串珠藻科植物3个叶绿体基因的适应性进化及共进化分析

发布时间：2021-11-10 02:27

　　淡水红藻是淡水藻类植物进化中的一个较为特殊稀有的类群,其中最主要的类群是串珠藻科植物。rbcL基因、psbA基因、psaA基因是其叶绿体中3个具有重要生物学功能的基因,分别编码核酮糖1,5二磷酸羧化酶/加氧酶（Rubisco）大亚基;光系统Ⅱ（PSⅡ）反应中心的重要蛋白Qβ蛋白,即D1蛋白;光系统Ⅰ（PSⅠ）跨膜复合物的中心蛋白A,又称P700脱辅基蛋白A。鉴于它们重要的生物学功能,为了探究串珠藻科植物适应特殊生存环境的分子水平机制,了解串珠藻科植物类群的演化历史,本文对串珠藻科植物这3个基因进行了适应性进化及共进化的分析。利用已测得的一些目的基因序列及Genbank中的基因序列,基于最大似然法构建系统发育树;基于基因序列及系统发育树利用PAML4.8软件,运行位点模型、分支模型及分支-位点模型,对目的基因进行了适应性进化分析;基于基因序列和同源建模出的蛋白质三维结构,运用基于Pearson相关系数法、参数检验法和互信息法等的CAPS软件,对目的基因进行了共进化分析。具体研究结果如下:（1）在串珠藻科植物rbcL基因的适应性进化及共进化分析中,在基于最大似然法构建的系统发育树中选定内外... 

【文章来源】：山西大学山西省

【文章页数】：80 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

基于rbcL基因序列构建的系统发育树

图 2.2 胶串珠藻 (AF029141)Rubisco 大亚基参考三维结构2.2 Reference three-dimensional structure of Rubisco large subunits of Batrachospegelatinosum (AF029141)注：正选择位点在图中用白色圆圈标出

图 2.3 Rubisco 大亚基氨基酸序列对位排列Fig. 2.3 Alignment of the amino acid sequence of Rubisco注：对应氨基酸下方箭头表示对应的 Rubisco 的二级结构。图中字母第一行代表 PAML 序列，第二行代表模板序列，第三行代表本文建模序列。

【参考文献】：
期刊论文
[1]串珠藻目植物rbcL基因的适应性进化分析[J]. 巩超彦,南芳茹,冯佳,吕俊平,刘琪,谢树莲.  海洋与湖沼. 2017(03)
[2]裸子植物psbA基因分子进化式样的研究[J]. 森林,余坤,胡志刚,汪文杰,徐雷,刘合刚,潘宏林.  热带亚热带植物学报. 2016(02)
[3]基于叶绿体psaA和psbA基因的中国熊野藻属植物系统发育分析[J]. 南芳茹,冯佳,谢树莲.  水生生物学报. 2015(01)
[4]2种分子标记应用于澄黄滨珊瑚群体遗传多样性研究中的可行性[J]. 田鹏,牛文涛,林荣澄,陈彬,Suharsono.  应用海洋学学报. 2014(01)
[5]蕨类植物psbD基因的适应性进化和共进化分析[J]. 许可,王博,苏应娟,高磊,王艇.  植物科学学报. 2013(05)
[6]凤尾蕨科旱生蕨类rbcL基因的适应性进化和共进化分析[J]. 周媛,王博,高磊,王艇.  植物科学学报. 2011(04)
[7]细鳞苔科psbA基因的适应性进化分析[J]. 陈晓霞,苏应娟,王艇.  西北植物学报. 2010(08)
[8]麻黄属rbcL基因的适应性进化检测与结构模建[J]. 刘念,王庆彪,陈婕,朱勇,扎西次仁,胡祎瑶,陈凡,钟扬.  科学通报. 2010(14)
[9]蛋白质共进化分析研究进展[J]. 吕品一,郑珩,劳兴珍.  生物信息学. 2010(01)
[10]串珠藻目植物的系统发育-基于rbcL序列的证据[J]. 李强,吉莉,谢树莲.  水生生物学报. 2010(01)

博士论文
[1]淡水红藻不同谱系的系统分类和进化历史研究[D]. 南芳茹.山西大学 2017

硕士论文
[1]酵母科F-box基因家族的进化分析[D]. 姚明月.西北农林科技大学 2015



本文编号：3486386