左右半结肠癌基因转录谱差异及PLK3的临床意义
发布时间：2021-12-30 22:35
研究目的:1、探究左、右半结肠癌的基因转录谱,为左、右半结肠癌的发病机制、基因分型、个体化治疗、生存预后等提供分子遗传学依据。2、比较PLK3在左、右半结肠癌中的表达情况,进一步验证左、右半结肠癌基因表达差异,阐明其临床意义。研究方法:1、选取左、右半结肠癌各3例样本,提取总RNA,构建文库,利用Illumina Hiseq 400测序仪进行测序,对差异表达基因进行聚类,GO功能富集分析及KEGG Pathway富集分析。2、回顾性分析80例左半结肠癌和62例右半结肠癌患者的临床资料,通过免疫组化法检测左、右半结肠癌中PLK3蛋白表达情况,验证左、右半结肠癌中PLK3基因差异表达;分析PLK3与P53的相关性;比较PLK3高表达的左、右半结肠癌;探讨PLK3不同表达水平对左、右半结肠癌生存预后的影响。研究结果:1、左、右半结肠癌存在多个差异表达基因,涉及氧化磷酸化、TCA循环、AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路等多个途径。与右半结肠癌相比,左半结肠癌上调表达的差异基因共有147个,下调表达的差异基因有417个,包括RGMB、DMTN、TLE2、TP53I...
【文章来源】：东南大学江苏省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA-seq的实验流程
第一章左、右半结肠癌基因转录谱差异111.3.2mRNA功能富集分析1)GeneOntology富集分析GO（GeneOntology）是一种基因功能分类条目，包括生物学过程（Biologicalprocess）、细胞组成（Cellularcomponent）和分子功能（Molecularfunction）三个子条目。GO分析结果差异最大的前10个GO项目如图1-3所示。左半结肠癌中细胞呼吸、氧化磷酸化、有机物氧化能量衍生、线粒体ATP合成、药物代谢等生物学过程上调；线粒体、细胞质、细胞核、中心体等细胞组成上调；NADH脱氢酶、氧化还原酶、RNA聚合酶转录因子、DNA结合转录因子等分子功能上调。右半结肠癌中免疫应答、细胞活化、分泌、应激反应等生物学过程上调；囊泡、细胞外基质、内质网等细胞组成上调；信号受体结合、蛋白质结合、免疫球蛋白结合等分子功能上调。图1-2LCCvsRCC显著差异表达基因聚类图
东南大学硕士学位论文122)KEGGPathway富集分析根据最新的KEGGdatabase(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)中的生物学通路分类条目，通过信号通路分析确定某一显著性差异表达基因富集的生物学通路。信号通路分析结果显示左、右半结肠癌存在多条信号通路调控异常（图1-4）。左半结肠癌涉及氧化磷酸化、代谢途径、帕金森氏并非酒精性脂肪肝、阿尔茨海默并亨廷顿氏病(Huntington"sdisease)、内源性大麻素、TCA循环、抗叶酸、碳代谢等多条上调表达的异常通路。其中氧化磷酸化、代谢途径、帕金森氏并非酒精性脂肪肝、阿尔茨海默病及亨廷顿氏病中均涉及COX5A、COX7B、NDUFA1、NDUFA12、NDUFA9、NDUFAB1、NDUFB9、NDUFC1这8个关键调控基因。FH、IDH3A、PDHA1均存在于代谢途径、TCA循环中。右半结肠癌涉及细胞因子及细胞因子受体、ECM受体相互作用、AGE-RAGE、PI3K-Akt、p53等多条上调表达的异常信号通路。其中AGE-RAGE信号通路主要涉及CCL2、COL1A2、COL3A1、ICAM1、MMP2、PIM1、SELE、SERPINE1、STAT3、TGFB1、THBD、VEGFC等关键调控基因。SERPINE1同时存在于AGE-RAGE、p53信号通路中。图1-3LCCvsRCCGO分析结果中差异最显著的前10个GO条目bar图（1）Up（2）Down
【参考文献】：
期刊论文
[1]High expression of anti-apoptotic protein Bcl-2 is a good prognostic factor in colorectal cancer: Result of a metaanalysis[J]. Qi Huang,Shu Li,Pu Cheng,Mei Deng,Xin He,Zhen Wang,Cheng-Hui Yang,Xiao-Ying Zhao,Jian Huang. World Journal of Gastroenterology. 2017(27)
[2]Changes in cellular mechanical properties during onset or progression of colorectal cancer[J]. Gabriele Ciasca,Massimiliano Papi,Eleonora Minelli,Valentina Palmieri,Marco De Spirito. World Journal of Gastroenterology. 2016(32)
