向日葵—锈菌互作的转录组分析及抗病基因的挖掘
发布时间：2022-02-15 10:41
向日葵广泛种植于我国东北、内蒙古、新疆等地,在向日葵生产过程中,由向日葵柄锈菌引起的向日葵锈病严重影响了向日葵的生产和种植,导致品种抗性的减弱并促使新小种的产生。对此,本研究为系统了解病原物与寄主互作的转录组特性,利用Illumina HiSeq 2500测序平台为向日葵-锈菌互作的转录组进行高通量测序,并进一步筛选和挖掘相关抗病基因。研究主要结论如下:1.本研究通过RNA-Seq技术从总RNA中分离出mRNA后反转录成cDNA,然后对cDNA文库进行高通量测序,在得到的9个RNA样本中,A260/280值大致在1.921.97范围内。利用Agilent 2100分析仪对向日葵叶片三个样本非亲和组合（B-1,B-2,B-3）、亲和组合（C-1,C-2,C-3）和对照组（A-1,A-2,A-3）进行RNA-seq测序并进行比对,所得结果显示Q20百分比均高于97%,Q30百分比均高于93%,比对到参考基因组序列的reads占Total reads的比例均高于76.64%,满足分析需求。2.基于上述高质量测序结果,对取得的clean reads进行de novo组装,...
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
向日葵叶片的总RNA凝胶电泳
图 4 转录本长度分布的统计图Fig. 4 Statistical diagram of length distribution of transcripts转录本长度区间，纵轴表示转录本数目。达量分析结果的丰富程度反映了基因表达水平，随着转录本丰富程度的也随之增高。在 RNA-seq 分析中，本实验通过测序定位显子区域的片段数来估计基因表达水平。片段的数量不仅成正比，而且与基因的长度和测序的深度成正比。为了估计的基因表达水平具有可比性，本实验引入了 FPKMuant 和 Cuffnorm 软件进行表达量分析，基因表达量和转录如表 8 和表 9；表 10 是组装转录本、组装基因与参考基
图 5 上下调差异基因数目统计Fig. 5 Statistics on the number of up-down-regulated differentially expressed genes为各组差异比较，纵坐标为基因数目，红色为上调差异基因，绿色为下调差异基因。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于高通量测序的青花菜早期发育小孢子转录组分析与基因功能注释[J]. 张振超,姚悦梅,毛忠良,孙国胜,秦文斌,戴忠良. 核农学报. 2018(05)
[2]利用RNA-seq分析诱导性系统抗性（ISR）产生时匍匐翦股颖转录因子的表达变化[J]. 史毅,牛奎举,马晖玲. 草原与草坪. 2018(01)
[3]RNA-seq及其应用[J]. 高志勇,谢恒星,李吉锋,刘史力. 生命的化学. 2018(01)
[4]转录组学和蛋白质组学关联分析在植物研究中的应用[J]. 王晓丹,肖钢,张振乾,肖楠,陈浩,官春云. 基因组学与应用生物学. 2018(01)
[5]高油酸油菜脂肪酸代谢的蛋白质组学与转录组学关联分析[J]. 王晓丹,肖钢,常涛,张振乾,官春云,邬贤梦. 华北农学报. 2017(06)
[6]适用于转录组测序的大豆根总RNA的提取方法研究[J]. 谢钰珍,覃鸿妮,张宇,梅啸,吴凡. 安徽农业科学. 2017(36)
[7]基于高通量测序的野生毛葡萄转录组SSR信息分析[J]. 方辉,蒋胜理,曲俊杰,周思泓,潘凤英. 江苏农业科学. 2017(20)
[8]新蚜虫疠霉菌丝和孢子阶段的转录组学分析[J]. 章树桃,陈春,解廷娜. 农业生物技术学报. 2017(09)
[9]转录组测序技术在绵山羊育种中的应用研究进展[J]. 路婉茹,徐红伟,臧荣鑫,陈兴丽. 西北民族大学学报(自然科学版). 2017(03)
[10]高通量转录组在园艺植物色素代谢中的研究进展[J]. 李霞,王顺利. 生物技术通报. 2017(07)
博士论文
[1]贵州白背飞虱抗药性动态监测及其抗性相关基因的转录组学分析[D]. 金剑雪.贵州大学 2017
[2]烟草脉带花叶病毒和马铃薯X病毒的协生作用及二者侵染本氏烟的转录组学分析[D]. 王红艳.山东农业大学 2017
硕士论文
[1]玉米矮秆材料Dwarf11（D11）细胞生理学和转录组学的研究[D]. 卢文杰.扬州大学 2018
[2]尖孢镰刀菌胡麻专化型的转录组学研究[D]. 张雨涵.内蒙古大学 2017
[3]杂草稻与栽培稻耐冷性状转录组比较及耐冷基因注释[D]. 关士鑫.沈阳农业大学 2017
[4]野生柑橘响应韧皮部杆菌亚洲种侵染的生物学和转录组学研究[D]. 胡燕.西南大学 2017
[5]银杏转录组测序及叶片与胚珠数字基因表达谱分析[D]. 路兆庚.扬州大学 2015
