基于差异网络的肾细胞癌基因研究
发布时间：2021-11-10 01:23
以癌症为代表的复杂疾病对人类生命造成严重的威胁,由于高通量技术的快速发展,大量的基因被挖掘分析。在生物网络中不同分子间以及各分子之间相互作用的差异表达的变化,构成了生物差异性网络。拓扑的建设和探索这些差异网络以及网络中的基因关系对于理解其背后的生物学机制是关键性的一步;同时,差异网络分析方法可以深入到生物代谢层面进一步了解疾病的产生机理。因此,探究基因差异性网络的结构如何在两组不同疾病状态之间的变化是基因组研究的一项重要任务。本文选取在疾病样本和正常样本下使用基因组的差异网络分析方法,得到与疾病的产生与发展有着更大概率的相关基因。首先通过高斯图模型估计整体关系的网络模型,其指定网络中所有基因之间的相关性;然后通过精确回归模型计算特定组的组内网络模型,使用残差消除全局关系影响后的数据,拟合协方差回归模型,通过最大期望算法获得对于精度矩阵的估计获得差异基因对;最后通过Bootstrap算法来获取差异分数,从而得到差异网络,筛选出关键基因并分析关键基因的富集通路。特别的,在差异网络精度矩阵估计模型的构建中与MLE和GLasso模型估计法相对比,通过偏相关系数的平方差之和（SSE）、受试者工作...
【文章来源】：福建师范大学福建省
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
差异网络示例
第一章差异网络相关基础9图1-2基于差异网络鉴定癌症相关基因的框架Figure1-2Frameworkforidentificationofcancer-relatedgenesbasedondifferentialnetworks因为在基因或者蛋白质分子之间的相互作用关系构成了物理相互作用网络，网络中的边与节点的不同关系表明了各种复杂的生物功能。在单个状态下构造网络关系，得到基因差异表达数据。在对于癌症基因的研究分子中，构建在肿瘤样本组与正常样本组间的差异性网络，在这个差异网络中可以找出与肿瘤发生机制最相关的关键基因。第三节基于差异网络分析的相关方法1.3.1加权差异基因共表达网络分析2002年，KanervaA等人通过将基因表达数据与蛋白质数据相融合进行分析，对复合物的表达过程计分来识别复合物，取得不错的实验效果[37]；2006年，SongX等人在蛋白质的相似性度量中加入了GO术语，为蛋白质网络分配权值进而构建加权网络，最后识别网络中相互作用模块[38]。2007年TovaF.fuller等人提出了一种较
第二章差异网络估计模型17第二章差异网络估计模型第一节高斯图模型2.1.1图模型在生物信息学领域中图模型的运用比较广泛和便捷，很多的概率模型通过转换为图模型的求解可以更加的简捷明了，在图模型中的点与边等的信息即代表着生物网络上的各种信息。其次，概率论知识在现代的模式识别中也起不可缺少的重要作用，加上概率分布的一些图解可以在可视化界面下的帮助提高求解概率的效率。设定已知变量为Y，可观测的变量为O，其它相关的变量的集合为R,在对于给定的一组观测值中，推断的过程就是要由ORYP,,得到条件概率分布值OYP|。如果通过概率求和的方法来直接消去变量R显然行不通的，因为即使单个变量只存在两种取值情况，那么其计算过程的复杂度就已经为RY2,所以，对于训练样本计算变量分布范围较大的时候对于参数的估计通常是很困难的。所以，使用概率图模型将概率模型进行可视化分析，可以有效提高对感兴趣的未知变量进行估计和推测。概率图模型是通过将变量间的相关关系的概率模型进行可视化图解，使用图形作为界面，通常以图中的节点来代表一个或者一组随机的变量，通过边的性质不同来划分两种不同的图结构：有向无环图模型和无向图模型，如图2-1所示：图2-1有向图与无向图模型Figure.2-1Directedgraphandundirectedgraphmodel
【参考文献】：
期刊论文
[1]Sea State Bias Estimation with Least Absolute Shrinkage and Selection Operator（LASSO）[J]. ZHONG Guoqiang,LIU Benxiu,GUO Yingting,MIAO Hongli. Journal of Ocean University of China. 2018(05)
[2]基于差异性和准确性的加权调和平均度量的基因表达数据选择性集成算法[J]. 高慧云,陆慧娟,严珂,叶敏超. 计算机应用. 2018(05)
[3]基于GEO芯片数据库的结肠癌易感基因挖掘[J]. 钟要红,何青芳,李迎君,丁烨,景方圆,范春红. 预防医学. 2017(11)
[4]顺铂耐药卵巢癌的差异表达基因和信号通路富集分析[J]. 胡万芹,赵洪波,梁宏,赵庆华,杨丽华. 昆明医科大学学报. 2017(06)
[5]肾细胞癌的病理诊断与研究进展[J]. 陈铌,周桥. 现代泌尿外科杂志. 2016(03)
[6]肾肿瘤相关基因的共表达网络构建与分析[J]. 梁栋,邢永强,蔡禄. 中国生物工程杂志. 2016(02)
[7]Nrf2和HO1在肾癌组织中的表达及意义[J]. 安宇,罗一钊,黄建林,何鹏,李利军. 现代生物医学进展. 2015(36)
[8]基于图元向量的差异共表达分析研究[J]. 肖碧玉,李先斌,刘文斌. 电子学报. 2015(10)
[9]中国2009年肾及泌尿系统其他癌发病和死亡分析[J]. 张永贞,杨国庆,张思维,郑荣寿,曹凌,陈万青. 中国肿瘤. 2013(05)
