基于生物信息学胰腺癌关键基因的筛选和ITGB6在胰腺癌中的表达及机制
发布时间：2021-10-27 03:15
目的:从公共数据库下载分析数据,运用生物信息学的方法,筛选与胰腺癌发生和预后相关的关键基因,初步探寻相关基因在胰腺癌中的作用机制;挑选预后相关的ITGB6基因,分析其与胰腺癌临床病理特征的关系,研究ITGB6在胰腺癌中的作用机制,研究ITGB6下调表达对胰腺癌AsPC-1细胞增殖、凋亡和细胞周期的影响。方法:在GEO数据库中查找数据集,采用在线工具GEO2R分析得到差异基因;然后使用DAVID数据库进行GO富集分析差异基因的主要分子功能和生物学行为,运用KEGG信号途径富集分析差异基因作用的信号通路;运用String和Cytoscape构建PPI网络得到关键基因,在GEPIA数据库提取其中影响胰腺癌预后的基因,同时使用DGIdb探索药物基因相互作用,初步预测胰腺癌潜在的靶向治疗药物。结合Oncomine和GEPIA分析ITGB6基因在各种肿瘤中的表达情况;从TCGA下载胰腺癌临床信息的数据,研究ITGB6对胰腺癌临床病理特征的影响;再构建ITGB6相关基因的PPI网络,运用metascape分析ITGB6的分子机制;在TIMER数据库中探索ITGB6表达与免疫浸润细胞之间的相关性;最后...
【文章来源】：江苏大学江苏省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
三个数据集中的基因表达火山图（红色代表上调基因，绿色代表下调基因）
基于生物信息学胰腺癌关键基因的筛选和ITGB6在胰腺癌中的表达及机制8green：down-regulatedgenes）图2.2共同差异基因的维恩图Figure2.2VenndiagramofcommonDEGsfromthreeindependentmicroarraydatasets表2.2三个微阵列数据集中72个共同差异基因Table2.272commonDEGsinthethreemicroarraydatasets类别基因名称下调基因ALB，ANPEP，AQP8，CELA2B，EGF，ERO1B，ERP27，FGL1，GP2，KIAA1324，KLK1，PAIP2B，PDIA2，PDK4，PNLIPRP1，PNLIPRP2，RBPJL，SERPINI2，TMED6，TRHDE上调基因AGR2，AHNAK2，ANLN，ANTXR1，ANXA10，CEACAM5，CEACAM6，CEMIP，CLDN18，COL10A1，COL11A1，COL12A1，COL1A1，CP，CST1，CTRL，CTSE，CXCL5，DPCR1，EDIL3，FERMT1，FN1，FXYD3，GABRP，GATM，INHBA，ITGA2，ITGB6，KRT1，KRT19，KRT7，LAMB3，LAMC2，MMP11，MMP12，NOX4，NR5A2，PLAC8，POSTN，SDR16C5，SERPINB5，SLC6A14，SLPI，SULF1，TCN1，TFF1，THBS2，TMC5，TMPRSS4，TSPAN1，VCAN，VSIG12.2.2差异基因富集分析结果为了进一步研究差异基因在胰腺癌发展中的作用，使用DAVID数据库对DEGs进行GO分析和KEGG富集。GO分析发现，DEGs主要参与细胞外基质形成，细胞粘附，表皮细胞分化，胶原分解代谢，细胞外基质分解等生物过程。参与细胞外空间，细胞外区域，细胞外囊泡，细胞外基质等细胞组份的形成。还发现了其他分子功能，例如钙离子结合，丝氨酸型内肽酶活性，蛋白二硫键异构
江苏大学硕士学位论文9酶活性，整合素结合。通过KEGG信号通路分析，发现DEGs主要参与ECM-受体相互作用，粘着斑信号途径，PI3K-Akt信号通路，蛋白质消化吸收以及胰腺分泌通路等。图2.3差异基因的GO富集和KEGG信号通路气泡图（GO富集项；KEGG富集项），P＜0.05具有统计意义Figure2.3BubblemapforGOandKEGGpathwayanalysesofDEGs（GOtermandKEGGterm）.AP-value＜0.05wasconsideredstatisticallysignificant
【参考文献】：
期刊论文
[1]Pancreatic ductal adenocarcinoma: Treatment hurdles, tumor microenvironment and immunotherapy[J]. Panagiotis Sarantis,Evangelos Koustas,Adriana Papadimitropoulou,Athanasios G Papavassiliou,Michalis V Karamouzis. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2020(02)
[2]胰腺癌临床研究回顾与展望[J]. 杨尹默,田孝东,许静涌,赵旭东. 中国实用外科杂志. 2020(01)
[3]miR-10a-5p敲低通过靶向THBS2抑制胃癌细胞的生长和转移[J]. 任玲玲,王立明,朱雅碧. 世界华人消化杂志. 2019(23)
[4]胰腺导管腺癌的免疫治疗——挑战与机遇并存[J]. 葛伟玉,王红霞. 临床肝胆病杂志. 2019(05)
[5]Ⅹ型胶原蛋白在胰腺癌中的表达及与胰腺癌预后的关系[J]. 陈况,柳俨哲,王子政,王瑨,张雪倩,经纬,胡明根. 解放军医学院学报. 2019(04)
[6]胰腺癌组织高表达血小板反应蛋白2的预后意义及其对癌细胞增殖和迁移的影响[J]. 杨柳,罗黔. 中国肿瘤生物治疗杂志. 2019(02)
[7]整合素αvβ6在消化道疾病中的研究进展[J]. 董文艳,陈彬,牛军,洪建国. 中国现代普通外科进展. 2018(08)
