基因芯片筛选非综合征型唇腭裂差异表达基因的初步研究

发布时间：2021-11-08 02:54

　　目的:利用全基因组表达谱芯片技术,分析非综合征型唇腭裂（nonsyndromic cleft lip with or without palate,NSCL/P）患儿与正常儿童基因表达的差异,筛选出非综合征型唇腭相关基因。方法:采用离心柱法分别提取正常儿童和NSCL/P患儿腭部组织各3例的总RNA,经纯化后逆转录为c DNA,利用荧光染料（Cy3）标记aa UTP,转录合成标记的c RNA,经纯化及质检后与Agilent 4×44 k人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据进行归一化处理,利用倍数差异和t检验筛选差异表达基因,采用上海博豪生物在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能,选取特定的差异表达基因,应用实时荧光PCR技术验证芯片结果的可靠性。结果:筛选出差异基因共254个,其中表达上调的有151个,表达下调的有103个。选取5条差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,ADH1C（t=5.132,P=0.000）、RDH10（t=2.960,P=0.039）、HIST1H2BD（t=4.446,P=0.001）3条基因表达下调,KAT... 

【文章来源】：重庆医科大学学报. 2018,43(08)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 标本来源
    1.2 基因芯片
    1.3 实验方法
        1.3.1 样品总RNA提取
        1.3.2 c RNA的合成和标记
        1.3.3 c RNA样品片段化和芯片杂交
        1.3.4 芯片扫描
        1.3.5 实时荧光定量PCR验证差异表达基因
    1.4 数据处理
2 结果
    2.1 总RNA质量检测
    2.2 基因芯片及数据分析结果
    2.4 差异基因的GO富集分析结果
    2.5 差异基因的KEGG pathway富集分析结果
    2.6 q RT-PCR验证结果
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]在胚胎发育期腭突中嵴上皮细胞和腭间充质细胞与腭裂畸形[J]. 傅豫川,黄洪章.  国外医学.口腔医学分册. 1996(04)



本文编号：3482862