基于CMap数据库分析骨质疏松症相关基因及潜在治疗药物

发布时间：2021-10-31 07:56

　　目的基于CMap数据库筛选骨质疏松症（OP）相关基因及潜在治疗药物,为OP的治疗提供新思路。方法检索GEO数据库中关于OP的相关芯片,采用R语言分析差异基因;检索疾病基因公共数据库,获得已知OP的相关致病基因,通过映射获得OP的致病关键靶点,构建作用靶点的蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI）网络,利用DAVID数据库对关键基因进行GO分析和KEGG通路分析,采用关联性图谱（CMap）数据库筛选出负相关的小分子化合物。结果检索GEO数据库筛选出GSE56116的芯片,利用R语言分析筛选出69个上调基因和106个下调基因;通过检索GAD、TTD、OMIM、DrugBank、PharmGKB和DisGeNET数据库,得到691个与OP发病相关的已知靶点,通过映射获得OP致病的14个关键基因;DAVID数据库富集分析结果显示,OP关键靶点主要与免疫反应、对过氧化氢的反应、抗原处理和呈递等生物学过程相关。借助CMap数据库结果显示,地高辛、橙皮苷等小分子化合物具有较高的负相关。结论借助生物信息学和CMap数据库挖掘,地高辛和橙皮苷等小分子化合物可能为OP的候选治疗药物。同时,本研究方法为发现疾病... 

【文章来源】：西部医学. 2020,32(08)

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

基于CMap数据库筛选OP相关基因及候选治疗药物的流程图

通过对基因芯片进行分析,获取OP患者和健康志愿者的外周血液中基因改变,进一步分析OP可能的作用靶点是否与这些明显改变的基因相关。利用Limma包分析GEO芯片数据库中GSE56116数据集,共找出175个明显影响和改变的基因,其中69个上调基因和106个下调基因,这些基因可能与OP作用机制密切相关。采用R语言绘制差异表达基因的火山图,见图2。2.2 基于公共数据库的OP致病靶点

OP关键靶点的热图分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]原发性骨质疏松症诊治指南（2011年）[J].   中华骨质疏松和骨矿盐疾病杂志. 2011(01)



本文编号：3467759