NBS类基因经向日葵锈菌诱导后的表达分析表明,6个基因均可被向日葵锈菌诱导表达,说明其可能参与了向日葵响应锈菌胁迫的抗病反应过程。 

【文章来源】：中国油料作物学报. 2020,42(03)北大核心CSCD

【文章页数】：12 页

【部分图文】：

TNL和CNL亚家族基因在向日葵及部分植物中的分布

图1 TNL和CNL亚家族基因在向日葵及部分植物中的分布对含有NBS和LRR结构域的抗病基因（NL、CNL、TNL）构建系统进化树。结果表明，42个NBS-LRR型基因被主要分为2个亚群（图3）。含有CNL、NL结构域基因没有产生特定分支，也就是说，CC结构域的存在并没有对基因的分化有特别明显的区分作用，进一步证明，CNL和NL两种类型的基因有着相同的进化路径，与TNL类基因进化路径不同。

对含有NBS和LRR结构域的抗病基因（NL、CNL、TNL）构建系统进化树。结果表明，42个NBS-LRR型基因被主要分为2个亚群（图3）。含有CNL、NL结构域基因没有产生特定分支，也就是说，CC结构域的存在并没有对基因的分化有特别明显的区分作用，进一步证明，CNL和NL两种类型的基因有着相同的进化路径，与TNL类基因进化路径不同。2.3 向日葵NBS-LRR型抗病基因的基本性质分析

【参考文献】：
期刊论文
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[2]花生NBS-LRR类基因的克隆及表达特性分析[J]. 冯艳芳,耿丽丽,韩榕,张杰.  生物技术通报. 2016(08)
[3]向日葵抗锈病基因同源序列的克隆与分析[J]. 林晓红,景岚,康振生.  中国油料作物学报. 2014(04)
[4]番茄NBS-LRR抗病基因家族全基因组分析[J]. 刘云飞,万红建,韦艳萍,李志邈,叶青静,王荣青,阮美颖,姚祝平,周国治,杨悦俭.  核农学报. 2014(05)
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本文编号：3436069