肝硬化癌变相关竞争性内源性RNA网络构建及关键基因挖掘

发布时间：2021-10-18 11:33

　　目的:长非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）可以竞争性结合内源性miRNA,从而诱导miRNA靶基因表达上调。这类细胞内竞争性结合miRNA的RNA也被称作竞争性内源性RNA（competing endogenous RNA,ceRNA）。目前,研究已发现ceRNA在肝硬化的发生发展中起着重要作用。尽管肝硬化存在较大的癌变风险,但尚无研究系统化构建肝硬化癌变相关ceRNA网络。本研究拟利用基因表达谱数据,构建肝硬化癌变相关的ceRNA网络,挖掘网络中的关键基因。方法:在Gene Expression Omnibus（GEO）数据中,获取肝硬化-肝细胞性肝癌各阶段组织的基因芯片数据,利用芯片探针重注释的方法,构建lncRNA-mRNA双相表达矩阵。然后,利用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）将基因根据表达水平上的相关性分成不同的基因集模块（module）。在与肝硬化癌变显著相关的模块中,分别构建ceRNA网络。将WGCNA与ceRNA网络分析中共同的枢纽基因（hub... 

【文章来源】：武汉大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：102 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

基于65例样本mRNA和lncRNA表达数据的层次聚类图

加权基因共表达网络分析的参数选择

基于拓扑结构的基因层次聚类树及动态剪切法确定的基因集模块


本文编号：3442727