[8]微创与开腹胰体尾切除治疗胰腺癌疗效比较的meta分析[J]. 朱良,江勇,俞旭东,钱叶本. 肝胆外科杂志. 2018(02)
[9]胰腺导管腺癌肿瘤微环境的研究进展[J]. 邢荣春,秦周萍. 中国普通外科杂志. 2017(09)
[10]2017年美国临床肿瘤学会年会胰腺癌研究进展解析[J]. 陈琦,魏涛,陈怡文,王健鑫,白雪莉,梁廷波. 中华消化外科杂志. 2017 (07)
本文编号：3460757
【文章来源】：江苏大学江苏省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
三个数据集中的基因表达火山图（红色代表上调基因，绿色代表下调基因）
基于生物信息学胰腺癌关键基因的筛选和ITGB6在胰腺癌中的表达及机制8green：down-regulatedgenes）图2.2共同差异基因的维恩图Figure2.2VenndiagramofcommonDEGsfromthreeindependentmicroarraydatasets表2.2三个微阵列数据集中72个共同差异基因Table2.272commonDEGsinthethreemicroarraydatasets类别基因名称下调基因ALB，ANPEP，AQP8，CELA2B，EGF，ERO1B，ERP27，FGL1，GP2，KIAA1324，KLK1，PAIP2B，PDIA2，PDK4，PNLIPRP1，PNLIPRP2，RBPJL，SERPINI2，TMED6，TRHDE上调基因AGR2，AHNAK2，ANLN，ANTXR1，ANXA10，CEACAM5，CEACAM6，CEMIP，CLDN18，COL10A1，COL11A1，COL12A1，COL1A1，CP，CST1，CTRL，CTSE，CXCL5，DPCR1，EDIL3，FERMT1，FN1，FXYD3，GABRP，GATM，INHBA，ITGA2，ITGB6，KRT1，KRT19，KRT7，LAMB3，LAMC2，MMP11，MMP12，NOX4，NR5A2，PLAC8，POSTN，SDR16C5，SERPINB5，SLC6A14，SLPI，SULF1，TCN1，TFF1，THBS2，TMC5，TMPRSS4，TSPAN1，VCAN，VSIG12.2.2差异基因富集分析结果为了进一步研究差异基因在胰腺癌发展中的作用，使用DAVID数据库对DEGs进行GO分析和KEGG富集。GO分析发现，DEGs主要参与细胞外基质形成，细胞粘附，表皮细胞分化，胶原分解代谢，细胞外基质分解等生物过程。参与细胞外空间，细胞外区域，细胞外囊泡，细胞外基质等细胞组份的形成。还发现了其他分子功能，例如钙离子结合，丝氨酸型内肽酶活性，蛋白二硫键异构
江苏大学硕士学位论文9酶活性，整合素结合。通过KEGG信号通路分析，发现DEGs主要参与ECM-受体相互作用，粘着斑信号途径，PI3K-Akt信号通路，蛋白质消化吸收以及胰腺分泌通路等。图2.3差异基因的GO富集和KEGG信号通路气泡图（GO富集项；KEGG富集项），P＜0.05具有统计意义Figure2.3BubblemapforGOandKEGGpathwayanalysesofDEGs（GOtermandKEGGterm）.AP-value＜0.05wasconsideredstatisticallysignificant
【参考文献】：
期刊论文
[1]Pancreatic ductal adenocarcinoma: Treatment hurdles, tumor microenvironment and immunotherapy[J]. Panagiotis Sarantis,Evangelos Koustas,Adriana Papadimitropoulou,Athanasios G Papavassiliou,Michalis V Karamouzis. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2020(02)
[2]胰腺癌临床研究回顾与展望[J]. 杨尹默,田孝东,许静涌,赵旭东. 中国实用外科杂志. 2020(01)
[3]miR-10a-5p敲低通过靶向THBS2抑制胃癌细胞的生长和转移[J]. 任玲玲,王立明,朱雅碧. 世界华人消化杂志. 2019(23)
[4]胰腺导管腺癌的免疫治疗——挑战与机遇并存[J]. 葛伟玉,王红霞. 临床肝胆病杂志. 2019(05)
[5]Ⅹ型胶原蛋白在胰腺癌中的表达及与胰腺癌预后的关系[J]. 陈况,柳俨哲,王子政,王瑨,张雪倩,经纬,胡明根. 解放军医学院学报. 2019(04)
[6]胰腺癌组织高表达血小板反应蛋白2的预后意义及其对癌细胞增殖和迁移的影响[J]. 杨柳,罗黔. 中国肿瘤生物治疗杂志. 2019(02)
[7]整合素αvβ6在消化道疾病中的研究进展[J]. 董文艳,陈彬,牛军,洪建国. 中国现代普通外科进展. 2018(08)
[8]微创与开腹胰体尾切除治疗胰腺癌疗效比较的meta分析[J]. 朱良,江勇,俞旭东,钱叶本. 肝胆外科杂志. 2018(02)
[9]胰腺导管腺癌肿瘤微环境的研究进展[J]. 邢荣春,秦周萍. 中国普通外科杂志. 2017(09)
[10]2017年美国临床肿瘤学会年会胰腺癌研究进展解析[J]. 陈琦,魏涛,陈怡文,王健鑫,白雪莉,梁廷波. 中华消化外科杂志. 2017 (07)
本文编号：3460757
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3460757.html
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