[3]Different treatment strategies and molecular features between right-sided and left-sided colon cancers[J]. Hong Shen,Jiao Yang,Qing Huang,Meng-Jie Jiang,Yi-Nuo Tan,Jian-Fei Fu,Li-Zhen Zhu,Xue-Feng Fang,Ying Yuan. World Journal of Gastroenterology. 2015(21)
本文编号：3559091
【文章来源】：东南大学江苏省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA-seq的实验流程
第一章左、右半结肠癌基因转录谱差异111.3.2mRNA功能富集分析1)GeneOntology富集分析GO（GeneOntology）是一种基因功能分类条目，包括生物学过程（Biologicalprocess）、细胞组成（Cellularcomponent）和分子功能（Molecularfunction）三个子条目。GO分析结果差异最大的前10个GO项目如图1-3所示。左半结肠癌中细胞呼吸、氧化磷酸化、有机物氧化能量衍生、线粒体ATP合成、药物代谢等生物学过程上调；线粒体、细胞质、细胞核、中心体等细胞组成上调；NADH脱氢酶、氧化还原酶、RNA聚合酶转录因子、DNA结合转录因子等分子功能上调。右半结肠癌中免疫应答、细胞活化、分泌、应激反应等生物学过程上调；囊泡、细胞外基质、内质网等细胞组成上调；信号受体结合、蛋白质结合、免疫球蛋白结合等分子功能上调。图1-2LCCvsRCC显著差异表达基因聚类图
东南大学硕士学位论文122)KEGGPathway富集分析根据最新的KEGGdatabase(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)中的生物学通路分类条目，通过信号通路分析确定某一显著性差异表达基因富集的生物学通路。信号通路分析结果显示左、右半结肠癌存在多条信号通路调控异常（图1-4）。左半结肠癌涉及氧化磷酸化、代谢途径、帕金森氏并非酒精性脂肪肝、阿尔茨海默并亨廷顿氏病(Huntington"sdisease)、内源性大麻素、TCA循环、抗叶酸、碳代谢等多条上调表达的异常通路。其中氧化磷酸化、代谢途径、帕金森氏并非酒精性脂肪肝、阿尔茨海默病及亨廷顿氏病中均涉及COX5A、COX7B、NDUFA1、NDUFA12、NDUFA9、NDUFAB1、NDUFB9、NDUFC1这8个关键调控基因。FH、IDH3A、PDHA1均存在于代谢途径、TCA循环中。右半结肠癌涉及细胞因子及细胞因子受体、ECM受体相互作用、AGE-RAGE、PI3K-Akt、p53等多条上调表达的异常信号通路。其中AGE-RAGE信号通路主要涉及CCL2、COL1A2、COL3A1、ICAM1、MMP2、PIM1、SELE、SERPINE1、STAT3、TGFB1、THBD、VEGFC等关键调控基因。SERPINE1同时存在于AGE-RAGE、p53信号通路中。图1-3LCCvsRCCGO分析结果中差异最显著的前10个GO条目bar图（1）Up（2）Down
【参考文献】：
期刊论文
[1]High expression of anti-apoptotic protein Bcl-2 is a good prognostic factor in colorectal cancer: Result of a metaanalysis[J]. Qi Huang,Shu Li,Pu Cheng,Mei Deng,Xin He,Zhen Wang,Cheng-Hui Yang,Xiao-Ying Zhao,Jian Huang. World Journal of Gastroenterology. 2017(27)
[2]Changes in cellular mechanical properties during onset or progression of colorectal cancer[J]. Gabriele Ciasca,Massimiliano Papi,Eleonora Minelli,Valentina Palmieri,Marco De Spirito. World Journal of Gastroenterology. 2016(32)
[3]Different treatment strategies and molecular features between right-sided and left-sided colon cancers[J]. Hong Shen,Jiao Yang,Qing Huang,Meng-Jie Jiang,Yi-Nuo Tan,Jian-Fei Fu,Li-Zhen Zhu,Xue-Feng Fang,Ying Yuan. World Journal of Gastroenterology. 2015(21)
本文编号：3559091
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3559091.html
最近更新
教材专著
