基于转录组分析的黄喉拟水龟性别调控相关基因的筛选及鉴定
发布时间：2021-11-27 12:11
性别决定及调控机制一直以来都是遗传学、发育生物学和进化生物学的热点和前沿科学问题之一,因为大多数脊椎动物都是雌雄异体的。脊椎动物性别决定机制并不相同,遗传信息和环境因素是影响大多数脊椎动物性别决定的主要因子,按照性别决定成因主要分为两大类型:一,遗传性别决定（genetic sex determination,GSD）;二,环境性别决定（environmental sex determination,ESD）。环境性别决定动物两性之间没有遗传差异,没有性染色体,其性别是由受精后其发育过程所处的环境条件所决定,主要存在一些两栖类和鱼类还有多数爬行类动物中。影响性别的环境因素主要包括温度、湿度、营养、激素、CO2、溶氧量、光周期和社会因素等等。其中温度依赖型性别决定（temperature-dependent sex determination,TSD）是环境性别决定中最普遍的性别决定模式,其性别决定背后的分子机制值得深入思考。Vasa,是目前研究最广泛的生殖细胞标记之一,对生物体内生殖细胞的发育和分化都起着至关重要的作用。vasa的缺失会导致大多数雄性脊椎动物的不育...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
预测lncRNA和mRNA的特征比较
上海海洋大学硕士学位论文15图1-2预测的lncRNA的统计图1.长链基因间非编码RNAs(lincRNAs)，2.反义长链非编码RNAs(antisense-lncRNAs)，3.内含子长链非编码RNAs(intronic-lncRNAs)，4.正义长链非编码RNAs(sense-lncRNAs)Fig.1-2Statisticsmapofpredictedlongnon-codingRNAs1.longintergenicncRNAs,2.antisense-lncRNAs,3.intronic-lncRNAs,4.sense-lncRNAs2.2雌雄之间差异表达基因的鉴定根据IlluminaHiSeq4000平台所得的转录组测序结果，通过倍数变化过滤（foldchange≥2，FDR<0.01）筛选到8237个DEmRNA为性别偏向基因，包括5249个雄性偏向基因和2988个雌性偏向基因（图1-3a）。其中，有4237个mRNA雌雄差异表达超过十倍。同时，还发现共有9573个性别偏向表达，包括7597个雄性偏向lncRNA和1976个雌性偏向lncRNA（图1-3a），其中9444个lncRNA的雌雄差异表达超过十倍。此外，相比于精巢中的差异转录本，卵巢中分别有5249和2988个mRNA上调和下调，有7597和1976个lncRNA转录本上调和下调（图1-3b）。火山图展示了lncRNAs和mRNAs的相似差异表达情况（图1-3c）。为了验证测序结果是否可靠，我们随机选取了7个差异表达基因进行RT-qPCR验证。如图1-4所示，这些性别二态性基因的表达情况（图1-4a,c）与转录组测序分析结果（图1-4b,d）基本一致。dmrt1，hsf1，cyp17a1在精巢中的表达水平高于卵巢，
上海海洋大学硕士学位论文16而cyp19a1，hsd11b2和sox8在卵巢中表达较高。图1-3卵巢和精巢中差异表达的lncRNA和mRNA的分析(a)卵巢和精巢中差异表达的lncRNAs和mRNAs的维恩图，(b)卵巢相对于精巢鉴定出的上调和下调差异表达lncRNAs和mRNAs的数量，(c)差异表达的lncRNAs和mRNAs的火山图Fig.1-3AnalysesofdifferentiallyexpressedlncRNAsandmRNAsinovariesandtestes
本文编号：3522259
【文章来源】：上海海洋大学上海市
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【学位级别】：硕士
【部分图文】：
预测lncRNA和mRNA的特征比较
上海海洋大学硕士学位论文15图1-2预测的lncRNA的统计图1.长链基因间非编码RNAs(lincRNAs)，2.反义长链非编码RNAs(antisense-lncRNAs)，3.内含子长链非编码RNAs(intronic-lncRNAs)，4.正义长链非编码RNAs(sense-lncRNAs)Fig.1-2Statisticsmapofpredictedlongnon-codingRNAs1.longintergenicncRNAs,2.antisense-lncRNAs,3.intronic-lncRNAs,4.sense-lncRNAs2.2雌雄之间差异表达基因的鉴定根据IlluminaHiSeq4000平台所得的转录组测序结果，通过倍数变化过滤（foldchange≥2，FDR<0.01）筛选到8237个DEmRNA为性别偏向基因，包括5249个雄性偏向基因和2988个雌性偏向基因（图1-3a）。其中，有4237个mRNA雌雄差异表达超过十倍。同时，还发现共有9573个性别偏向表达，包括7597个雄性偏向lncRNA和1976个雌性偏向lncRNA（图1-3a），其中9444个lncRNA的雌雄差异表达超过十倍。此外，相比于精巢中的差异转录本，卵巢中分别有5249和2988个mRNA上调和下调，有7597和1976个lncRNA转录本上调和下调（图1-3b）。火山图展示了lncRNAs和mRNAs的相似差异表达情况（图1-3c）。为了验证测序结果是否可靠，我们随机选取了7个差异表达基因进行RT-qPCR验证。如图1-4所示，这些性别二态性基因的表达情况（图1-4a,c）与转录组测序分析结果（图1-4b,d）基本一致。dmrt1，hsf1，cyp17a1在精巢中的表达水平高于卵巢，
上海海洋大学硕士学位论文16而cyp19a1，hsd11b2和sox8在卵巢中表达较高。图1-3卵巢和精巢中差异表达的lncRNA和mRNA的分析(a)卵巢和精巢中差异表达的lncRNAs和mRNAs的维恩图，(b)卵巢相对于精巢鉴定出的上调和下调差异表达lncRNAs和mRNAs的数量，(c)差异表达的lncRNAs和mRNAs的火山图Fig.1-3AnalysesofdifferentiallyexpressedlncRNAsandmRNAsinovariesandtestes
本文编号：3522259
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