芹菜AgLIMS基因的克隆和生物信息学分析及其表达特性

发布时间：2021-11-18 09:09

　　以芹菜（Apium graveolens Linn.）品种‘六合黄心芹’（‘Liuhe Huangxinqin’）和‘津南实芹’（‘Jinnan Shiqin’）为研究对象,分别克隆获得芹菜柠檬烯合酶基因,命名为AgLIMS,其开放阅读框长1 800 bp,编码599个氨基酸。结果显示:2个芹菜品种的AgLIMS基因核苷酸序列存在2个位点的差异,其编码的氨基酸序列也存在2个位点的差异;AgLIMS基因编码的氨基酸序列在第50至第586位存在植物萜类合酶（Terpene cyclase plant C1）保守区域,具有典型的类异戊二烯合成酶（Isoprenoid Biosyn C1）超家族结构域。2个芹菜品种的AgLIMS蛋白的理论相对分子质量分别为69 120和69 190,理论等电点均为pI 5.52。AgLIMS蛋白的氨基酸序列中,亲水性氨基酸比例高于疏水性氨基酸;其二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲构成,但α螺旋、延伸链和β转角的比例在2个芹菜品种间略有差异;其三级结构均含有1个β折叠,但α螺旋数量在2个芹菜品种间略有差异。AgLIMS基因与多种植物LIMS基因编码的氨基酸序列一致... 

【文章来源】：植物资源与环境学报. 2020,29(06)北大核心CSCD

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【部分图文】：

芹菜品种‘六合黄心芹’(A)和‘津南实芹’(B)的AgLIMS基因的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列

图1 芹菜品种‘六合黄心芹’(A)和‘津南实芹’(B)的AgLIMS基因的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列在系统进化树(图4)上,2个芹菜品种首先聚在一起,并与同科种类细叶糙果芹[Trachyspermum ammi (Linn.) Sprague]聚在同一小分支中,与同科植物胡萝卜(Daucus carota var. sativa Hoffm.)聚在同一大分支中,说明同科植物的进化关系较近;而与其他科木本种类,如枣(Ziziphus jujuba Mill.)、欧洲栓皮栎(Quercus suber Linn.)、胡桃(Juglans regia Linn.)和木槿(Hibiscus syriacus Linn.)等的进化关系较远。

在系统进化树(图4)上,2个芹菜品种首先聚在一起,并与同科种类细叶糙果芹[Trachyspermum ammi (Linn.) Sprague]聚在同一小分支中,与同科植物胡萝卜(Daucus carota var. sativa Hoffm.)聚在同一大分支中,说明同科植物的进化关系较近;而与其他科木本种类,如枣(Ziziphus jujuba Mill.)、欧洲栓皮栎(Quercus suber Linn.)、胡桃(Juglans regia Linn.)和木槿(Hibiscus syriacus Linn.)等的进化关系较远。图4 芹菜Ag LIMS基因与其他植物LIMS基因编码的氨基酸序列的系统进化树


本文编号：3502622