油茶抗炭疽病相关microRNAs和靶基因挖掘及果实内含物比较研究

发布时间：2021-10-27 04:14

　　油茶（Camellia oleifera Abel.）是我国南方特有的木本食用油料树种,炭疽病是油茶的主要病害,抗病油茶良种是油茶产业化发展必要的基础条件,但油茶抗病潜在的分子机制至今还不清楚。MicroRNA（miRNA）是一类广泛存在于真核生物中具有调控功能的内源性非编码单链RNA,长度约20-24个核苷酸,在生长发育和逆境胁迫应答中具有重要的调控作用。本研究利用高通量测序分析技术和生物信息学等手段,通过对油茶的miRNAs表达谱分析,共挖掘出了油茶中93个家族的226个保守miRNAs及54个新miRNAs。利用TargetFinder软件对抗病油茶品种和易感油茶品种差异表达的miRNAs进行了靶基因预测和功能注释,发现了可能参与油茶生长发育中蛋白质合成、新陈代谢、以及响应逆境胁迫等过程的油茶miRNAs,其中有8个抗病相关的miRNAs。筛选出的miRNAs和候选靶基因还有待进一步利用实时荧光定量PCR和特殊茎环qRT-PCR进行验证。研究结果丰富了油茶miRNA信息,也为进一步揭示油茶的抗炭疽病分子机制奠定了重要基础。此外,作为上述研究的补充,在生理生化水平上,本研究对自然状... 

【文章来源】：安徽农业大学安徽省

【文章页数】：103 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

油茶品种RNA质量检测

图 3.2 小 RNA 文库构建流程图Figure 3.2 Flow chart of small RNAlibrary construction.3.2 测序数据生物学分析对利用 Illumina Hisep 2000/2500 测序获得的原始序列，使用联川生的软件，即 ACGT101-miR (LCSciences,Houston,Texas,USA) 进行分1. 去除 3′接头及垃圾序列，获取 clean data；2. 长度筛选：保留碱基长度在 18-25nt 的序列；3. 各种 RNA 数据库比对分析：将剩余序列比对（不含 miRNA）mRepbase 数据库，并进行过滤；4. miRNAs 鉴定：获取有效数据后，比对前体和基因组进行 miRN.3.3 保守 miRNAs 鉴定把注释后剩余的小 RNA 序列，通过 BLAST 比对到 miRBase21.0 数和基因组进行比对，分析 5′和 3′末端长度变化同时允许序列中况出现。由此获得的成熟序列 miRNAs 即为油茶保守 miRNAs。通

图 3.3 油茶 clean reads 总数的长度统计Fig3.3 Length distribution of Total clean reads of C. oleifera图 3.4 油茶 clean reads 种数的长度统计Fig3.4 Length distribution of Unique clean reads of C. oleifera


本文编号：3460850