大豆响应涝害bZIP基因Glyma04g04170的生物信息学分析及互作蛋白预测

发布时间：2022-10-05 17:37

　　bZIP转录因子参与多种非生物胁迫,为研究涝害胁迫下大豆bZIP转录因子的调控作用,本研究对耐涝性极强大豆品种齐黄34进行淹水处理,对处理不同时间根部组织样品进行转录组测序,筛选出1个响应耐涝的差异表达的bZIP转录因子编码基因Glyma04g04170,其qRT-PCR分析结果与转录组测序数据趋势一致,在4个取样时间点都下调表达,证明该转录组数据具有可靠性,Glyma04g04170可能通过负调控的方式参与大豆耐涝应答反应。Glyma04g04170蛋白保守结构域分析发现该蛋白内部含有bZIP保守结构域。蛋白三级结构中存在参与寡聚化作用的亮氨酸拉链保守结构域,同时也包含与特异DNA序列相结合、起核定位信号作用的N-x7-R/K结构。分离鉴定的Glyma04g04170蛋白是一个结合AREB/ABF的bZIP转录因子,预测结果显示,与该蛋白互作的蛋白主要是丝氨酸/苏氨酸残基蛋白磷酸酶。转录组和RT-qPCR数据表明,Glyma02g37090基因在4个取样时间点的表达量都呈显著性差异,处理与对照相比,表达量升高。 

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 试验设计
    1.3 方法
        1.3.1 RNA提取和转录组测序
        1.3.2 大豆响应涝害bZIP转录因子筛选
        1.3.3 qRT-PCR表达分析
        1.3.4 基因理化性质及保守结构域分析
        1.3.5 蛋白高级结构分析
        1.3.6 蛋白互作分析
2 结果与分析
    2.1 转录组数据中差异表达基因分析
    2.2 bZIP转录因子的筛选与鉴定
    2.3 Glyma04g04170表达情况的qRT-PCR验证
    2.4 Glyma04g04170的理化性质和保守结构域分析
    2.5 Glyma04g04170高级结构预测
    2.6 Glyma04g04170蛋白互作分析
3 讨 论
4 结 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]大豆转录因子GmbZIP60对非生物胁迫的表达模式分析[J]. 邢锦城,孙晨曦,洪立洲,许玲,徐照龙,张大勇.  大豆科学. 2018(01)



本文编号：3686211