金色链霉菌DM-1全基因组序列测定及去甲金霉素合成基因簇分析

发布时间：2021-11-05 17:46

　　金色链霉菌Streptomyces aureofaciens DM-1是去甲基金霉素的高产菌株。通过Genome Sequencer FLX系统进行测序,得到一条完整的线性基因组序列,长度为6 824 334 bp,GC含量为72.6%。结合软件glimmer 3.02、Genemark和Z-Curveprogram进行基因预测,最终在其基因组中鉴定出6431个基因。应用AntiSMASH软件预测其基因组中存在28个次级代谢生物合成基因簇,其中包含了去甲基金霉素生物合成基因簇。其中甲基转移酶CtcK因移码突变提前终止翻译,很可能是去甲基金霉素相对金霉素（CTC）缺失一个甲基的根本原因。研究结果为S. aureofaciens DM-1的功能基因组学和去甲基金霉素高产菌株育种提供了研究基础。 

【文章来源】：生物工程学报. 2020,36(12)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 设备与试剂
    1.2 基因组DNA的提取
    1.3 基因组测序及组装
    1.4 基因功能注释及蛋白同源性分析
    1.5 次级代谢产物合成基因簇分析
    1.6 S.aureofaciens DM-1的去甲基金霉素合成基因簇及与CTC合成基因簇比较分析
2 结果与分析
    2.1 基因组DNA的提取
    2.2 基因组测序及组装
    2.3 基因功能注释及蛋白同源性分析
    2.4 次级代谢产物合成基因簇分析
    2.5 S.aureofaciens DM-1的去甲基金霉素合成基因簇及与CTC合成基因簇比较分析
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]金霉素生物合成基因ctcK的研究[J]. 林龙镇,万云凤,洪文荣.  湖南师范大学自然科学学报. 2017(01)
[2]Actinoplanes sp.N902-109全基因组序列测定及分析[J]. 黄鹤,芦现杰,胡海峰.  中国抗生素杂志. 2015(03)

硕士论文
[1]金霉素结构功能基因研究[D]. 林龙镇.福州大学 2016



本文编号：3478239