甘蓝型油菜BnaWRKY30-like基因cDNA序列克隆及生物信息学分析

发布时间：2021-12-29 22:37

　　WRKY转录因子是植物所特有的一个超级基因家族,能调控植物生长发育过程及逆境反应。根据转录组测序获得的EST序列设计引物,利用RT-PCR及RACE技术克隆了甘蓝型油菜WRKY30基因cDNA全长序列,并运用生物信息学手段对序列进行了分析及预测。结果表明:BnaWRKY30-like基因全长cDNA序列中包含102 bp的5′-UTR序列,188 bp的3′-UTR序列以及942 bp的完整ORF,编码313个氨基酸。该转录因子蛋白相对分子量为35 319.85D,等电点为6.22,基本氨基酸中含量最高的丝氨酸（Ser）,313个氨基酸中含有41个酸性氨基酸,34个碱性氨基酸,在121～182区域含有一个典型的WRKY结构域。亚细胞定位预测发现该转录因子定位于细胞核的可能性最高。蛋白质的二级结构预测表明共有α-螺旋占26.20%,延伸链占10.54%,β-转角占4.47%,无规则卷曲占58.79%。BnaWRKY30-like基因编码的蛋白具有典型的WRKY转录因子特征,与拟南芥WRKY30基因亲缘关系近,可能在油菜早期生长发育过程及盐胁迫中的发挥调控作用。 

【文章来源】：安徽农业大学学报. 2020,47(05)CSCD

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

油菜BnaWRKY30-like基因的RACE扩增结果

利用NCBI blast程序比对分析发现其与Brassica napus WRKY30(Accession:XP＿013643451.1）、Brassica oleracea WRKY30(Accession:XP＿013596670.1）和Brassica rapa WRKY30(Accession:NP＿001288989.1）转录因子的氨基酸序列相似性最高，即命名为BnaWRKY30-like。利用DNAMAN8.0软件将BnaWRKY30-like与Brassica napus WRKY30、Brassica oleraceaWRKY30、Brassica rapaWRKY30进行多序列比对结果如图2所示。这4个转录因子氨基酸序列高度相似，但均在不同的位置存在少数氨基酸差异。图3 BnaWRKY30-like蛋白氨基酸序列保守结构域检索

BnaWRKY30-like蛋白氨基酸序列保守结构域检索

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
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本文编号：3556973