[6]杨树干旱响应转录组测序分析[D]. 欧佳佳.南京林业大学 2015
[7]基于RNA-seq的油菜抗旱基因的高通量克隆和功能分析[D]. 李艳萍.河南大学 2015
[8]谷子与锈菌互作的转录组和表达谱研究及相关基因表达分析[D]. 王楠.河北师范大学 2015
[9]利用转录组测序分析大豆矮小突变体中差异表达基因[D]. 张峰.石河子大学 2014
[10]两个不同毒力小麦叶锈菌菌株的转录组分析[D]. 张河山.河北农业大学 2014
本文编号：3626483
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
向日葵叶片的总RNA凝胶电泳
图 4 转录本长度分布的统计图Fig. 4 Statistical diagram of length distribution of transcripts转录本长度区间，纵轴表示转录本数目。达量分析结果的丰富程度反映了基因表达水平，随着转录本丰富程度的也随之增高。在 RNA-seq 分析中，本实验通过测序定位显子区域的片段数来估计基因表达水平。片段的数量不仅成正比，而且与基因的长度和测序的深度成正比。为了估计的基因表达水平具有可比性，本实验引入了 FPKMuant 和 Cuffnorm 软件进行表达量分析，基因表达量和转录如表 8 和表 9；表 10 是组装转录本、组装基因与参考基
图 5 上下调差异基因数目统计Fig. 5 Statistics on the number of up-down-regulated differentially expressed genes为各组差异比较，纵坐标为基因数目，红色为上调差异基因，绿色为下调差异基因。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于高通量测序的青花菜早期发育小孢子转录组分析与基因功能注释[J]. 张振超,姚悦梅,毛忠良,孙国胜,秦文斌,戴忠良. 核农学报. 2018(05)
[2]利用RNA-seq分析诱导性系统抗性（ISR）产生时匍匐翦股颖转录因子的表达变化[J]. 史毅,牛奎举,马晖玲. 草原与草坪. 2018(01)
[3]RNA-seq及其应用[J]. 高志勇,谢恒星,李吉锋,刘史力. 生命的化学. 2018(01)
[4]转录组学和蛋白质组学关联分析在植物研究中的应用[J]. 王晓丹,肖钢,张振乾,肖楠,陈浩,官春云. 基因组学与应用生物学. 2018(01)
[5]高油酸油菜脂肪酸代谢的蛋白质组学与转录组学关联分析[J]. 王晓丹,肖钢,常涛,张振乾,官春云,邬贤梦. 华北农学报. 2017(06)
[6]适用于转录组测序的大豆根总RNA的提取方法研究[J]. 谢钰珍,覃鸿妮,张宇,梅啸,吴凡. 安徽农业科学. 2017(36)
[7]基于高通量测序的野生毛葡萄转录组SSR信息分析[J]. 方辉,蒋胜理,曲俊杰,周思泓,潘凤英. 江苏农业科学. 2017(20)
[8]新蚜虫疠霉菌丝和孢子阶段的转录组学分析[J]. 章树桃,陈春,解廷娜. 农业生物技术学报. 2017(09)
[9]转录组测序技术在绵山羊育种中的应用研究进展[J]. 路婉茹,徐红伟,臧荣鑫,陈兴丽. 西北民族大学学报(自然科学版). 2017(03)
[10]高通量转录组在园艺植物色素代谢中的研究进展[J]. 李霞,王顺利. 生物技术通报. 2017(07)
博士论文
[1]贵州白背飞虱抗药性动态监测及其抗性相关基因的转录组学分析[D]. 金剑雪.贵州大学 2017
[2]烟草脉带花叶病毒和马铃薯X病毒的协生作用及二者侵染本氏烟的转录组学分析[D]. 王红艳.山东农业大学 2017
硕士论文
[1]玉米矮秆材料Dwarf11（D11）细胞生理学和转录组学的研究[D]. 卢文杰.扬州大学 2018
[2]尖孢镰刀菌胡麻专化型的转录组学研究[D]. 张雨涵.内蒙古大学 2017
[3]杂草稻与栽培稻耐冷性状转录组比较及耐冷基因注释[D]. 关士鑫.沈阳农业大学 2017
[4]野生柑橘响应韧皮部杆菌亚洲种侵染的生物学和转录组学研究[D]. 胡燕.西南大学 2017
[5]银杏转录组测序及叶片与胚珠数字基因表达谱分析[D]. 路兆庚.扬州大学 2015
[6]杨树干旱响应转录组测序分析[D]. 欧佳佳.南京林业大学 2015
[7]基于RNA-seq的油菜抗旱基因的高通量克隆和功能分析[D]. 李艳萍.河南大学 2015
[8]谷子与锈菌互作的转录组和表达谱研究及相关基因表达分析[D]. 王楠.河北师范大学 2015
[9]利用转录组测序分析大豆矮小突变体中差异表达基因[D]. 张峰.石河子大学 2014
[10]两个不同毒力小麦叶锈菌菌株的转录组分析[D]. 张河山.河北农业大学 2014
本文编号：3626483
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