脑胶质瘤组织中差异表达基因的生物信息学分析及肿瘤发生发展关键调控基因筛选

发布时间：2021-11-12 19:18

　　目的采用生物信息学方法分析脑胶质瘤组织与正常脑组织间的差异表达基因,并筛选脑胶质瘤发生发展的关键调控基因。方法选取GEO数据库中编号为GSE2223的脑胶质瘤表达谱芯片,利用R语言limma包筛选出芯片中脑胶质瘤与正常脑组织的差异表达基因。使用R语言的org. Hs. eg. db包对差异表达基因进行GO功能富集,利用DAVID 6. 8（https://david. ncifcrf. gov/）在线分析网站对差异表达基因进行KEGG信号通路分析。为筛选肿瘤发生发展关键调控基因,将差异表达基因导入STRING（https://string-db. org/）网站,构建差异表达基因编码的蛋白间相互作用（PPI）网络图,根据蛋白间临近相互作用对计数,选取前20个差异表达基因,即为可能参与脑胶质瘤发生发展的关键调控基因。结果共筛选出107个差异表达基因,其中上调的基因48个、下调的基因59个。对差异表达基因的GO功能富集结果显示,差异表达基因在细胞组分上的改变主要表现在运输囊泡膜、神经远端轴突、神经轴突等结构上,分子功能变化主要集中在突触融合蛋白、钙调蛋白、磷脂酶结合蛋白等功能上;生物学过程... 

【文章来源】：山东医药. 2020,60(21)

【文章页数】：4 页

【文章目录】：
1 资料与方法
    1.1 脑胶质瘤组织与正常脑组织基因表达谱数据的选择与获取
    1.2 脑胶质瘤组织与正常脑组织差异表达基因的提取与筛选
    1.3 差异表达基因的基因本体(GO)功能富集和KEGG信号通路分析
    1.4 脑胶质瘤发生发展关键调控基因的筛选
2 结果
    2.1 脑胶质瘤组织与正常脑组织差异表达基因筛选结果
    2.2 差异表达基因的GO功能富集和KEGG信号通路分析结果
    2.3 脑胶质瘤发生发展关键调控基因的筛选结果
3 讨论



本文编号：3491507