一种基于测序数据快速定量基因丰度的新方法

发布时间：2021-12-30 07:27

　　测序技术自上世纪七十年代诞生以来,经过几十年的技术革新,最终形成了以下一代测序技术为主导的格局。以第二代测序技术为基础发展的高通量测序技术成为了发育学和疾病研究中最常见而重要的工具。高通量测序技术以及深度测序的普遍化对用于序列比对以及基因定量的软件提出了更高的要求。目前用于处理测序数据的软件从原理上可分为基于序列比对以及免序列比对两种。前者虽然可以保留更多序列局部之间的信息,但是比对时间长、消耗内存大而且容易受突变和测序错误的影响。另外,这类软件一般需要额外的定量软件协助。后者相对来说使用的时间以及资源会少很多,且可以很好地避免由序列的小片段交换重组带来的影响。总的来说,现存的比对软件在精确度上还存在一定的改进空间。因此,我们希望开发一个提高精确度的同时保证速度的定量软件。我们分别将参考序列以及测序片段碎片化,形成特定长度的短序列,并对这些短序列的数量进行统计。每个参考序列包含的短序列的种类以及数量即为该参考序列的特征谱。我们认为,来源于参考序列的各种短序列的数量与来源于测序结果的相应短序列的数量之间存在着线性关系,而找出这二者之间的比例系数,即可得到参考序列的丰度。我们将参考序列的特... 

【文章来源】：哈尔滨工业大学黑龙江省 211工程院校 985工程院校

【文章页数】：61 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

基于10xGenomics平台的RNA捕获和文库建立[24]

TopHat的比对流程[37]

RUM的流程图[38]


本文编号：3557739