闽楠转录组分析及基因功能注释

发布时间：2021-11-20 08:27

　　采用第二代Illumina Hi Seq测序技术对闽楠的木质部、韧皮部、叶片进行转录组测序,分别获得Clean Reads片段41 383 707条、43 343 922条、44 191 586条,经转录本拼接后得到序列总长度达120 535 288 bp的383 331条Conting片段,进一步组装得到平均长度为542 bp的151 729条Unigenes。将闽楠转录组Unigenes进行基因功能注释,与NR数据库比对发现,其与葡萄的相似序列最多（34%）,与黄瓜、野草莓、大豆的同源性较低（各占3%）;进行GO功能注释,可将其划分为生物过程、细胞成分、分子功能3大类共计52个分支,与egg NOG数据库比对可分为25类,通过KEGG功能注释可知转录组中涉及的基因共参与了176条代谢通路,其中核糖体和碳代谢获得的注释较多。另外通过MISA软件分析,共获得35 972个SSR位点。其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,SSR位点数分别为21 762（60.50%）,8 931（24.83%）,4 924（13.69%）。闽楠转录组分析及基因功能注释为深入开展闽楠遗传育种及... 

【文章来源】：植物研究. 2020,40(04)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

KEGG注释统计图

通过Blastx将闽楠转录组中的Unigene与NR数据库进行比对，可以获取本物种基因序列与近缘物种基因序列的相似性以及本物种基因的功能信息，其中有45 036条Unigene有注释结果。通过NR库比对注释的结果，统计并绘制比对上的物种分布图(见图1)。闽楠与黄瓜、野草莓、大豆、欧洲大叶杨、碧桃、蓖麻、葡萄都有同源序列分布，其中与葡萄有34%的同源序列，与欧洲大叶杨、碧桃、蓖麻分别有8%、7%、6%的相似序列，在黄瓜、野草莓、大豆中的同源序列较少，均为3%。此外，还有35%的Unigene属于其他序列，可能包含了闽楠自身特有的与大多数物种不同的序列。图2 闽楠转录组Unigene的GO功能分类

闽楠转录组Unigene的GO功能分类

【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
[1]火力楠种质资源遗传多样性研究[D]. 李清莹.中国林业科学研究院 2018

硕士论文
[1]白楠原生种与叶缘缺刻突变种形态生理研究及转录组高通量测序分析[D]. 于鹏宇.长江大学 2017
[2]浙江楠EST-SSR标记开发及天然种群遗传多样性研究[D]. 丁亚军.浙江农林大学 2014
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本文编号：3506949