[10]肾癌中miR-363的表达及其临床意义[J]. 赵春娟,余振东,翟庆娜,周亮,王俊豪,李贤新,赵军,孙丰浩. 肿瘤. 2012(05)
博士论文
[1]人E3泛素连接酶MDM2与核糖体蛋白RPL11复合物的结构与功能研究[D]. 郑江歌.中国农业大学 2015
硕士论文
[1]NDNF在肾癌中的表达及生物学功能研究[D]. 夏玲玲.广州医科大学 2017
[2]RNAi沉默RPL34基因对人胃癌SGC-7901细胞增殖和周期的影响[D]. 刘慧.皖南医学院 2016
本文编号：3486292
【文章来源】：福建师范大学福建省
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
差异网络示例
第一章差异网络相关基础9图1-2基于差异网络鉴定癌症相关基因的框架Figure1-2Frameworkforidentificationofcancer-relatedgenesbasedondifferentialnetworks因为在基因或者蛋白质分子之间的相互作用关系构成了物理相互作用网络，网络中的边与节点的不同关系表明了各种复杂的生物功能。在单个状态下构造网络关系，得到基因差异表达数据。在对于癌症基因的研究分子中，构建在肿瘤样本组与正常样本组间的差异性网络，在这个差异网络中可以找出与肿瘤发生机制最相关的关键基因。第三节基于差异网络分析的相关方法1.3.1加权差异基因共表达网络分析2002年，KanervaA等人通过将基因表达数据与蛋白质数据相融合进行分析，对复合物的表达过程计分来识别复合物，取得不错的实验效果[37]；2006年，SongX等人在蛋白质的相似性度量中加入了GO术语，为蛋白质网络分配权值进而构建加权网络，最后识别网络中相互作用模块[38]。2007年TovaF.fuller等人提出了一种较
第二章差异网络估计模型17第二章差异网络估计模型第一节高斯图模型2.1.1图模型在生物信息学领域中图模型的运用比较广泛和便捷，很多的概率模型通过转换为图模型的求解可以更加的简捷明了，在图模型中的点与边等的信息即代表着生物网络上的各种信息。其次，概率论知识在现代的模式识别中也起不可缺少的重要作用，加上概率分布的一些图解可以在可视化界面下的帮助提高求解概率的效率。设定已知变量为Y，可观测的变量为O，其它相关的变量的集合为R,在对于给定的一组观测值中，推断的过程就是要由ORYP,,得到条件概率分布值OYP|。如果通过概率求和的方法来直接消去变量R显然行不通的，因为即使单个变量只存在两种取值情况，那么其计算过程的复杂度就已经为RY2,所以，对于训练样本计算变量分布范围较大的时候对于参数的估计通常是很困难的。所以，使用概率图模型将概率模型进行可视化分析，可以有效提高对感兴趣的未知变量进行估计和推测。概率图模型是通过将变量间的相关关系的概率模型进行可视化图解，使用图形作为界面，通常以图中的节点来代表一个或者一组随机的变量，通过边的性质不同来划分两种不同的图结构：有向无环图模型和无向图模型，如图2-1所示：图2-1有向图与无向图模型Figure.2-1Directedgraphandundirectedgraphmodel
【参考文献】：
期刊论文
[1]Sea State Bias Estimation with Least Absolute Shrinkage and Selection Operator（LASSO）[J]. ZHONG Guoqiang,LIU Benxiu,GUO Yingting,MIAO Hongli. Journal of Ocean University of China. 2018(05)
[2]基于差异性和准确性的加权调和平均度量的基因表达数据选择性集成算法[J]. 高慧云,陆慧娟,严珂,叶敏超. 计算机应用. 2018(05)
[3]基于GEO芯片数据库的结肠癌易感基因挖掘[J]. 钟要红,何青芳,李迎君,丁烨,景方圆,范春红. 预防医学. 2017(11)
[4]顺铂耐药卵巢癌的差异表达基因和信号通路富集分析[J]. 胡万芹,赵洪波,梁宏,赵庆华,杨丽华. 昆明医科大学学报. 2017(06)
[5]肾细胞癌的病理诊断与研究进展[J]. 陈铌,周桥. 现代泌尿外科杂志. 2016(03)
[6]肾肿瘤相关基因的共表达网络构建与分析[J]. 梁栋,邢永强,蔡禄. 中国生物工程杂志. 2016(02)
[7]Nrf2和HO1在肾癌组织中的表达及意义[J]. 安宇,罗一钊,黄建林,何鹏,李利军. 现代生物医学进展. 2015(36)
[8]基于图元向量的差异共表达分析研究[J]. 肖碧玉,李先斌,刘文斌. 电子学报. 2015(10)
[9]中国2009年肾及泌尿系统其他癌发病和死亡分析[J]. 张永贞,杨国庆,张思维,郑荣寿,曹凌,陈万青. 中国肿瘤. 2013(05)
[10]肾癌中miR-363的表达及其临床意义[J]. 赵春娟,余振东,翟庆娜,周亮,王俊豪,李贤新,赵军,孙丰浩. 肿瘤. 2012(05)
博士论文
[1]人E3泛素连接酶MDM2与核糖体蛋白RPL11复合物的结构与功能研究[D]. 郑江歌.中国农业大学 2015
硕士论文
[1]NDNF在肾癌中的表达及生物学功能研究[D]. 夏玲玲.广州医科大学 2017
[2]RNAi沉默RPL34基因对人胃癌SGC-7901细胞增殖和周期的影响[D]. 刘慧.皖南医学院 2016
本文编号：3486292
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3486292.html
最近更新
教材专著
