DTMUV感染DEF差异表达miRNAs的筛选及miR-221-3p靶向SOCS5基因促进DTMUV复制

发布时间：2021-10-22 21:46

　　鸭坦布苏病毒（Duck tembusu virus,DTMUV）是黄病毒科（Flaviviridae）的成员,可感染多种水禽,引起产蛋下降,该病传播迅速,给水禽业造成了严重经济损失。microRNAs（miRNAs）是一类长度约为22nt的非编码小RNA,主要在转录后水平调节基因表达,参与免疫反应和病毒感染等多种生物学进程。然而miRNAs在DTMUV感染鸭胚成纤维细胞（Duck embryo fibroblast,DEF）中的生物学功能至今尚未见报道。因此,本研究通过高通量测序技术获得DTMUV感染宿主细胞DEF的miRNAs表达谱,并选择表达差异显著的miR-221-3p作为研究对象,探讨miR-221-3p及其靶基因SOCS5对DTMUV复制的影响。1 DTMUV感染DEF差异表达miRNAs的筛选DTMUV CQW株感染DEF,36h后收集细胞提取总RNA,通过Illumina高通量测序技术获得287个已知miRNAs和63个新miRNAs;分析发现感染组中有26个已知miRNAs和22个新miRNAs的表达量发生了变化,其中有37个miRNAs表达量上调,11个miRNAs表... 

【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校

【文章页数】：61 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

DTMUV感染DEF后观察CPEDTMUV感染DEF后不同时间点出现的CPE，且以未感染的细胞作为对照

11图2-2Westernblot检测DTMUV感染DEF后病毒E蛋白的表达变化Westernblot检测DTMUV感染DEF不同时间点E蛋白的表达量，β-actin的表达作为内参对照。Fig.2-2ThechangeofviralEproteinexpressioninDTMUV-infectedDEFwasdetectedbywesternblotTheEproteinexpressioninDTMUV-infectedDEFatdifferenttimeswasdetectectedviawesternblot.β-actinwasusedasaninternalcontrol.3.2测序数据分析DTMUV感染DEF并设置未感染对照组，每组各三个生物学重复，感染36h时，收集细胞提取总RNA，进行高通量测序。为了检测DTMUV感染DEFmiRNAs表达量的变化，首先构建了两个小RNA文库（感染组和未感染组）。通过对两个文库中的原始数据进行处理后，从感染组和未感染组文库中，分别获得了10522901和10231776个cleanreads（表2-2）。然后，对长度分布在18-30nt之间的序列进行统计，结果显示，大多数序列的长度都分布在22-23nt，其中长度为22nt的序列是最多的，在感染组和未感染组中各占24.62%和33.88%（图2-3）。miRNAs的长度主要集中在22nt左右，这个结果说明试验中检测到的大多数小RNA都是miRNAs。将经过处理的cleanreads进行分类注释，尽可能排除其它不是miRNAs的序列，分类注释结果如表2-2所示。

12表2-2小RNAs测序数据总结Table2-2SummaryofsmallRNAssequencingdataCategoriesDTMUV1DTMUV2DTMUV3Uninfect1Uninfect2Uninfect3Cleanreads9197959105229011098129897310511100915410231776misc_RNA34416153612382285921173pseudogene2518159133rRNA328652489229287142ribozyme443345343619scaRNA64874012389651034768snRNA234335232796186520461123snoRNA362764106151976380244433527791miRNAs223568233331073956361468713159646555987636图2-3DTMUV感染和未感染DEF中小RNA的长度分布X轴表示cleanreads的长度，Y轴表示不同长度reads所占的百分比Fig.2-3LengthdistributionsofsmallRNAsinDTMUV-infectedanduninfectedDEFThex-axisrepresentsthelengthofcleanreads.They-axisindicatesthefrequencypercentageofdifferentlengthreads.

【参考文献】：
期刊论文
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[4]一种载体构建的新方法:重组融合PCR法[J]. 邝翡婷,袁定阳,李莉,李新奇.  基因组学与应用生物学. 2012(06)
[5]鸭胚成纤维细胞培养、传代及保存方法的研究[J]. 许静,李进军,熊胜,陈黎,杨倩,卢立志.  中国家禽. 2012(13)

硕士论文
[1]乙型脑炎病毒感染U251细胞microRNA表达谱的研究[D]. 陈龙.华中农业大学 2013



本文编号：3451892