昆虫线粒体基因密码子的偏好性及其演化

发布时间：2022-07-12 17:05

　　昆虫是地球上物种数目最多的动物类群。昆虫mtDNA是具有小分子量的共价闭合的双链环状分子。它通常包含37个紧密排列的基因,其中13个是蛋白质编码基因。线粒体DNA由于其母系遗传,保守的基因含量和较少的重组、突变率较快（与核DNA相比）,且在不同谱系中几乎保持不变,已被广泛用作系统发育研究中的中性分子标记。但在某些鸟类等动物中发现了纯化的或适应性进化力。由于同义密码子的不均匀使用是复杂进化力的指标,我们对昆虫线粒体基因组中密码子使用的综合分析,目的是估计它们的进化特征。了解昆虫的各种进化历史将有助于理解昆虫的遗传和表型进化。基于生物信息学方法,本文研究了 29目,372科,2,842种昆虫完整的线粒体基因组,分析了所有已发表不同进化地位昆虫的mtDNA的密码子使用偏好模式及其异同。其次,结合相关演化指数分析揭示昆虫形成mtDNA密码子使用模式中贡献最大的进化力。基于mtDNA偏好的详细分析可以更好地理解昆虫之间的进化关系。具体研究结果和结论如下:1.基于线粒体基因组构建的昆虫系统发育分析本研究基于线粒体基因组所构建昆虫关系的系统树拓扑结构与以往形态学和分子分类的研究结果一致。昆虫系统发育... 

【文章页数】：115 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
中英文缩略词表
第1章 前言
    1.1 昆虫概述
        1.1.1 昆虫特征
        1.1.2 昆虫分类及进化
    1.2 昆虫线粒体基因组
        1.2.1 昆虫线粒体基因组特点
        1.2.2 昆虫线粒体基因组研究进展
    1.3 密码子偏好性
        1.3.1 密码子偏好性概述
        1.3.2 密码子偏好性的形成原因
        1.3.3 密码子偏好性的测量指标
        1.3.4 密码子偏好性的演化指数
        1.3.5 密码子偏好性的研究进展
    1.4 本文的研究目的及路线
        1.4.1 本文的研究目的
        1.4.2 本文的研究路线
第2章 基于昆虫线粒体基因组的系统发育分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 数据来源
        2.1.2 数据分析
    2.2 结果与分析
    2.3 本章总结
第3章 昆虫线粒体基因组密码子偏好模式
    3.1 材料与方法
        3.1.1 数据来源
        3.1.2 数据分析
    3.2 结果与分析
        3.2.1 昆虫线粒体基因组密码子偏好模式分析
        3.2.2 不同进化地位昆虫线粒体基因组密码子偏好模式异同分析
    3.3 本章总结
第4章 昆虫线粒体基因组密码子偏好模式的形成原因
    4.1 材料与方法
        4.1.1 数据来源
        4.1.2 数据分析
    4.2 结果与分析
        4.2.1 昆虫线粒体基因组密码子偏好模式形成原因分析
        4.2.2 不同进化地位昆虫mtDNA密码子偏好模式形成原因的异同
    4.3 本章总结
第5章 总结与结论
参考文献
附表
致谢
攻读硕士学位期间研究成果


【参考文献】：
期刊论文
[1]30种半翅目昆虫线粒体COⅠ基因密码子偏好性聚类分析[J]. 张玉波,周中艳,王廷慧,邓娟.  江苏农业科学. 2018(14)
[2]东亚飞蝗乙酰胆碱酯酶的分离纯化与农药活性筛选初步研究[J]. 邓园杰,张肖肖,高甜甜,陶科,金洪,侯太平.  四川大学学报(自然科学版). 2018(03)
[3]直翅目昆虫线粒体基因组特征及系统发育研究[J]. 赵乐,李雪娟,黄原.  生命科学. 2018(01)
[4]2种果蝇（Drosophila melanogaster与D.sechellia）线粒体及NADH dehydrogenase subunit基因的密码子偏好性分析[J]. 王鹏飞,高欢欢,苏玲,蒋锡龙,吴新颖,杨立英,任凤山,王咏梅.  安徽农业科学. 2018(01)
[5]油用牡丹脂肪酸脱氢酶基因FAD3的克隆与表达分析[J]. 黄兴琳,陆俊杏,廖冰楠,白辉扬,管丽,张涛.  中国农业科学. 2017(10)
[6]蓼科大黄属植物CHS基因密码子偏爱性分析[J]. 马盛超,余鑫梅,姚慧鹏.  分子植物育种. 2017(06)
[7]香蕉全基因组NBS抗病基因密码子使用偏好性分析[J]. 方辉,曲俊杰,孙嘉曼,尹玲,黄羽.  分子植物育种. 2017(03)
[8]昆虫学研究进入基因组学时代[J]. 张屾,谷少华,李显春.  中国科学:生命科学. 2016(10)
[9]昆虫学的基本科学问题及分子生物学技术[J]. 赵小凡.  昆虫学报. 2016(08)
[10]昆虫线粒体基因组重排的研究进展[J]. 陈志腾,杜予州.  环境昆虫学报. 2016(04)

博士论文
[1]蛇类线粒体基因组结构演化研究及原矛头蝮属生物地理学分析[D]. 钱立富.安徽大学 2018
[2]密码子及密码子对使用偏好性的研究[D]. 谭生军.南京大学 2012
[3]膜翅目线粒体基因组的特征与进化及其在系统发育研究中的应用[D]. 魏书军.浙江大学 2009
[4]昆虫基因组密码子使用及进化分析[D]. 孙铮.山东农业大学 2009
[5]基于密码子水平的生物信息学分析及进化研究[D]. 张文娟.复旦大学 2006

硕士论文
[1]蓝舌病毒的密码子偏好性分析及其在系统发生生物地理学中的研究[D]. 姚晓婷.西北农林科技大学 2018
[2]尖尾蚁属线粒体基因组进化及其系统发育学研究[D]. 段晓宇.陕西师范大学 2018
[3]小鲵科线粒体基因组密码子偏好性及进化关系的分析[D]. 姜艳.陕西师范大学 2016
[4]直翅目昆虫线粒体基因组密码子偏好性及其进化分析[D]. 王红梅.陕西师范大学 2016
[5]几种夜蛾科昆虫翅膀结构和力学性能研究[D]. 邢振龙.中国农业科学院 2014
[6]莫名等蜉Isonychia ignota和中国拟短丝蜉Siphluriscus chinensis线粒体基因全序列的测定[D]. 秦加长.南京师范大学 2011



本文编号：3659514