胃癌风险相关差异甲基化—差异表达基因筛选及验证研究
发布时间：2021-11-03 13:11
目的:表观遗传学改变包括DNA甲基化、组蛋白修饰、RNA调控和染色质重塑等,可以通过影响基因突变、表达调控、细胞增殖等调节基因转录活性和表达。抑癌基因启动子区高甲基化导致基因失活是表观遗传变异的重要机制之一,与肿瘤发生、发展密切相关。多项研究报道抑癌基因如P16、RASSF1A、Runx3、PCDH10、hMLH1等启动子区甲基化与基因表达沉默密切相关,参与胃癌发生及进展。目前,用于差异性甲基化、差异性表达基因筛选的方法有多种,其中生物信息学分析是利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学问题。相较于基础生物研究,生物信息学研究是在全基因组研究基础上得到的数据结果,更为宏观。基因芯片（又称DNA芯片、生物芯片）是生物信息学分析主要的媒介工具,测序原理为杂交测序方法。其中,甲基化芯片使全基因组甲基化分析成为可能,基因表达谱芯片则可以分析全基因组中肿瘤相关差异表达基因。以往利用基因芯片进行的研究,通常只是单一的甲基化谱或基因表达谱分析,或仅聚焦于某一个基因的甲基化与表达间关联分析,而将二者相结合并经一致性分析并验证,则有望明确胃癌发生发展过程中真正受甲基化调控的基因,并以此为...
【文章来源】：中国医科大学辽宁省
【文章页数】：51 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
.2差异甲基化-差异表达基因富集分析3.1差异甲基化-差异表达基因筛选
hsa05212 Pancreatic cancer 化-差异表达基因蛋白相互作用网络构建和核心基异基因提交到 STRING 数据库后，在高甲基化低表在 650 个相互作用关系，另外在低甲基化高表达基相互作用关系。差异基因的蛋白相互作用网络图见网络中，我们使用 centiscape 筛选网络中的连接数甲基化低表达基因组中，前 10 核心基因为：钙感趋化因子配体 12（CXCL12），雌激素受体 1（ES，神经介肽 U 受体 1（NMUR1），生长抑素（SS亡调节因子 Bcl-2（BCL2），鸟嘌呤核苷酸结合蛋白AS）和 cAMP 依赖性蛋白激酶催化亚基 β（PRKAC，没有蛋白之间的连接数大于 10。
图 3.3 低甲基化高表达基因的蛋白相互作用网络图析CODE 插件，我们对相互作用网络进行分析，得到达组我们得到 9 组模型，而在低甲基化高表达组得基化地表达组进行富集分析（图 3.4），其中模型 体活性和神经受体-配体相互作用相关。模型 3 主要钾通道活性相关。在低甲基化高表达组中的富集分导途径相关（图 3.5）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Hypermethylation of TGF-β1 gene promoter in gastric cancer[J]. Yong-Qi Wang,Yu-Min Li,Xun Li,Tao Liu,Xiao-Kang Liu,Jun-Qiang Zhang,Ju-Wu Guo,Ling-Yun Guo,Liang Qiao. World Journal of Gastroenterology. 2013(33)
[2]CpG island methylator phenotype and Helicobacter pylori infection associated with gastric cancer[J]. Ji-Bin Liu,Xu-Ming Wu,Jin Cai,Jin-Ye Zhang,Jin-Lin Zhang,Min-Xin Shi,Fu-Lin Qiang,Tumor Institute,Nantong Tumor Hospital,Nantong 226361,Jiangsu Province,China Shu-Hui Zhou,School of Radiology and Public Health,Soochow University,Suzhou 215123,Jiangsu Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2012(36)
[3]Carcinoma of the stomach: A review of epidemiology, pathogenesis, molecular genetics and chemoprevention[J]. Siddavaram Nagini. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2012(07)
[4]p16 promoter hypermethylation:A useful serum marker for early detection of gastric cancer[J]. Mohammad Reza Abbaszadegan,Omeed Moaven,Hamid Reza Sima,Kamran Ghafarzadegan,Azadeh A’rabi,Mohammad Naser Forghani,Hamid Reza Raziee,Ali Mashhadinejad,Mostafa Jafarzadeh,Ehsan Esmaili-Shandiz,Ezzat Dadkhah. World Journal of Gastroenterology. 2008(13)
本文编号：3473745
【文章来源】：中国医科大学辽宁省
【文章页数】：51 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
.2差异甲基化-差异表达基因富集分析3.1差异甲基化-差异表达基因筛选
hsa05212 Pancreatic cancer 化-差异表达基因蛋白相互作用网络构建和核心基异基因提交到 STRING 数据库后，在高甲基化低表在 650 个相互作用关系，另外在低甲基化高表达基相互作用关系。差异基因的蛋白相互作用网络图见网络中，我们使用 centiscape 筛选网络中的连接数甲基化低表达基因组中，前 10 核心基因为：钙感趋化因子配体 12（CXCL12），雌激素受体 1（ES，神经介肽 U 受体 1（NMUR1），生长抑素（SS亡调节因子 Bcl-2（BCL2），鸟嘌呤核苷酸结合蛋白AS）和 cAMP 依赖性蛋白激酶催化亚基 β（PRKAC，没有蛋白之间的连接数大于 10。
图 3.3 低甲基化高表达基因的蛋白相互作用网络图析CODE 插件，我们对相互作用网络进行分析，得到达组我们得到 9 组模型，而在低甲基化高表达组得基化地表达组进行富集分析（图 3.4），其中模型 体活性和神经受体-配体相互作用相关。模型 3 主要钾通道活性相关。在低甲基化高表达组中的富集分导途径相关（图 3.5）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Hypermethylation of TGF-β1 gene promoter in gastric cancer[J]. Yong-Qi Wang,Yu-Min Li,Xun Li,Tao Liu,Xiao-Kang Liu,Jun-Qiang Zhang,Ju-Wu Guo,Ling-Yun Guo,Liang Qiao. World Journal of Gastroenterology. 2013(33)
[2]CpG island methylator phenotype and Helicobacter pylori infection associated with gastric cancer[J]. Ji-Bin Liu,Xu-Ming Wu,Jin Cai,Jin-Ye Zhang,Jin-Lin Zhang,Min-Xin Shi,Fu-Lin Qiang,Tumor Institute,Nantong Tumor Hospital,Nantong 226361,Jiangsu Province,China Shu-Hui Zhou,School of Radiology and Public Health,Soochow University,Suzhou 215123,Jiangsu Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2012(36)
[3]Carcinoma of the stomach: A review of epidemiology, pathogenesis, molecular genetics and chemoprevention[J]. Siddavaram Nagini. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2012(07)
[4]p16 promoter hypermethylation:A useful serum marker for early detection of gastric cancer[J]. Mohammad Reza Abbaszadegan,Omeed Moaven,Hamid Reza Sima,Kamran Ghafarzadegan,Azadeh A’rabi,Mohammad Naser Forghani,Hamid Reza Raziee,Ali Mashhadinejad,Mostafa Jafarzadeh,Ehsan Esmaili-Shandiz,Ezzat Dadkhah. World Journal of Gastroenterology. 2008(13)
本文编号：3473745
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