横纹肌肉瘤中融合基因阳性和阴性细胞功能学及差异miRNA生物信息学分析

发布时间：2021-11-10 00:14

　　目的比较横纹肌肉瘤（RMS）融合基因阳性和阴性细胞的生物学行为,结合生物信息学分析差异miRNA,并在RMS细胞中验证筛选差异miRNA的表达。方法分别利用CCK-8、Transwell、流式细胞术检测RMS中融合基因阳性RH30细胞和融合基因阴性RD及PLA-802细胞的增殖、侵袭、迁移和凋亡能力;利用GEO2R分析融合基因阳性和阴性细胞的差异miRNA;利用Sangerbox绘制差异miRNA火山图,运用qRT-PCR验证筛选的差异miRNA。结果 RD细胞的增殖能力高于RH30细胞和PLA-802细胞（P<0.05）。RH30细胞的侵袭、迁移和抗凋亡能力高于PLA-802细胞和RD细胞（P<0.05）。火山图结果显示上调miRNA（红色）多于下调miRNA（绿色）（P<0.05）。根据|log₂FC|>3,P<0.05筛选得到12个差异miRNA（上调miRNA:miR-1、let-7d-5p和let-7b-5p,下调miRNA:miR-196a-5p、miR-455-3p、miR-21-5p、miR-193a-3p、miR-2... 

【文章来源】：安徽医科大学学报. 2020,55(12)北大核心

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

3株RMS细胞系的迁移和侵袭能力

3株细胞系的细胞增殖能力

在RH30细胞、PLA-802细胞、RD细胞中利用qRT-PCR检测筛选出的12个差异miRNA,结果显示miR-1(F=28.908,PRD=0.001,PPLA-802=0.000),let-7d-5p(F=187.469,PRD=0.000,PPLA-802=0.000)和let-7b-5p(F=2920.115,PRD=0.000,PPLA-802=0.000)在融合基因阳性RH30细胞中表达高于融合基因阴性PLA-802细胞和RD细胞(图5);miR-196a-5p(F=98.196,PRD=0.000,PPLA-802=0.001),miR-455-3p(F=8.773,PRD=0.006,PPLA-802=0.040),miR-21-5p(F=187.469,PRD=0.000,PPLA-802=0.000),miR-193a-3p(F=87.856,PRD=0.000,PPLA-802=0.002),miR-29b-3p (F=16.142,PRD=0.001,PPLA-802=0.044),miR-29a-3p(F=16.573,PRD=0.006,PPLA-802=0.002),miR-100-5p(F=13.040,PRD=0.002,PPLA-802=0.038),miR-222-3p(F=53.234,PRD=0.000,PPLA-802=0.003)和miR-221-3p(F=48.550,PRD=0.000,PPLA-802=0.003)在融合基因阴性RD细胞和PLA-802细胞中表达高于融合基因阳性RH30细胞(图5)。上述结果与生物信息学分析结果一致。图4 火山图分析差异miRNA


本文编号：3486182