基于特异表达基因的癌症诊断标记物筛选

发布时间：2022-08-04 10:13

　　癌症是导致死亡人数最多且死亡率最高的疾病之一,严重威胁了人类的健康。尽管癌症研究近年来有了很大的进展,但由于缺乏特异性强的诊断标记物,尤其是早期诊断标记物,癌症诊断仍然是个难题。TCGA和GTEx等数据平台提供了海量的公开数据让研究者可以综合多种组织的数据进行特异表达基因的筛选。本研究的目的是筛选一批高特异性的癌症诊断及预后标记物并对癌症特异高表达基因的转录调控网络和潜在药物靶点进行研究。首先,使用SEGtool从TCGA和GTEx数据库的表达量数据中筛选了各癌症组织、癌旁组织以及正常组织的特异表达基因（SEGs）,并从中筛选了仅在一种癌症特异表达的癌症特异表达基因（cSEGs）。然后在癌症特异表达基因的基础上筛选了灵敏度高的基因作为潜在标记物。这样总共得到了来自15种癌症的283个潜在标记物,其高表达样本比例均大于50%,其中KICH的三个cSEGs（OGDH、MUDENG和ACO2）的高表达样本比例>80%。此外还筛选了13种癌症的245个对早期癌症敏感的潜在标记物,其高表达样本比例均大于50%,其中MUDENG和ACO2在早期KICH的高表达样本比例达到了95%,一致性非常... 

【文章页数】：73 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
1 绪论
    1.1 癌症研究概况
    1.2 组织特异表达基因研究进展
    1.3 转录组相关生物信息学数据库
    1.4 研究目的和意义
2 癌症诊断标记物筛选
    2.1 研究目的与方法
    2.2 表达量数据收集和处理
    2.3 特异表达基因的筛选
    2.4 癌症诊断标记物筛选
3 早期癌症诊断标记物筛选
    3.1 研究目的与方法
    3.2 早期癌症组织表达量数据处理
    3.3 早期癌症特异表达基因筛选及处理
    3.4 早期癌症诊断标记物筛选
4 癌症特异表达基因综合分析
    4.1 预后分析
    4.2 转录调控
    4.3 药物分析
5 全文总结与讨论
致谢
参考文献
附表


【参考文献】：
期刊论文
[1]Biomarkers in colorectal cancer: Current clinical utility and future perspectives[J]. Marco Vacante,Antonio Maria Borzì,Francesco Basile,Antonio Biondi.  World Journal of Clinical Cases. 2018(15)
[2]Cancer incidence and mortality in China, 2014[J]. Wanqing Chen,Kexin Sun,Rongshou Zheng,Hongmei Zeng,Siwei Zhang,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Xiaonong Zou,Jie He.  Chinese Journal of Cancer Research. 2018(01)



本文编号：3669351