少孢节丛孢中PKS/TPS杂合生源类化合物生物合成基因的鉴定

发布时间：2022-02-14 14:40

　　捕食线虫模式真菌少孢节丛孢（Arthrobotrys oligospora）可以产生一类特有的参与调控其真菌形态的杂合生源信号小分子化合物——少孢素类化合物（Arthrosporols）,该类化合物结构包含一个环己醇类片段和一个六元环的倍半萜骨架,其生物合成可能涉及到聚酮类合成酶（Polyketide synthase, PKS）、萜类合成酶（Terpene synthases, TPS）、转移酶、脱氢酶、羟化酶、异构酶的共同参与。通过生物信息学分析和类似结构化合物生物合成基因比对,在A. oligospora基因组筛选了14个可能参与少孢素类化合物生物合成的基因,分别是AOL_s00080g121（TPS）,AOL_s00215g22（P450）,AOL_s00215g259 （2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase）,AOL_s00215g274（Dehydrogenase）, AOL_s00215g275（Hypothetical prot... 

【文章来源】：云南大学云南省211工程院校

【文章页数】：190 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 微生物新颖次生代谢产物的挖掘策略
    前言
    1 通过生物信息学预测发现新颖次级代谢产物
        1.1 基于预测结构单元发现新颖次级代谢产物
            1.1.1 Aspoquinolones A-D
        1.2 基于预测生物合成前体发现新颖次级代谢产物
            1.2.1 Orfamides A-C
            1.2.2 Erythrochelin
    2 通过代谢组比较发现新颖次级代谢产物
        2.1 Emericellamides A和C-F
        2.2 Myxochromides S1-S3和aurafuron
    3 异源表达激活生物合成基因(簇)
        3.1 Avermitilol
    4 过表达正调控基因或敲除负调控基因激活生物合成基因(簇)
        4.1 Aspyridones A和B
    本章小结
第二章 少孢节丛孢中杂合生源类化合物(TPS/PKS)生物合成相关基因(簇)的筛选
    引言
    1 实验方法
    2 结果与分析
        2.1 少孢素生物合成基因簇的筛选
        2.2 其他生物合成相关基因的筛选
        2.3 系统发育树分析
    3 讨论
第三章 少孢节丛孢中15个生物合成基因(簇)的敲除
    引言
    1 实验材料和仪器
        1.1 实验所用培养基
        1.2 供试菌株和所用质粒
        1.3 主要试剂
        1.4 主要仪器设备
    2 实验方法
        2.1 敲除载体的构建原理
        2.2 敲除载体引物设计
        2.3 少孢节丛孢基因组DNA提取
        2.4 质粒pAg1-H3的提取
        2.5 扩增目的基因的上下游同源片段
        2.6 化转DH5α
        2.7 大肠杆菌转化子的验证
        2.8 少孢节丛孢原生质体的转化
        2.9 敲除转化子的PCR验证
        2.10 敲除转化子的Southern blot验证
    3 实验结果
        3.1 少孢节从孢中15个目的基因5’端和3’端同源片段扩增
        3.2 少孢节从孢中15个目的基因敲除质粒PCR结果
        3.3 真菌转化子验证结果
        3.4 转化子Southern blot验证
    4 小结
第四章 少孢节丛孢敲除菌株与野生菌株的表型比较和分析
    前言
    1 实验材料及仪器
        1.1 供试菌株
        1.2 主要培养基
        1.3 主要仪器及设备
    2 实验方法
        2.1 菌丝生长情况观察
        2.2 产孢量及孢子萌发率观察
        2.3 产捕器和线虫捕食能力的观察
    3 实验结果
        3.1 菌丝生长情况
            3.1.1 野生型与△80g121突变菌在PDA、YMA、TYGA培养基中的菌丝生长情况
            3.1.2 野生型与△215g22突变菌在PDA、YMA、TYGA培养基中的菌丝生长情况
            3.1.3 野生型与△215g283突变菌在PDA、YMA、TYGA培养基中的菌丝生长情况
            3.1.4 野生型与△215g281突变菌在PDA、YMA、TYGA培养基中的菌丝生长情况
            3.1.5 野生型与△215g280突变菌在PDA、YMA、TYGA培养基中的菌丝生长情况
            3.1.6 野生型与△215g276突变菌在PDA、YMA、TYGA培养基中的菌丝生长情况
        3.2 孢子形成
            3.2.1 产量比较
            3.2.2 萌发率比较
        3.3 捕器与捕食线虫能力比较
            3.3.1 野生型与△80g121突变菌捕器与捕食线虫能力比较
            3.3.2 野生型与△215g22突变菌捕器与捕食线虫能力比较
            3.3.3 野生型与△215g283突变菌捕器与捕食线虫能力比较
    4 讨论
第五章 突变菌株与野生型的代谢图谱检测分析
    引言
    1 实验材料及仪器
        1.1 供试菌株
        1.2 实验所用培养基
        1.3 实验所用仪器
    2 实验方法
        2.1 菌株发酵和发酵液处理
        2.2 HPLC分析方法
        2.3 气相色谱-质谱(GC-MS)检测方法
        2.4 差异化合物的分离鉴定
    3 实验结果与分析
        3.1 突变菌株△80g121与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.2 突变菌株△215g22与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.3 突变菌株△215g283与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.4 突变菌株△215g282与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.5 突变菌株△215g281与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.6 突变菌株△215g280与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.7 突变菌株△215g279与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.8 突变菌株△215g278与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.9 突变菌株△215g277与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.10 突变菌株△215g276与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.11 突变菌株△215g275与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.12 突变菌株△215g274与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.13 突变菌株△215g926与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
        3.14 突变菌株215g277-283与野生型HPLC和GC-MS检测结果与分析
    4 讨论
第六章 突变菌株和野生型菌株表达谱差异分析
    引言
    1 实验材料
        1.1 供试菌株
        1.2 实验所用培养基
        1.3 实验所用仪器
    2 实验方法
        2.1 菌株发酵和发酵液处理
        2.2 突变菌和野生型RNA-Seq测序
    3 实验结果
    4 讨论
全文总结
参考文献
附录
    附录1 突变菌株和野生型菌株发酵液粗提物GC-MS检测化合物比较结果图
    附录2 硕士阶段发表或参与撰写的论文
    附录3 硕士阶段获得的奖励和荣誉
致谢



本文编号：3624746