线粒体NADH1基因和微卫星标记在棘球绦虫感染检测中的应用
发布时间:2021-11-17 16:36
(目的)利用线粒体NADH脱氢酶亚基1基因(NADH1)和微卫星标记进行棘球绦虫感染的基因型和遗传多样性分析。(方法)对不同地区牛、羊肝/肺包囊(8份)、野生鼠肝包囊(4份)和狐狸肠道寄生棘球绦虫成虫(2份)共14个样本提取DNA后,分别用棘球绦虫线粒体NADH1基因和微卫星标记进行检测。(结果)PCR扩增分别得到大小约为510 bp的NADH1核苷酸片段和200~300 bp不等的微卫星标记片段,产物的长度与引物设计的预期产物长度一致;序列比对发现不同地区、不同宿主来源的样品序列存在碱基的颠/转换和碱基缺失现象;测序发现8份牛、羊肝/肺包囊样本均为细粒棘球蚴G1基因型感染,4份野生鼠肝包囊均为多房棘球蚴感染,2份狐狸肠道寄生棘球绦虫样本为多房棘球绦虫感染。(结论)线粒体NADH1基因和微卫星标记均适用于棘球绦虫种间和种内的鉴别、分类及系统进化分析研究。
【文章来源】:草食家畜. 2020,(04)
【文章页数】:9 页
【部分图文】:
不同地区棘球绦虫代表性样品NADH1基因的PCR扩增产物
利用微卫星位点基因引物对上述检测为阳性的样品进行扩增,获得200~300 bp的目的条带,与预期片段大小相符,电泳结果见图2。2.3 棘球绦虫NADH1基因的序列比对及遗传进化分析
将所有阳性样品NADH1序列通过Clustal X 1.83进行比对,去除两端不准确序列后获得的序列长度为508 bp,以C1为代表的4个分离株(样品号:C1、C19、A18、S2)基因序列与GenBank中细粒棘球绦虫NADH1基因序列(EF367301.1)同源性为100%;以X1为代表的4个分离株(样品号:X1、H7、Y13、T)基因序列与GenBank中细粒棘球绦虫NADH1基因序列(JX217864.1)同源性为99%;以Em1为代表的2个分离株(样品号:Em1和Em2)基因序列与GenBank中多房棘球绦虫NADH1基因序列(AB668376.1)同源性为98%;以Em5为代表的2个分离株(样品号:Em5和Em5-1)基因序列与AB668376.1同源性为99%;1#和2#分离株基因序列均与GenBank中多房棘球绦虫NADH1基因序列(KY094609.1)同源性为99%,不同株基因的变异位点及碱基序列变化见表5、表6、表7。基于棘球绦虫NADH1引物扩增的基因片段并利用NJ法构建了遗传进化树(图3),进化树分为3大枝,不同地区牛/羊感染包虫病阳性样品与细粒棘球绦虫(EF367301.1和JX217864.1)参考序列归于一支,不同地区老鼠和狐狸感染包虫病阳性样品与多房棘球绦虫(AB668376.1和KY094609.1)参考序列归于一支,细粒棘球绦虫G5、G6和G7基因型参考序列归于一枝,从建立的进化树中可以看出不同地区牛/羊感染包虫病病原与细粒棘球绦虫亲缘关系较近,基因型属于G1型,老鼠和狐狸感染包虫病病原与多房棘球绦虫亲缘关系较近。2.4 棘球绦虫微卫星位点基因的序列比对及遗传进化分析
【参考文献】:
期刊论文
[1]辽宁省朝阳市细粒棘球病的基因型分析[J]. 王晓黎,李飞,李金慧,刘静,李亚彩,白杨,安春丽. 中国人兽共患病学报. 2017(02)
[2]细粒棘球绦虫分型和分类研究进展[J]. 杨东,刘爱芹,赵威,张唯哲. 热带医学杂志. 2015(09)
[3]棘球属绦虫分子种系发生研究进展[J]. 李立,娄忠子,闫鸿斌,范彦雷,李建秋,殷宏,贾万忠. 中国人兽共患病学报. 2014(11)
[4]带科绦虫线粒体基因组全序列研究进展[J]. 贾万忠,闫鸿斌,郭爱疆,史万贵,詹芳,付宝权. 中国人兽共患病学报. 2010(06)
本文编号:3501296
【文章来源】:草食家畜. 2020,(04)
【文章页数】:9 页
【部分图文】:
不同地区棘球绦虫代表性样品NADH1基因的PCR扩增产物
利用微卫星位点基因引物对上述检测为阳性的样品进行扩增,获得200~300 bp的目的条带,与预期片段大小相符,电泳结果见图2。2.3 棘球绦虫NADH1基因的序列比对及遗传进化分析
将所有阳性样品NADH1序列通过Clustal X 1.83进行比对,去除两端不准确序列后获得的序列长度为508 bp,以C1为代表的4个分离株(样品号:C1、C19、A18、S2)基因序列与GenBank中细粒棘球绦虫NADH1基因序列(EF367301.1)同源性为100%;以X1为代表的4个分离株(样品号:X1、H7、Y13、T)基因序列与GenBank中细粒棘球绦虫NADH1基因序列(JX217864.1)同源性为99%;以Em1为代表的2个分离株(样品号:Em1和Em2)基因序列与GenBank中多房棘球绦虫NADH1基因序列(AB668376.1)同源性为98%;以Em5为代表的2个分离株(样品号:Em5和Em5-1)基因序列与AB668376.1同源性为99%;1#和2#分离株基因序列均与GenBank中多房棘球绦虫NADH1基因序列(KY094609.1)同源性为99%,不同株基因的变异位点及碱基序列变化见表5、表6、表7。基于棘球绦虫NADH1引物扩增的基因片段并利用NJ法构建了遗传进化树(图3),进化树分为3大枝,不同地区牛/羊感染包虫病阳性样品与细粒棘球绦虫(EF367301.1和JX217864.1)参考序列归于一支,不同地区老鼠和狐狸感染包虫病阳性样品与多房棘球绦虫(AB668376.1和KY094609.1)参考序列归于一支,细粒棘球绦虫G5、G6和G7基因型参考序列归于一枝,从建立的进化树中可以看出不同地区牛/羊感染包虫病病原与细粒棘球绦虫亲缘关系较近,基因型属于G1型,老鼠和狐狸感染包虫病病原与多房棘球绦虫亲缘关系较近。2.4 棘球绦虫微卫星位点基因的序列比对及遗传进化分析
【参考文献】:
期刊论文
[1]辽宁省朝阳市细粒棘球病的基因型分析[J]. 王晓黎,李飞,李金慧,刘静,李亚彩,白杨,安春丽. 中国人兽共患病学报. 2017(02)
[2]细粒棘球绦虫分型和分类研究进展[J]. 杨东,刘爱芹,赵威,张唯哲. 热带医学杂志. 2015(09)
[3]棘球属绦虫分子种系发生研究进展[J]. 李立,娄忠子,闫鸿斌,范彦雷,李建秋,殷宏,贾万忠. 中国人兽共患病学报. 2014(11)
[4]带科绦虫线粒体基因组全序列研究进展[J]. 贾万忠,闫鸿斌,郭爱疆,史万贵,詹芳,付宝权. 中国人兽共患病学报. 2010(06)
本文编号:3501296
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