西妥昔单抗治疗头颈部鳞状细胞癌差异表达基因的生物信息学分析

发布时间：2022-07-27 11:41

　　目的通过生物信息学技术筛选西妥昔单抗治疗头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的差异表达基因,为头颈部鳞状细胞癌的治疗提供新的思路和靶点。方法从GEO数据库下载芯片数据集GSE109756,使用在线分析工具GEO2R筛选使用和未使用西妥昔单抗治疗的头颈部鳞状细胞癌组织间的差异表达基因,通过DAVID 6.8和STRING在线软件分析差异表达基因的功能、通路富集分析和蛋白相互作用分析,Cytoscape对蛋白相互作用进行可视化和模块分析,在线分析工具X2K分析差异表达基因的转录因子、激酶并分析它们与靶基因之间的相互调控关系。结果研究发现经西妥昔单抗治疗的头颈部鳞状细胞癌组织与未使用其治疗的组织间共有91个差异表达基因,其中上调基因50个,下调基因41个（P<0.05,|logFC|>1）。GO分析和KEGG通路分析显示,这些差异表达的基因主要富集在免疫调节、细胞外基质等生物过程。通过蛋白-蛋白相互作用网络的构建,筛选出CD163和VSIG4等核心差异表达基因（P<0.05）,它们均在西妥昔单抗治疗后表达上调。此外,分析显示西妥昔单抗治疗过程中发挥关键作用的转录因子包括SUZ12... 

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 筛选差异表达基因
    1.3 差异表达基因的GO功能富集和KEGG通路富集分析
    1.4 PPI网络构建与关键基因的筛选
    1.5 转录因子(transcription factor,TF)与蛋白激酶预测
2 结 果
    2.1 西妥昔单抗治疗头颈部鳞状细胞癌的基因表达谱
    2.2 差异基因的GO和KEGG分析结果
    2.3 差异表达基因的PPI分析
    2.4 差异基因的转录因子(transcription factor, TF)和蛋白激酶分析
3 讨 论



本文编号：3665393