基于生物信息学筛选三阴性乳腺癌差异表达基因

发布时间：2022-01-03 11:00

　　目的:利用生物信息学分析方法和软件,分析三阴性乳腺癌和非三阴性乳腺癌的基因表达谱芯片数据,筛选二者的差异表达基因（DEGs）,并对差异表达基因进行功能注释、信号通路分析及蛋白质互作网络分析,从分子水平研究相关基因在肿瘤的发生发展中的作用,寻找三阴性乳腺癌相关基因,为更好的研究三阴性乳腺癌提供部分理论依据及新方向。方法:1.从GEO数据库里下载所需三阴性乳腺癌及非三阴性乳腺癌的表达谱芯片的原始数据,运用R语言及Bioconductor程序包处理所得数据,根据设定筛选条件筛选出两者的差异表达基因,将所得差异表达基因导入DAVID在线数据库进行GO功能注释、KEGG信号通路分析,最后应用STRING在线数据库构建差异表达基因的蛋白-蛋白互作网络,将所得蛋白互作网络数据导入Cytoscape软件,利用MCODE插件分析得到互作关系密切的网络模块,筛选出整个网络中的重要节点基因。2.收集三阴性乳腺癌、非三阴性乳腺癌及癌旁正常组织的石蜡包埋组织,用免疫组化实验验证部分生物信息学及软件分析所得基因。结果:1.通过分析三阴性乳腺癌及非三阴性乳腺癌的基因芯片数据,筛选得到二者的相关差异表达基因共计298... 

【文章来源】：西南医科大学四川省

【文章页数】：57 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

具体上调及下调差异基因见附录1、

图 6 左、右分别为非三阴性乳腺癌组织中 NDC80 高表达、低表达（×400）Figure 6 Left and right correspond to high and low expression of NDC80 in nTNBCrespectively（×400）

【参考文献】：
期刊论文
[1]Threonine and tyrosine kinase may serve as a prognostic biomarker for gallbladder cancer[J]. Yuan Xie,Jian-Zhen Lin,An-Qiang Wang,Wei-Yu Xu,Jun-Yu Long,Yu-Feng Luo,Jie Shi,Zhi-Yong Liang,Xin-Ting Sang,Hai-Tao Zhao.  World Journal of Gastroenterology. 2017(31)
[2]Effect of NDC80 in human hepatocellular carcinoma[J]. Lin-Ling Ju,Lin Chen,Jun-Hong Li,Yi-Fan Wang,Ru-Jian Lu,Zhao-Lian Bian,Jian-Guo Shao.  World Journal of Gastroenterology. 2017(20)



本文编号：3566157