基于沙门氏菌全基因组的耐药基因与耐药质粒筛查

发布时间：2022-02-15 06:54

　　沙门氏菌是一种重要的食源性病原菌,其耐药性普遍,对食品安全和人类健康造成巨大威胁。采用Illumina Miseq×10平台对一株食源性沙门氏菌进行高通量测序,利用SOAP denovo2组装测序原始序列得到了完整的基因组序列,通过与6大数据库比对（EggNOG、GO、KEGG、NR、Pfam、Swiss-Prot）,将得到的基因进行功能注释。采用ResFinder3.2软件筛查耐药基因,使用PlasmidFinder软件筛查质粒并绘制质粒基因图谱和结构图谱。结果表明,此株沙门氏菌携带了包括六大类抗生素中共计13种与耐药相关的基因,其中合成类（喹诺酮类）耐药基因数量最多。并且筛查到的质粒并不含耐药基因,说明该沙门氏菌的耐药基因都在染色体上,而不在可移动遗传元件上,属于固有耐药。 

【文章来源】：武汉轻工大学学报. 2020,39(04)

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

质粒基因组图谱

质粒结构图谱

【参考文献】：
期刊论文
[1]沙门氏菌主要流行血清型耐药性的研究进展[J]. 郑林,祝令伟,郭学军,陈萍.  江苏农业科学. 2020(06)
[2]猪肉中沙门氏菌污染情况及检测方法进展[J]. 危梦,晏宸然,黄嘉玲,张孝琴,陈璐,刘文龙.  农产品加工. 2019(23)
[3]2008—2017年我国部分地区禽源沙门氏菌流行状况及耐药分析[J]. 赵建梅,李月华,张青青,赵格,王娟,刘娜,黄秀梅,王君玮,曲志娜.  中国动物检疫. 2019(08)
[4]鸡沙门氏菌耐药性研究进展[J]. 李凤玲,秦俊,吕宗德,刘婷婷,黄鑫.  农业开发与装备. 2019(05)
[5]全基因组测序技术在细菌耐药性检测中的研究进展[J]. 谷美,刘慧敏,孟璐,董蕾,邢萌茹,兰图,王加启,赵善仓,郑楠.  中国乳品工业. 2019(05)
[6]全基因组测序与生物信息学分析在细菌耐药性研究中的应用[J]. 沈应博,史晓敏,沈建忠,汪洋,王少林.  生物工程学报. 2019(04)
[7]细菌耐药机制的国内外最新研究进展[J]. 丁元廷.  现代预防医学. 2013(06)

硕士论文
[1]沙门氏菌耐药质粒的筛查与特征分析[D]. 方婷子.上海交通大学 2015



本文编号：3626141