利用基因组学筛选胃癌相关基因的初步研究

发布时间：2022-01-04 06:24

　　目的:利用基因组学筛选胃癌相关基因,分析其在胃癌及癌旁组织中的表达水平与患者临床病理参数存在的关系,探究新的胃癌肿瘤标志物,为胃癌诊断提供新的方向。方法:1、本研究利用GEO数据库及TCGA数据库分析胃癌组织及相应癌旁组织的全基因表达谱。发现一些新的基因,如:α-1-酸性糖蛋白（ORM1）、II型跨膜丝氨酸蛋白酶（HPN）、尿苷磷酸化酶（UPP1）、非转移性黑色素瘤糖蛋白B（GPNMB）。这些基因在胃癌及癌旁组织中可能有表达差异。2、选取2017年3月-2018年9月我院胃肠外科确诊胃癌并住院手术的56例患者纳入实验。利用实时荧光定量PCR检测ORM1、HPN、UPP1、GPNMB在胃癌及癌旁组织中mRNA的表达差异。3、收集患者临床资料,包括年龄、性别、肿瘤直径、肿瘤T分期、分化程度、淋巴转移及肿瘤TNM分期等信息,进行统计分析,探讨ORM1、HPN、UPP1、GPNMB的表达与患者的临床资料之间存在的关系。结果:1、利用基因组学从GEO数据库及TCGA数据库筛选得到49个在胃癌中高表达基因,65个在胃癌中低表达基因。2、实时荧光定量PCR分析四个基因在56对胃癌及癌旁组织中的表达情... 

【文章来源】：南华大学湖南省

【文章页数】：56 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

四个基因芯片数据集

第3章 结果3.1 利用基因组学筛选差异表达基因。3.1 .1 GEO 数据库与 TCGA 数据库分析相关差异表达基因。从 GEO 数据库下载四个胃癌与癌旁组织相关的表达芯片数据集，将这四个芯片数据集整合成一个多芯片数据库（Multiple Microarray Datasets）。然后从 TCGA 数据库下载胃癌组织与配对的癌旁组织的 RNA 测序数据集。四个基因芯片数据集及 TCGA 数据集所检测的标本数，如图 1-1,图 1-2。

注：纵轴代表胃癌组织中表达差异基因个数，横轴代表四个基因芯片数据集合TCGA数据集。红色代表表达倍数大于等于1.5，绿色代表表达倍数小于等于0.667。图1-4 四个基因芯片数据集共同 图1-5 四个基因闲篇数据集共同高表达基因 低表达基因注：在不同的数据集所检测基因数及差异表达的基因是不同的。我们将GEO数据库中四个基因表达芯片数据集排名前1000位胃癌差异表达基因进行韦恩图分析，显示49个高表达基因和65个低表达在四个数据库中共同表达（图1-4和图1-5）。


本文编号：3567843