肝细胞癌模型小鼠中外泌体来源RNA剪接基因的功能及差异表达分析

发布时间：2021-11-24 16:34

　　目的:探讨模型小鼠肝细胞癌组织（TM）内差异表达的外泌体来源RNA剪接基因（exosome-derived RNAsplicing-related DEGs,ERDs）的变化图谱及AS、SNV和INDEL与基因表达的关系。方法:以健康小鼠肝组织（生理微环境,PM）、模型小鼠无瘤体肝组织（细胞癌前微环境,PTM）和模型小鼠肝细胞癌组织（肿瘤微环境,TM）为材料,分别提取各组样本中的总RNA进行RNA-seq和生物信息学分析,并通过RT-qPCR验证实验结果。结果:与PTM比较,TM中有158个高表达的ERDs;与PM比较,TM中有141个高表达的ERDs;两类对比样本中有21个相同的ERDs在TM中高表达。这21个ERDs主要参与了4个生物学过程（BP）、5个细胞组分（CC）、2个分子功能（MF）和1个信号通路（KEGG pathway）。其功能主要富集在剪接体的功能上,尤其是在剪接体执行剪接过程中ploy（A）RNA结合、核来源的第二步剪接小体的催化作用以及剪接体snRNP组装。结论:TM中高表达的ERDs主要通过poly（A）RNA结合异常,介导错误的RNA剪接和剪接体snRNP组装... 

【文章来源】：赣南医学院学报. 2020,40(09)

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

ERDs的功能

ERDs参与剪接体的过程（红星表示该基因在TM中表达上调）

ERDs编码蛋白的互作关系

【参考文献】：
期刊论文
[1]肿瘤微环境趋化因子通过与细胞因子受体互作参与HCC诱导的炎症反应[J]. 韩鑫鑫,梁浩源,唐玉莲,倪安妮,陆瑞群,李曙波,李根亮.  右江民族医学院学报. 2019(06)
[2]变异剪接体的结构、功能及其在疾病治疗中的应用[J]. 谢玉霜,包永芬,白育庭,单士刚,杨军.  生命的化学. 2019(04)
[3]Hdm2剪接体促进结直肠癌细胞增殖的分子机制[J]. 周锋,沙德胜,刘红.  中外医疗. 2018(30)

博士论文
[1]FANCD2基因在宫颈癌复发转移中的作用和机制[D]. 刘艺迪.北京协和医学院 2018

硕士论文
[1]t（8,21）急性髓系白血病中选择性剪切体AML1-ETO9a对c-KIT的表观遗传学调控机制研究[D]. 刘安琪.中国人民解放军医学院 2016



本文编号：3516360