基于组织特异表达基因的药物靶标发现

发布时间：2022-08-09 10:53

　　组织特异表达基因是在一种组织类型中特异或高选择表达的基因。不少前期研究发现组织特异表达基因与疾病高度相关,且疾病基因倾向于在疾病发生组织表达。因此,识别组织特异表达基因有助于更好地理解组织与基因的关系及新型组织特异性药物靶点的发现。本论文在已有的工作基础上,开发了一种计算组织特异表达基因分数的新方法,用于在相关疾病的发生部位快速寻找特异表达基因,以作为潜在药物靶点。基于这个思路,本论文下载了6个二代测序数据集与4个微阵列数据集的组织相关基因表达数据,共涉及105个组织10,428个样本的基因表达情况。通过计算特异性系数SPM值和组织特异性分数Tscore值识别了6,156个组织特异蛋白质编码基因。通过与其他4个主流的组织特异表达基因数据库的比较分析,证明我们的方法假阳性低,准确性高,且发现了 1,355个新的组织特异表达基因。我们也进一步比较了组织特异表达基因在蛋白质水平的组织特异表达情况,发现了421个无论基因水平还是蛋白水平都在同一组织中特异表达的蛋白。我们通过检索基因-疾病关系数据库DisGeNET获取了这421个蛋白的关联疾病信息,并结合医学主题词表MeSH确定疾病的发生组织。... 

【文章页数】：76 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 前言
    1.1 组织特异表达基因
        1.1.1 组织特异表达基因的定义
        1.1.2 组织特异表达基因的生物学意义
        1.1.3 组织特异表达基因的应用
    1.2 组织特异表达基因研究进展
        1.2.1 组织特异表达基因数据库
        1.2.2 发现组织特异表达基因方法
    1.3 组织特异表达基因为潜在药物靶点
    1.4 本研究的目的与意义
第二章 材料与方法
    2.1 实验设计
    2.2 数据收集
        2.2.1 组织基因表达谱收集
            2.2.1.1 DNA微阵列数据集
            2.2.1.2 RNA-seq数据集
        2.2.2 疾病信息
        2.2.3 药物靶标信息
    2.3 组织名标准化
    2.4 组织基因表达数据预处理
        2.4.1 微阵列数据的预处理
        2.4.2 二代测序数据预处理
    2.5 组织特异表达基因计算方法
        2.5.1 基因特异性系数SPM值计算方法
        2.5.2 组织特异分数Tscore的计算
    2.6 疾病分级
    2.7 潜在药物靶标验证
第三章 结果与分析
    3.1 发现组织特异表达基因
        3.1.1 组织特异表达基因的发现
        3.1.2 基因的组织特异性整合评估
    3.2 组织特异表达基因的准确性评估
    3.3 组织特异表达基因功能分析
    3.4 组织特异表达基因中的药物靶点
    3.5 组织特异表达基因在蛋白质水平的表达情况
    3.6 药物潜在靶标发现
        3.6.1 关联疾病信息
        3.6.2 确定药物潜在靶标
        3.6.3 潜在药物靶标验证
        3.6.4 药物潜在靶标的成药情况
第四章 讨论与展望
附录
    附录A 组织名称匹配标准表
    附录B 421个组织特异表达蛋白
参考文献
攻读硕士研究生期间发表的文章
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]足细胞相关突变基因致激素耐药型肾病综合征的机制研究进展[J]. 张黎雯,王乐平.  中国当代儿科杂志. 2014(01)



本文编号：3672429